接下來的兩週,徐辰和劉偉成了實驗室裡的“黃金搭檔”。
徐辰負責設計實驗方案,計算加樣量和時間點;劉偉則負責具體的溼實驗操作。
劉偉不愧是博五的“資深科研狗”,操作手法嫻熟無比。
“質粒構建,gibson組裝體系,50度反應15分鐘。”劉偉一邊唸叨著,一邊用移液槍精準地吸取微量的dna片段。。
“轉化感受態細胞,冰浴30分鐘,42度熱激90秒,復甦1小時。”
……
然而,實驗並不總是一帆風順的。
第三天,第一批轉化結果出來了。
“徐神,情況不對。”劉偉拿著培養皿,眉頭緊鎖,“這批菌落長得太慢了。按照你的設計,我們用的是弱啟用子來壓低pfk的表達量。但是現在看來,壓得太狠了,菌體好象……快餓死了。”
徐辰接過培養皿,對著光看了看。確實,上面的菌落細小如針尖,幾乎看不見。
“不應該啊。”徐辰調出模型資料,“根據奇異攝動理論的計算,35的活性是臨界點。只要高於這個值,糖酵解通量應該能維持基本的生存須求。”
“除非……”徐辰的目光突然變得銳利,“除非我們忽略了什麼。”
他迅速開啟計算機,重新檢查了一遍那個龐大的微分方程組。
幾分鐘後,他猛地一拍大腿。
“大意了!我忽略了‘滲漏表達’!”
徐辰指著螢幕上的一行引數,有些懊惱地說道:“我用的這個啟用子,雖然理論強度是弱的,但在大腸桿菌的實際環境中,它會有一定的基礎滲漏。也就是說,即使我不加誘導劑,它也會偷偷地表達一點點酶。”
“而在我的模型裡,我假設它是完美的開關。這就導致實際的酶活性比我計算的要高,反而觸發了細胞的負反饋調節,把整個通路給鎖死了。”
徐辰在心裡狠狠地吐槽了自己一句:這就是數學家的傲慢啊。總以為世界是完美的球體,結果現實卻是個坑坑窪窪的土豆。生物系統裡的噪音,有時候比訊號還大。
“那怎麼辦?重做?換個更嚴謹的啟用子?”劉偉問道,手裡已經準備去拿廢液缸了。
“不,不用重做。”徐辰抬手攔住了他,眼神中閃過一絲瘋狂的資料流,“既然它喜歡滲漏,那我們就把滲漏也算進去。給我十分鐘,我修正一下邊界條件。”
徐辰的手指在鍵盤上飛舞,螢幕上的程式碼如瀑布般流下。他並沒有推翻模型,而是引入了一個“噪音項”,將那個不可控的滲漏表達量,強行納入了微分方程的解空間。
“既然關不緊水龍頭,那就計算水滴漏下的頻率,然後……利用它。”
十分鐘後,回車鍵敲響。一個新的數值跳了出來。。我們做一點‘微調’,一點一點地把它的活性逼到那個臨界點上。”?”劉偉瞪大了眼睛,差點以為自己聽錯了,“這也太低了吧?這跟沒加有什麼區別?這完全是順勢療法的濃度啊!這能行嗎?”
“如果不信數學,我們還有別的選擇嗎?”?”。”
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“這就對了。”徐辰指了指腦袋,“生物系統的複雜性就在於它的非線性。那個能開啟寶庫的‘芝麻開門’的頻率,往往藏在人類直覺的盲區裡。第一次我大意了,把地圖畫錯了一角。現在地圖修好了,除了跟著地圖走,我們在黑暗中別無他法。”
“相信數學。在混沌的生物系統裡,它是唯一的火把。”
……
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