【第二次對策，漢武帝問的是如何施政，如何用人。董仲舒的回答將話題引向了文化與教育。他指出，秦朝以法家之術治國嚴刑峻法，導致王道斷絕。漢朝建立以來，雖欲有所作為，卻因學者議論人各有心，無法形成統一的指導思想。
他由此提出了那個石破天驚的建議：春秋大一統者，天地之常經，古今之通義也。今師異道，人異論，百家殊方，指意不同，是以上亡以持一統，法制數變，下不知所守。臣愚以為諸不在六藝之科，孔子之術者，皆絕其道，勿使並進。邪辟之說滅息，然後統紀可一而法度可明，民知所從矣。這就是後世總結為罷黜百家，獨尊儒術的核心主張。
第三次對策，漢武帝問的是天人感應的具體體現和治國方略的細節。董仲舒進一步闡述了天命與君德的關係。強調君主必須法天而行，施行德政，以教化治國，而不能專恃刑罰。
三次對策，層層遞進，構建了一個完整的思想體系。他以天人感應為形而上的根基，賦予君權以神聖性，同時用災異遣告來制約君權。他以大一統為政治綱領，要求思想文化的高度統一，為中央集權提供理論支撐。他以德主刑輔為治國方略，主張以教化為主，刑罰為輔，它以更化為實踐路徑，要求革除秦朝政，實現善治。
漢武帝被深深震撼了，這位年輕帝王從董仲舒的回答中看到了自己心中那個龐大帝國的哲學藍圖。它不是赤裸裸的權力，而是披著天命與道義外衣的具有終極合法性的統治。
劉徹將他派往兄長劉非的封國擔任國相。這是對他才華的認可，也是對他的重用。而董仲舒的天人三策也被後世尊為群儒首的奠基之作。
離開長安，董仲舒前往江都擔任江都易王劉非的國相。劉非是武漢帝的同母兄，長此人是一位粗暴蠻橫，崇尚武力的諸侯王，他對董仲舒的到來表面上很尊重，實際上卻心懷鬼胎。他把自己比作春秋五霸之一的齊桓公，把董仲舒比作輔佐齊桓公成就霸業的管仲。言下之意是希望董仲舒像管仲輔助齊桓公那樣幫助他成就霸業，甚至有朝一日問鼎中原。
面對劉非的試探，董仲舒給出了一個足以載入史冊的回答，他沒有首接拒絕，而是借古喻今。從容對曰：“夫仁人者，正其義不謀其利，明其道不計其功。”
正其義不謀其利，明其道不計其功，這12個字從此成為儒家士大夫立身處世的千古箴言。他的意思是一個真正的仁人，只問自己的行為是否符合道義而不計較是否能夠獲得利益？只求彰明心中的真理而不計較是否能夠取得功績，所以孔子門下即便是五尺高的童子，也羞於談論五霸，因為五霸是先用欺詐和武力，然後才假借仁義之名。言下之意，您想學武霸，那根本就不是仁者的正道，根本不值一提。
這一番話不卑不亢，正氣凜然。如同一盆冷水澆在劉非頭上，他聽懂了董仲舒的潛臺詞，我董仲舒奉行的是春秋大一統，是維護天子權威，絕不會輔助任何諸侯王搞分裂割據。這位驕橫的諸侯王，面對董仲舒的凜然正氣，竟然無言以對，從此對董仲舒敬重。董仲舒以他的智慧和風骨，虎狼叢中守住了儒者的尊嚴。
在江都期間，董仲舒還做了一件在當時看來很正常，後世卻頗有爭議的事情。他舉行求雨止雨之類的儀式，這些在今天看來帶有迷信色彩的活動。在當時卻有其特殊意義，他們是儒家參與社會治理，影響民眾生活的一種方式，也是董仲舒天人感應理論的具體實踐。六年後，董仲舒被調回長安任中大夫。
然而，新的危機正在等待著他。元光六年或元朔元年西元135年或西元136年，兩場大火震驚朝野遼東的高廟和長陵的高園殿相繼發生火災。在那個時代，宗廟火災被視為重大的天象警示。董仲舒推究這兩場火災的意義寫成了一份奏章的草稿，他認為這兩場火災是上天對朝廷的警告。意在提醒皇帝要誅殺行為傲慢不當的皇親國戚，以及皇帝身邊的腐敗官員，然而。奏章還沒呈上，一場橫禍降臨了，主父偃這位後來以推恩令聞名。此刻嫉妒董仲舒之才的政客。到董仲舒家做客時，看見了這份草稿，他即刻將草稿偷走，首接呈給了漢武帝。漢武帝將草稿出示給眾儒生看，董仲舒的得意門生呂步舒竟然不知這是自己老師的作品，痛批這份草稿大愚，認為其荒誕不經於是董仲舒被交付司法審訊判處死刑。
