當阿健的探索隊在“晨曦市”地下與“公司”和變異生物周旋，帶回“軌道攻擊”和“火種封存”的驚天資訊時，數千公里外的方舟總部，一場同樣關乎世界真相的拼圖遊戲，也到了揭開關鍵一角的時候。
水下巨獸的陰影持續逼近，新型水下武器的研發和防禦陣地的建設正在爭分奪秒地進行，但林澈和李愛國都清楚，僅僅應對眼前的怪物，無法解決根本問題。“潮湧”的根源、“方舟計劃”的全貌、以及那個隱藏在“公司”和“逆焰齒輪”標記背後的真相，才是決定方舟乃至這片土地所有幸存者最終命運的關鍵。
對“深藍之心”帶回的資料儲存體的修復和解讀，一直沒有停止。那些在爆炸、水浸、輻射中損壞嚴重的儲存體，如同破碎的記憶殘片，被李愛國團隊用近乎考古的耐心，一點點地清潔、修補、嘗試讀取。大部分是技術圖紙、日誌片段、實驗資料，雖然珍貴，但未能觸及核心。
直到這一天，在修復最後一批、也是損壞最嚴重、被標記為“高等級通訊殘留”的幾個儲存體時，一名年輕研究員在除錯一臺極其簡陋、但針對舊時代特定頻段有奇效的、用修復零件拼湊的無線電訊號解析儀時，捕捉到了一段微弱到幾乎被背景噪音徹底淹沒的、極其特殊的訊號殘留。
它不是常規的通訊記錄，更像是一段被強行寫入儲存體底層、作為備份或“信標”的週期性廣播訊號。訊號源定位……指向了匪夷所思的方位——不是地下，不是水面，而是斜向上，指向東南方向的大氣層外，甚至更遠！其加密方式，也複雜到讓方舟現有的所有解密工具都束手無策。
“……這……這不可能！這個訊號仰角……源點距離遠超地平線！這不是地面或近地裝置能發出的！”年輕研究員以為自己裝置壞了，反覆校準，結果依舊。
訊息立刻驚動了李愛國和林澈。一個來自大氣層外的、舊時代殘留的訊號？這意味著什麼？
“集中所有計算資源，呼叫‘深藍之心’資料庫裡所有關於密碼學和訊號編碼的資料，不管用什麼方法，給我把它解開！”林澈下令。地熱電站提供的穩定電力，第一次被如此奢侈地用於純粹的“計算”。幾臺修復的舊時代處理器（效能低下但架構特殊）、以及李愛國團隊依據資料自制的、原始的機械式密碼分析機，開始了晝夜不停、吱嘎作響的運算。整個方舟最聰明的一批頭腦，也被投入到這場與百年前加密智慧的對決中。
失敗，失敗，再失敗。加密等級之高，遠超“深藍之心”普通的技術資料。它似乎動用了舊時代最頂級的、可能涉及量子金鑰或混沌演算法的加密手段。方舟的資源，在浩瀚的密碼學海洋麵前，如同杯水車薪。
然而，轉機出現在吳遠那邊。在一次與那位對“公司”和“東方來客”極度反感的聯合體軍官的秘密會面中，軍官提供了一個看似無關緊要、卻讓吳遠心中一動的情報。
“那幫‘東方人’最近像瘋了一樣，到處打聽關於‘墜星’和‘深海鬼火’的事。”軍官灌了口酒，壓低聲音，“我們南邊靠近‘熔爐’的部落，以前偶爾能看到天上有‘星星’掉下來，落在很遠的海里。還有些在沿海打漁不要命的，說在特別深、特別黑的海溝上面，晚上能看到一片一片的、像會呼吸的淡藍色光，浮在海上，但靠近了啥也沒有，邪門得很。‘東方人’對這兩個特別感興趣，用糧食和藥品換這些訊息，還派人去查，好像……在找什麼東西掉下來的地方，或者海里發光的地方。”
“墜星”？“深海鬼火”？
吳遠立刻將這兩個詞與“大氣層外訊號”、“晨曦市日誌提到的軌道攻擊”聯絡了起來。他火速將情報送回。
