【辭官後的董仲舒回到了長安附近的茂陵居住。他雖然不在朝廷任職，但朝廷每逢有重大決策，仍會派使者以及廷尉張湯等人，專程到他家中徵詢意見。董仲舒每次都能給出明確的符合法度的回答。張湯將詢問董仲舒的部分材料整理為《春秋決獄》一書，這本書收錄了董仲舒依據對200多個疑難案件所作的判決。他開創的春秋決獄，成為漢代司法實踐的一大特色，影響深遠。
晚年的董仲舒將全部精力投入到學術研究和教育事業中。他門徒眾多，如吾丘壽王，禇大，殷忠，呂步舒，嬴公等，皆以學行著稱。他最重要的著作是彙集其一生思想精華的《春秋繁露》。
漢武帝太初元年，董仲舒在家中病逝，享年75歲。他死後葬於長安西郊，據說漢武帝經過他的墓地時，為了表彰其對漢王朝的貢獻，特地下馬致意，因此董仲舒的墓地又名為下馬陵。這個細節意味深長，那位生前與他有過複雜互動，甚至一度要將他處死的帝王，最終還是用這種方式表達了對這位大儒的敬意。
在陝西省興平市南位鎮茂陵以北，至今仍有一座南北長71米，東西寬30米，封土殘高14.3米的古冢。村民稱為策冢。當地村民說，這是因為他們的祖上董仲舒曾進呈天人三策，有功於漢。為銘記先人功績，遂以策為名。一座墓，一個名字，承載著一個民族對思想者的永久紀念。
董仲舒的思想博大精深，體系嚴密。他以儒家學說為基礎，陰陽五行為框架，兼採道家，法家，墨家等諸子百家的思想精華，建立起一個外儒內法，具有神學傾向的新儒學思想體系。
天人感應是董仲舒思想體系的基石，這一理論的精妙之處在於它的雙重功能。一方面，它賦予君權以神聖性。皇帝的權力來自上天不可侵犯，另一方面，他又用天來制約君權，說皇帝的權力不是無限的，他必須對天負責，必須施行德政。正如災異是對失道君主的警告，祥瑞則是對有道君主的嘉許。
董仲舒深知，在專制體制下，沒有任何人間力量能夠制約皇帝，唯一可能讓皇帝有所忌憚的就是天。他用神學的外衣，包裹了限制君權的政治智慧。
大一統並非董仲舒首創，董仲舒的貢獻在於，他將其提升為天地之常經，古今之通義，使其成為不可動搖的政治哲學命題。大一統包含幾個層面的含義，政治上要損益諸侯，一統乎天子，使西海來臣，思想上要罷黜百家，獨尊儒術，使統紀可議而法度可明，文化上要統一文字度量衡，倫理規範，使整個社會有一個共同的行為準則。這套理論為新的儒學，屬於外儒家內法，再加上道家和陰陽家等學說形成，為漢武帝加強中央集權，鞏固國家統一提供了最有力的思想武器。
董仲舒根據陰陽學說提出了三綱的理論，他認為陽貴而陰賤，親陽而疏陰天道如此，人道亦當如此。因此，君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱，君出自天意不可變更。五常仁義禮智信則是處理人倫關係的道德準則。董仲舒將三綱五常結合起來，構建了一個從宇宙論到人倫日用，從政治秩序到家庭倫理的完整體系。
他拋棄了先秦儒家提出的君臣，父子等關係中原本存在的互惠互動關係，把雙向的人倫義務變成片面的等級服從。這一理論對後世影響極為深遠，成為中國傳統社會倫理秩序的核心。
董仲舒認為，天道有陰陽，陽為德陰為刑，天是欲生不欲殺的，天道是重陽輕陰的。因此，統治者應以德為主，以刑輔之，德治的核心是教化。董仲舒極力主張設立太學，辦地方學校，透過教化來移風易俗，使民眾自覺地遵守道德規範。他強調，教化是鞏固封建統治的最完備的堤防，但這並不意味著要完全廢除刑罰，而是要以德為主，以刑為輔，德刑並用，這套治國方略，後來被漢宣帝概括為霸王道雜之的漢家制度，影響了此後2000年的中國政治。
董仲舒認為，秦朝是亂世，漢朝必須改弦更張，才能善治，這叫做更化，更化應表現為改正朔，易服色，制禮樂，去秦弊政。
董仲舒逝世後2000多年，對他的評價始終在兩極之間搖擺，兩漢時期他被尊為群儒首。司馬遷在《史記》中為他立傳，並深受其春秋史觀的影響。班固在《漢書》中增補了大量董仲舒的文獻，使之得以傳世。漢章帝時期的白虎觀會議進一步將董仲舒的三綱五常學說確認為官方統治思想。
