秦百草和林太醫帶著醫使團和本地藥師，日夜不休。
他們仔細檢查病患，記錄各種症狀：發熱的規律、寒戰的頻率、嘔吐物的性狀、皮膚瘀斑的顏色與形狀、舌苔脈象……他們將症狀相似的病患歸類，嘗試不同的方劑。
本地藥師貢獻了許多土方：有用某種苦蒿煎水內服的，有用一種臭藤煮水擦洗的，還有建議佩戴裝有雄黃、蒼朮、菖蒲等藥物的香囊的。
太醫們則更信賴典籍和中原的經驗，嘗試用白虎湯、清瘟敗毒散等清熱解毒的成方加減。
然而，效果起初並不理想。
許多病患病情反覆，甚至服藥後加重。
死亡仍在發生，只是速度放緩了。
軍中和民間，開始瀰漫一種悲觀和恐懼的情緒，認為這“瘴母”是山鬼作祟，非藥石可醫。
轉機來自一次偶然。
一名本地老藥農，在醫使團重金懸賞下，提供了一味奇怪的方子：用生長在石灰岩山壁上的一種葉背有銀白色絨毛的藤蔓（當地人稱“銀背藤”），混合穿山甲的鱗片（煅燒成灰）和雄黃，以烈酒送服。
老藥農說，這是山裡獵人被“瘴母”所傷，九死一生後傳下來的法子，但用量極難掌握，且穿山甲鱗難得。
秦百草藥學功底深厚，直覺此方或有道理。
銀背藤他見過，有奇特的辛涼氣味；穿山甲鱗中醫本就有活血消癰之用；雄黃燥溼祛痰、解毒殺蟲；烈酒行藥勢。
他大膽決定，以此方為基礎，結合太醫們對病症“溼熱毒邪內蘊，瘀阻脈絡”的判斷，進行改良。
他減少了可能有毒的雄黃用量，加入了黃連、黃芩、金銀花等清熱解毒的藥材，並用更容易獲取的犀角替代了難以獲得的穿山甲鱗，以增強涼血解毒之效。
方劑配出後，先在少數重症病患身上謹慎試用。
令人驚喜的是，服用此方的幾名病患，高熱竟在一晝夜內有所減退，神志也清醒了些，雖然仍未痊癒，但病情明顯出現了轉機！
這給了醫者們巨大的信心。
經過反覆調整藥方比例，並在更多病患身上驗證，一個相對固定的、針對這種黑水瘟的方劑逐漸成型，被命名為“清瘴敗毒飲”。
此方以銀背藤、犀角（水牛角）、生地、丹皮、赤芍等涼血解毒，以黃連、黃芩、連翹、金銀花清熱燥溼，佐以少量雄石、菖蒲闢穢化濁。
同時，醫者們也發現，在發病早期，及時服用大劑量的常山、草果煎湯，對遏制高熱寒戰有較好效果。
預防方面，結合本地經驗，推廣了幾項措施：強制士兵每日服用少量用檳榔、厚朴、草果等藥材煎煮的“闢瘴湯”；隨身佩戴裝有蒼朮、白芷、雄黃、麝香等藥材的香囊；在營地周圍大量焚燒艾草、蒼朮、硫磺等驅蟲避穢之物；嚴格禁止在清晨、黃昏等瘴氣易發時段外出，尤其避開山谷、水潭等潮溼地帶。
經過近一個月的艱苦努力，付出了數十名醫工、役夫也被感染犧牲的代價後，疫情終於被初步控制住了。
新發病例大幅減少，重症病患的死亡率從最初的超過七成，下降到了三成左右，輕症者大多得以痊癒。
劉闖也僥倖撿回一條命，但身體極度虛弱，需長期將養。
雖然“清瘴敗毒飲”等方劑並非對所有人有效，預防措施也不能完全杜絕感染，但相比之前面對瘴癘束手無策、成批倒斃的恐怖局面，已是天壤之別。
軍中士氣為之一振，對“瘴母”的恐懼雖未消散，但至少有了應對之法和希望。
陳到將防治經驗和初步有效的方劑、措施，詳細寫成奏報，連同請求補充藥材的清單，急送郢城和神京。他在奏報中沉痛地寫道：“南征之難，不在敵酋，而在瘴癘。
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