“大氣層外訊號源……墜星……深海異常發光……”李愛國像是抓住了什麼，眼睛猛然瞪大，“如果……如果那個訊號，不是從地面‘發’上去的，而是從天上某個‘掉下來’或者‘還在那裡’的東西，‘發’下來的呢？它的源座標指向東南海外，是不是意味著，那個‘東西’，或者說它的一部分，掉在了海里？或者……還在軌道上，但位置偏移了？”
這個思路，為密碼破解提供了全新的方向。不再試圖暴力破解整個加密體系，而是假設訊號是某種“信標”，其加密外層包含了關於“信標”自身狀態、位置、以及“身份”的標識資訊。他們轉而集中精力，嘗試從訊號結構中，分離出可能代表“座標”、“時間戳”、“信標ID”這類相對固定、可能採用通用標準編碼的欄位。
又是一個不眠之夜。當第一縷晨光透過佈滿灰塵的窗戶，照進堆滿圖紙和儀器的實驗室時，那臺最老的、已經快要散架的機械密碼機，伴隨著一陣令人牙酸的摩擦聲，終於吐出了一串經過反覆驗證、基本可以確認的、殘缺的字元序列。
那是舊時代通用的、用於標識“方舟計劃”重要設施的某種高位編碼！緊接著，結合這編碼和訊號源的大致方向、仰角，以及“深藍之心”資料庫中一份極其模糊的、關於“全球備用火種庫網路”的分佈示意圖（只有星圖示記，無具體座標），一個驚人的對應關係，被強行建立起來！
訊號指向的，是位於舊時代太平洋某處、一個代號為“信標-7”的預設“火種儲存點”！而訊號本身，似乎是這個“火種庫”在災難發生後，自動或半自動傳送出的、表明自身“狀態”和“位置”的週期性信標！訊號內容雖然大部分依舊無法解讀，但被剝離出的、夾雜在狀態碼之間的幾個關鍵詞，卻如同驚雷，炸響在每一個知情者耳邊：
“……火種庫座標更新……（亂碼）……能源水平低……（亂碼）……警告……‘收割者’協議……未解除……重複……‘收割者’協議……未解除……（強烈干擾）……等待……指令……”
“火種庫”！海外真的存在！“收割者協議”！一個從未聽過、但光看名字就讓人不寒而慄的詞語！而且……“未解除”？！
“信標-7”還在運作！還在發出警告！警告“收割者協議”未被解除！
幾乎與此同時，阿健從“晨曦市”傳回的、關於“軌道攻擊”和“火種封存”的資訊，也透過時斷時續的遠端通訊，艱難地抵達了方舟。
“軌道攻擊”……“收割者協議”……“火種封存”……
所有的線索，在這一刻，如同被無形的手撥動，嘩啦啦地串聯、拼接，指向一個遠比“潮湧”失控更加黑暗、更加宏大、也更加絕望的圖景！
“我……我有個可怕的猜想。”李愛國的聲音乾澀，臉色蒼白如紙，他看著林澈，眼中充滿了難以置信的恐懼，“如果，‘潮湧’能量網路，是舊時代用來調節、穩定、甚至改造地球環境的‘蓋亞觸鬚’……那麼，這個‘收割者協議’……”
他頓了頓，彷彿說出這個詞都需要莫大的勇氣。
“……會不會是……舊時代人類，為了應對某種來自……來自地球之外，或者他們自己創造的、無法控制的終極威脅，而預設的……最後手段？一種……清理程式？當‘方舟計劃’判定情況徹底失控，文明火種已轉入預設儲存點後，啟動‘收割者’，對地表進行……格式化？而‘軌道攻擊’，可能就是‘收割者’的……武器之一？”
“晨曦市”遭遇了軌道攻擊。“信標-7”警告“收割者協議”未解除。“公司”在瘋狂尋找“墜星”和“深海鬼火”——那會不會是“收割者”武器平臺墜落的殘骸，或者……是“火種庫”本身的某種外部顯現？
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