魏晉至隋唐因讖緯神學的衰落，董仲舒的學術地位一落千丈。唐代韓愈排道統，首接把董仲舒排除在儒家正統行列之外，柳宗元甚至批評董仲舒的學說。宋元明清董仲舒的學術地位逐漸被重新認識，元文宗至順元年，他被請入孔廟從祀，明代多次改定從祀制度，董仲舒始終名列其中。清代《春秋繁露》的刊刻和研究也形成熱潮。
清末民初，面對民族危亡，董仲舒學說，再次被啟用。康有為將其改制更化學說。當做維新變法的理論武器推崇董仲舒為儒宗。新文化運動中，因君權天授的觀點，董仲舒被打成專制主義的幫兇，再次跌落塵埃。一九西九年以後，董仲舒研究經歷了曲折歷程。20世紀五六十年代，圍繞董仲舒哲學的定性問題，學界展開熱烈討論。隨著學術研究的恢復，董仲舒研究逐漸迴歸正軌，肯定性評價漸成主流。一九八六年，全國首次董仲舒哲學思想學術討論會召開，標誌著董仲舒研究進入新的階段。
今天，越來越多的學者主張要用同情的理解來看待董仲舒。他們指出，董仲舒完成了思想統一的歷史重任。但這並不是他一個人的功勞，而是思想家與政治家長期合作的結晶，他使得先秦儒家的理想在漢代變成了現實，將儒家思想變成國家意識形態，成為全社會的指導思想。這種思想體系對於鞏固國家的統一，防止暴政，緩和對農民的剝削壓迫有積極作用。
當然，批評的聲音依然存在。批評者認為，董仲舒的思想核心是維護封建秩序，神話專制皇權，把雙向的人倫義務變成片面的等級服從，長期禁錮著中國人民的頭腦，桎梏著歷史的發展。
這些截然不同的評價，恰恰說明了一個事實。董仲舒是中國思想史上無法繞開的巨人。他的思想既有其歷史的侷限性，也有其超越時代的價值，既有為專制統治服務的功能，也有制約絕對權力的智慧，既有神學迷信的色彩，也有深刻的哲學洞見。
一個事實無法否認，董仲舒的思想塑造了此後2000年中國文化的底色。大一統的國家觀念，三綱五常的倫理秩序，德主刑輔的治國方略乃至中國人對天命的敬畏，對災異的敏感，都與董仲舒有著千絲萬縷的聯絡。】
秦朝
嬴政看完天幕之後精神一振，終於想到了解決的辦法，原來這個董仲舒提出的新儒學思想是外儒內法的思想體系。嬴政終於放心，他就說法家之術是管理臣民的重要武器，一個大一統國家的君王又怎麼可能有法家治理國家的辦法不用。原來是在法家的思想外層穿上了儒家思想的外衣，不過這樣的確是能迷惑人心，看上去比大秦一首沿用的完全的法家思想溫和的多，也更容易迷惑人心。
嬴政對此很是不屑，不過就是看上去溫和一點的版本罷了，但是想到這種新儒學思想在華夏大地統治的時間之久，影響之深遠，又讓嬴政開始認真思考，也許大秦也可以改變一下，畢竟後人證明了這種理論有多麼適合大一統國家的。
在嬴政身邊多年的李斯一看嬴政的表情，就知道自己剛才的想法不是無的放矢，他心中滿是苦澀的低下頭，無奈的想道，看來自己是真的要準備開始想出和儒家思想結合的法家之術了。
西漢
劉邦看到君權神授有對君主的制約，稍微皺起了眉頭，但很快，他又想通了。如果沒有半點對君主的約束，那大臣和百姓們也不會安心，這不是國家長治久安的辦法。而且這種約束，並沒有太大影響。要害怕的也是那些昏庸和殘暴不仁的君主。總體來說，董仲舒的這個理論還是讓劉邦眼前一亮，一看就知道這是好東西。
劉邦忍不住摸了摸下巴，看著丞相蕭何和張良等人熱烈的討論著，不禁有點羨慕嫉妒恨自己的那個重孫子漢武帝劉徹了，這小子怎麼這麼好命？不僅衛青霍去病這種百年難得一遇的將領扎堆出現，還有董仲舒，主父偃這種天才文臣也是在劉徹的時代出現，怎麼乃公就沒有遇到呢？這麼多人才扎堆在一起，乃公也能輕鬆的創造出盛世呀！劉邦忍不住酸酸的想著，乃公能做的比這小子更厲害。
漢武帝劉徹反正全程驕傲得意聽著新儒學罷黜百家，獨尊儒術，幾千年來有多麼重要。你問劉徹他有什麼好得意，明明這又不是他提出來的理論，這是人家董仲舒的思想。劉徹會傲氣的回答你，要不是朕這個伯樂慧眼識英雄，董仲舒縱使有再多的精妙理論也無處施展，而且朕有足夠的魄力和眼光采納並真正實施推行這些理論，這才是最重要的。
董仲舒高興的看到自己的儒學思想備受後世推崇，統治中國大地長達兩千多年，即使到了劉念恩他們所在時時代也是，也有著無與倫比的影響力。吾之道得矣，吾願足矣。
