最終慕容衝下詔以慕容溫為營造大使，全面主持洛陽新建修繕設計工作，不過對於新都卻是不急於一時，天下尚未一統，洛陽還地處燕晉邊界前沿。
東晉荊、雍、江、豫，叛軍集團作亂時東晉朝堂上下自顧不暇，，燕國大量將領上書請戰。
於是乎在乾元八年，慕容衝命令毛德祖、王仲德率領左右鷹揚衛分別從琅琊、梁郡南下。慕容德為徵南大都督、慕容盛為副都督率領左豹韜衛（慕容盛）南下彭城。
目標占據整個淮北。
東晉早已經自顧不暇，淮北、彭城歸王恭（青兗二州刺史、鎮京口）管轄，劉牢之為其司馬、領南彭城內史。隨著叛亂髮生王恭被殺劉牢之全面掌握北府兵權。
但是此刻彭城守將只是徐州刺史劉該，並且防禦力量薄弱。
乾元八年中燕軍飲馬淮水。
劉牢之本是低階將領，一下子佔據了王恭的顯赫職位，眾人都無法心悅誠服，劉牢之便重用心腹徐謙之等人以加強自己的勢力。
當時，楊佺期、桓玄率部威逼京師，上表為王恭申辯，請求朝廷誅殺劉牢之。劉牢之率北府兵急速行軍奔赴京師，駐紮在新亭一帶。桓玄等人接受詔令從京師退兵，而劉牢之則回兵鎮守京口。
劉牢之驟得北府大權，出身低微，舊部、世家將領皆不服，只能提拔徐謙之等心腹，內部離心；
桓玄、楊佺期借王恭之死，舉荊雍大軍兵臨建康城外，上表要求誅殺劉牢之，與朝廷形成武力對峙；
司馬元顯無可靠京畿軍隊，只能依靠劉牢之北府兵制衡上游藩鎮，被迫妥協安撫桓、楊，雙方矛盾只暫時壓下，裂痕無法彌合。
朝廷無力剿滅上游聯軍，只能分割荊、江、廣三州安撫桓玄、殷仲堪、楊佺期，形成新上游三強鼎立：
桓玄：由廣州刺史改任江州刺史，鎮尋陽，掌控長江中游咽喉，分得大量荊南郡縣；
殷仲堪：保留荊州刺史，但失去江州屬地，勢力收縮江陵；
楊佺期：提拔為雍州刺史，都督梁雍秦三州，鎮襄陽，分割荊州北部兵權，制衡殷仲堪、桓玄；
京口：劉牢之代王恭，都督兗、青、冀、幽、並、徐、揚州晉陵諸軍事，北府兵徹底脫離高門，寒門武將掌控下游最強兵力；
豫州：司馬尚之接任豫州刺史，宗室收回歷陽兵權，解決庾楷叛亂隱患。
荊、江、雍、豫四大軍事集團互相猜忌、互相牽制，無一人願意抽調兵力北上收復淮北，全部精力放在江東、荊州權力爭奪上，淮北失地直接被東晉朝堂擱置，放棄收復。
叛亂雖平，但是裂痕已經埋下。
高門藩鎮衰落，寒門武將崛起 太原王氏王恭敗亡，京口北府從高門附庸轉為寒門獨立勢力（劉牢之、劉裕等武將登上政治核心舞臺），打破王、謝、桓、庾四大家族壟斷兵權的格局。
桓氏勢力全面復甦，埋下桓玄篡晉伏筆 桓玄獲得江州重鎮，掌控荊揚水路，同時拉攏楊佺期、分化殷仲堪.
門閥共治體系瓦解 原本士族共治、互相制衡的門閥政治崩潰，轉向軍閥藩鎮爭霸。
數月過後乾元九年，三吳震動。
會稽王世子司馬元顯，性情嚴苛刻薄，隨意決斷生殺；他徵發東方各郡原本由奴婢赦免而來的依附佃戶，稱作 “樂屬”，把他們遷移到京城，用來補充兵役，東部百姓全都騷動不堪，深受其苦。
孫恩趁著民心怨憤動盪，從海島率領徒眾擊殺上虞縣令，隨即進攻會稽郡。會稽內史王凝之，是王羲之的兒子，他家世代信奉天師道。敵軍打來時，他不調軍隊，也不佈置防禦，每天在道堂裡磕頭唸咒。下屬官員請求出兵討伐孫恩，王凝之說：“我已經祈求大道，借來數萬鬼兵把守各處渡口要道，賊人不值得擔憂。”
等到孫恩大軍逼近，他才准許調兵，可孫恩已經兵臨會稽城下。
甲寅日，孫恩攻克會稽，王凝之出城逃跑，被孫恩擒獲殺害，他的幾個兒子也一同被殺。
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