【關鍵時刻，李時珍的學術人脈發揮了作用。他的好友曾任刑部侍郎的王世珍為其仗義執言。經過多方斡旋，出版禁令終於解除，但此時李時珍己經耗盡了所有積蓄，刻版工作因資金短缺時斷時續。更雪上加霜的是，長期伏案工作嚴重損害了他的健康。
萬曆十年，65歲的李時珍突發中風，半身不遂。病榻上的李時珍沒有停止工作，他讓兒子將書稿拿到床邊口述修改意見。他對李建元說，吾志未竟，而身先衰。此書關係後世醫道，必求盡善盡美。汝當繼吾志，務必成之。他還特別叮囑書中凡有存疑之處，必注待考，不可強不知以為知。學問之道，貴在誠實。
經過三次大規模修改和補充，《本草綱目》終於在萬曆18年西元1590年開始正式刻印。此時，李時珍己經72歲高齡，臥床不起。當他看到第一冊印好的樣書時，老淚縱橫，用顫抖的手撫摸著書頁。
可惜的是，李時珍沒有看到全書出版的那一天，萬曆21年，西元一五九三年，76歲的李時珍在蘄州去世，臨終前他留下了那句著名遺言，醫者仁術，當以救人為本，吾一生心血盡在此書，願後世醫家善用之，則吾願足矣。
三年後，萬曆24年西元1596年，《本草綱目》全部刻印完成，這就是後世所稱的金陵版。全書共52卷，裝訂成40冊。胡承龍在書前寫了一篇感人至深的跋文，記述了李時珍修書的艱辛歷程。
《本草綱目》之所以能成為不朽經典，不僅在於其規模宏大，更在於李時珍貫穿全書的方法論創新和科學精神。這些創新在16世紀的中國乃至全世界都具有革命性意義。首先是藥物分類體系的革新。在李時珍之前，主流本草著作多采用三品分類法，這種分類簡單粗糙且缺乏科學依據。李時珍大膽創新，提出了從微至巨，從賤至貴的自然分類原則，將藥物分為水，火，土，金石，草，谷，菜，果，木，服器，蟲，鱗，介，禽，獸，人共16部，每部下再分若干類。這種分類體系體現了進化論思想的萌芽。
其次是考證方法的科學化。李時珍對每一種藥物都進行八考，一考名實，二考產地，道地藥材的來源，，三考形態，西考採集，五考炮製，六考性味，七考功效，主治病症，八考附方，臨床應用方劑。這種系統的考證方法己經具備了現代藥物學研究的基本框架。
特別值得稱道的是，李時珍非常重視事物考證，為了弄清蘋，蓴，荇三種水生植物的區別，他親自到池塘邊觀察對比。為了驗證蜾蠃即細腰蜂是否真的養育蜈蚣子，他連續多日蹲在蜂巢旁觀察，最終證實這是古人觀察錯誤。
第三是批判精神的彰顯。李時珍不迷信權威，對歷代本草著作中的錯誤進行了大膽糾正。他批評《神農本草經》玉石水土混同，修正《唐本草》圖與說異，兩不相應。對於當時流行的煉丹術和服食丹藥，求長生的風氣。他更是痛加批駁，豈有血肉之軀，能堪金石重墜之物久住腸胃，求生而喪生，可謂愚也。
最為可貴的是，李時珍的實證精神，他不僅讀萬卷書，更行萬里路，堅持透過實地考察驗證書本知識。在考察曼陀羅花的麻醉作用時，他親自嘗試並詳細記錄反應。在研究大黃的瀉下作用時，他透過對照試驗，確定了最佳劑量。在探討澤瀉的利尿功效時，他跟蹤觀察了多例患者的治療效果。
李時珍還特別重視民間知識的收集和整理。他在書中收錄了大量民間單方驗方，並註明來源，例如治療瘧疾的青蒿絞汁方，就來自湖廣民間的實踐經驗。這些科學方法和批判精神本書超越了單純的本草學著作，成為一部包含了植物學，動物學，礦物學，化學，農學，氣象學等多學科知識的百科全書。英國生物學家達爾文多次引用《本草綱目》，稱其為中國古代的百科全書。
李時珍生前並未看到《本草綱目》的廣泛傳播，他去世後的最初幾十年，這部鉅作甚至遭遇了冷遇和質疑。
這部凝結了一生心血的著作，其價值被真正認識，經歷了一個漫長的過程。《本草綱目》出版之初，在醫學界引起了激烈爭議，保守派醫家攻擊李時珍，擅改古法，詆譭先賢。明代著名醫家張介賓批評其恐誤後人。一些科舉出身計程車大夫也輕視這部著作，認為醫家小道，何足掛齒，更現實的問題是，由於全書規模宏大，刻印成本高昂，普通醫者根本買不起。
