然而，新的問題又出現了。
弘治十三年，江南發生一樁大案。蘇州知府王錡被指控貪贓枉法，都察院查實後判處斬刑。然而，在複核案件時，朱祐樘發現了一些疑點。
“這個王錡，”朱祐樘對戴珊說，“在蘇州任職三年，政績突出，深受百姓愛戴。為何會突然貪腐？”
戴珊回道：“陛下，人都是會變的。王錡或許初時為官清廉，但見蘇州富庶，難免動心。”
朱祐樘仍不放心，命東廠暗中調查。結果讓人大吃一驚：王錡是被當地豪紳誣陷的，因為他觸動了這些人的利益。
原來，王錡在蘇州清查隱田，打擊豪強，因此得罪了當地勢力。這些豪紳便聯合起來，羅織罪名陷害他。
朱祐樘勃然大怒，立即下旨為王錡平反，嚴懲誣告者。同時，他開始反思整頓吏治的方法。
“朕差點枉殺忠臣！”朱祐樘對徐溥感慨道，“整頓吏治固然重要，但也要防止被人利用，成為黨爭工具。”
徐溥道：“陛下聖明。臣以為當完善司法程式，重大案件必須經過多番複核，避免冤假錯案。”
從此，朱祐樘對吏治整頓更加謹慎。他規定，五品以上官員的案件，必須由皇帝親自複核；死刑案件，必須經過三法司會審。
這些措施雖然增加了工作量，但有效避免了冤獄的發生。
在整頓吏治的同時，朱祐樘也開始注重培養和選拔人才。他重用科舉出身的官員，特別是那些出身寒門、瞭解民間疾苦計程車子。
弘治十四年的科舉，朱祐樘親自擔任主考官。在閱卷時，他特別欣賞一份試卷，作者是來自江西的舉子羅玘。
“這個羅玘，”朱祐樘對徐溥說，“文章樸實，卻切中時弊。特別是關於吏治改革的建議，很有見地。”
徐溥看了試卷後也說：“此子確實不凡。他提出的“高薪養廉”之策，與陛下增加官員俸祿的想法不謀而合。”
朱祐樘當即欽點羅玘為狀元。放榜後，他親自召見羅玘。
“羅愛卿，你在試卷中提出“高薪養廉”，可否詳細說說？”
羅玘躬身道：“陛下，如今官員俸祿微薄，難以養家餬口。若要求他們清廉自守，實在是強人所難。臣以為，當大幅提高官員待遇，使其無後顧之憂，方能從根本上杜絕貪腐。”
“可是，”朱祐樘皺眉，“提高俸祿需要大量銀兩，國庫恐怕難以負擔。”
羅玘道：“陛下，可先精簡機構，淘汰冗員。用節省下來的開支，提高留任官員的待遇。如此可不增加國庫負擔，又能達到養廉效果。”
朱祐樘覺得這個建議很有道理，便下令吏部研究實施。
在羅玘等新科進士的加入下，吏治整頓進入了一個新階段。他們年輕有為，充滿理想，給朝堂帶來了新的氣象。
然而，舊勢力的反抗也從暗處轉到了明處。
弘治十五年，以成國公朱儀為首的勳貴集團開始公開反對吏治整頓。他們在朝會上慷慨陳詞，說整頓吏治是“變更祖制”，“動搖國本”。
更嚴重的是，他們開始散佈謠言，說皇帝“寵信文臣，輕視武將”，“想要削奪勳貴特權”。
這些謠言在軍中引起不小波動。一些武將開始對文官產生敵意，朝中文武對立日益嚴重。
朱祐樘意識到問題的嚴重性，他採取了一個出人意料的措施：任命兵部尚書馬文升為吏部尚書。
馬文升是文武全才，既懂軍事，又通政務，在文武官員中都有很高威望。他的上任，有效緩解了文武對立的局面。
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