從一代大儒淪為階下死囚，這種從巔峰到深淵的墜落，足以讓任何人崩潰。然而，命運的戲劇性轉折再次降臨，漢武帝最終下詔赦免了他。史書沒有記載漢武帝為何改變主意。或許是念及他曾經的貢獻，或許是覺得他罪不至死，又或許那個年輕的帝王內心深處對這位老儒仍有幾分敬意。
但無論如何，這次事件對董仲舒的打擊是巨大的，從此他再也不敢公開談論天人感應，災異遣告之類的話題，一個思想家被迫對他思想中最核心的部分保持沉默，多麼的悲劇。被赦免後，董仲舒雖恢復了中大夫的職位，卻己心灰意冷。
他又因遭公孫弘嫉妒被推薦給另一位更難伺候的諸侯王膠西王劉端擔任國相。劉端是漢武帝的兄長，比劉非更加兇殘暴虐。許多前任國相或被殺或被毒死。董仲舒深知此行兇多吉少，但他還是去了，或許是因為儒者的使命感，或許是因為無法違抗朝廷的命令。在膠西，董仲舒依然保持著一貫的正首與謹慎。劉端雖暴虐，但聽聞董仲舒是大儒，對他還算尊重。董仲舒小心謹慎地處理政務。西年後，他以年老有病為由辭職回家，終於脫離了這是非之地。從此，他徹底結束了仕途生涯，回到家中潛心著書，不問家產。辭官後的董仲舒回到了長安附近的茂陵居住。】
秦朝
嬴政在聽到天幕中董仲舒提出的秦朝以法家之術治國，嚴刑峻法，導致王道斷絕的時候皺起了眉頭，很是不悅，但是他向來喜怒不形於色，因此他遠沒有下首的李斯表現的那麼激動和憤怒。嬴政強忍著不悅看完了天幕中董仲舒天人三策的內容，越聽眉頭就逐漸就慢慢鬆了開來。
這個叫董仲舒的，雖然狂悖囂張，胡說八，膽敢亂評價大秦，但是嬴政現在也理解了，為什麼漢武帝會採納董仲舒的建議。因為在一個皇帝的角度來說，董仲舒提議思想文化進行高度的統一，天人感應，君權神授實在是再好不過的統治大一統國家的辦法了。
雖然挺心動的，但是贏政仍然對罷黜百家，獨尊儒術有保留意見。大秦一向以法家思想治國，商鞅變法以來家思想使大秦迅速崛起成為一大強國，最終甚至統一六國。但是想到就是這罷黜百家獨尊儒術的思想統一主導了未來中國2000多年的思想文化。他又陷入了思考和猶豫。
李斯看到了董仲舒大言不慚的話，都快要氣瘋了，如果不是站在秦始皇和其他大臣們一起站在大殿上，他氣的差點就要捋起袖子爬進天幕去把董仲舒給狠狠的揍一遍了，氣煞他也！
法家之術才是最適合大一統國家長治久安的無與倫比的思想文化。其他所有百家思想流派根本不能與之相提並論，這個董仲舒實在太大言不慚了。滿是怒氣的李斯抬頭看陛下若有所思的神情，瞬間怒氣就從背脊就被突然冒出來的恐懼所替代。
嬴政看上去並沒有多麼生氣，反而開始認真思考董仲舒的理論，這是讓李斯最害怕的的地方，畢竟透過天幕，大家都知道了董仲舒的狗屁不通的理論，才是統治中國是2000多年的主流思想。李斯強迫自己儘快冷靜下來。腦海中瘋狂的思考著，要怎麼樣才能保住法家在大秦的統治地位？怎麼樣迎合君主，也許自己可以利用該死的儒家思想。
西漢
董仲舒欣慰的捋著自己的鬍鬚，看著天幕闡述自己的理論思想，更讓他興奮的己經不只是年輕的陛下采納自己的建議了，而是由於有了天幕，自己的理論思想能夠透過天幕傳達到歷代歷朝各個時空中，他相信一定能對各代君主有更多啟發靈感。這意味著自己的理論思想，歷朝歷代都能實現得到發展，讓董仲舒欣喜若狂。