出版《本草綱目》定價高達30兩白銀，相當於一個縣令半年的俸祿，因此這部書最初主要在官府和大藏書家之間流傳，未能普及到廣大醫者手中。轉機出現在萬曆34年，江西巡撫夏良心發現了這本書的價值，決定由官府出資重刻，這就是著名的江西版或夏良心版，夏良心高度評價此書，官方的認可，極大地促進了該書的傳播。
明清之際，《本草綱目》逐漸被醫學界接受。清代醫家趙學敏編撰《本草綱目拾遺》時，在序言中稱讚李氏綱目博極群書，考核精審，立例謹嚴。自《神農》而後，未有如此書之精且博者。乾隆年間，編纂《西庫全書》時，《本草綱目》被收錄於子部醫家類，並獲得了蓋集本草之大，無過於此的極高評價。
19世紀《本草綱目》開始引起西方學者的關注。一八一二年，法國漢學家勒杜薩在《亞洲研究》上發表了關於《本草綱目》的論文，首次向歐洲介紹這部鉅著。此後，英國，德國，俄國等國的學者陸續開始研究和翻譯。其中最具影響力的是英國生物學家達爾文。他在研究動植物變異時，多次引用《本草綱目》中關於金魚，牡丹，菊花等人工選擇的記載。並稱李時珍為中國的林奈。在一五九六年出版的中國古代百科全書中，己經有關於選擇原理的明確技術。
然而，《本草綱目》的國際化傳播並非一帆風順。由於文化差異和翻譯困難，早期西方學者對本書存在很多誤解。有些譯者將書中的神話傳說當作信史，有些則因不理解中醫理論而曲解原文。首到20世紀，隨著漢學研究的深入和跨學科合作的發展，《本草綱目》的真正價值才被全面認識。】
唐朝
孫思邈看到明朝的醫家們，特別是太的御醫們思想腐朽陳舊，墨守成規，不由得搖頭，重重的嘆了口氣，孫思邈也替朝廷編撰了《唐本草》，但是得知後人嚴格遵守著自己寫的這個醫書，孫思邈卻並不覺得開心。
因為後人說的沒錯，醫學知識應當不斷更新，豈能一成不變呢？這豈不是耽誤人嘛？看到李時珍歷盡千辛萬苦，終於把《本草綱目》出版成功。他不由得欣慰，又替李時珍鬆口氣。付出了這麼多人，幸好還是能成功出版，沒有白費李時珍多年的努力。孫思邈微笑看著天幕，他可真想親親眼看看這個不朽的經典吶！
明朝
李時珍在滿屋子的書稿中淚流滿面。雖然如今的李時珍真正開始編撰，真正開始寫書的工作才幾年，但是其中的艱辛他早早就體驗過了。最難過的是受到同行們的的質疑，反對和嘲笑，但是這些困難都不能嚇跑李時珍。
得知自己終究還是把《本草綱目》成功出版了，他開心的是不忍不住淚流滿面，他開心得忍不住淚流滿面，即使在自己去世前並沒有看到真正的書，即使《本草綱目》在出版了很多年之後才被人們得知它的價值， 他仍然高興不己。
嘉靖皇帝朱厚熜沒想到看天幕，講李時珍的故事，還能看到自己的後繼者是誰。萬曆。這不知道是自己第幾個兒子呢？但他也很是開心，因為按照這樣來看，65歲的李時珍中風是在萬曆十年。這樣看來，自己還有很長的壽命呀，這他當然開心了。
但是她開心的心情很快就被那些蠢才給禍壞了。看到李時珍被那些守舊的人士，太醫還有醫者們批判抵制。還有那些迂腐的傢伙去舉報《本草綱目》。朱厚熜看到都被氣笑了。生氣那些蠢貨，差點毀了這麼一部鴻篇鉅著。笑是沒想到天下還有如此迂腐愚蠢之人，讓他大開眼界。
不過看到李時珍認為自己煉丹是荒誕的行為。朱厚熜又覺得有點心虛，他摸了摸鼻子，決定再也不要煉丹了，被後人反覆提起反覆批判，也太有損他英明神武的形象了。
不過他更下定了決心要徹底整頓太醫院那些太醫們不僅迂腐陳舊，而且竟然草藥知識這麼的差，簡首尸位素餐，忝為御醫。不知道後人的太醫院是怎麼樣設立的呢？
萬曆皇帝朱翊鈞得知李時珍的《本草綱目》在自己統治期間才正式出版，趕緊吩咐人把還在世的李時珍尋來。這可是上了天幕的人物和不朽的經典，朝廷可不能錯過。
。歉道門登珍時李向去自親就即當，了錯道知他。義意和值價正真的》目綱草本《部這珍時李了解瞭底徹，幕天著看他。臉遮袖以得由不。分萬愧他讓，幕天了上還還，話的珍時李評批己自到想沒賓介張
