破了淮安北城之後，石鳳魁、石鎮常、石鎮吉、朱衣點、彭大順等人一鼓作氣，乘勝繼續發起猛攻，不給清軍喘息之機，很快拿下了南北二城之間的夾城。
殘存清軍龜縮入南城負隅頑抗。
不過隨著徐州地方戰事的結束，石達開攜重炮自徐州趕赴淮安。
石達開命人趁著夜色在南牆迎燻門外架起三十六門從北殿處購來的新式重炮，三十六炮齊發，南城城垣在持續的轟擊中轟然崩塌，碎石飛濺，煙塵蔽日。
石鎮吉率先鋒從缺口一擁而入，駐守南牆的楊殿邦的漕標標兵頓時潰散，翼殿大軍攻入淮安南城。迎燻門一破，淮安南城內的四萬餘清軍兵勇軍心瓦解。
江蘇巡撫吉爾杭阿收攏撫標退守漕運總督衙門，想憑藉高牆深院作困獸之鬥，卻被石鳳魁擊潰，淪為階下俘。
河道總督楊以增在河標的護衛下企圖從西門城門突圍，乘船遠遁，被朱衣點截住，生擒於馬下。至此，滿清淮安重鎮的兩督一撫一併就擒，淮安這座蘇北的漕運咽喉重鎮，終於易主。
淮安是蘇北清軍最大的據點，也是最後的大型據點。
拿下淮安，意味著整個蘇北平原對翼殿而言已是不設防之地，滿清再無可以依仗的堅城重兵，蘇北殘地猶如秋風中的枯葉，只待翼殿大軍席捲而下。
入城後的善後事宜，石達開早已安排得井井有條。
破城當日，翼殿殿前軍便貼出安民告示：凡我翼殿天軍聖兵，不得擅入民宅，不得掠取民財，不得姦淫婦女，違令者斬。
入城的部隊先是清理了南城主街上的屍體和瓦礫，清軍的屍首被拉到城外亂葬崗焚燒掩埋，翼殿陣亡將士的遺體則逐一登記姓名籍貫後以白布裹好停靈於城南校場，等候做法事擇地安葬。
隨後，一隊隊翼殿士兵擔著水桶從裡運河挑來清水，沿街潑灑沖洗，將路面上的血漬沖淡，又有翼殿士兵推著獨輪車從城外運來新挖的黃土，用石碾子碾碎篩細，均勻地鋪在道路中央，以迎接翼王入城。一切就緒後，石達開的馬車才出現在南門外。
這輛馬車乃彭剛所贈，車廂寬敞，鑲著武漢三鎮玻璃窗生產的玻璃車窗，透過玻璃能清清楚楚地看到車外光景。
拉車四匹大小毛色一致的蒙古駿馬也是隨馬車一併贈送，馬鬃梳得整整齊齊，轡頭上綴著紅纓，走起路來昂首闊步，威風凜凜。
馬車前後各有數百名翼殿壓迫感十足的刀牌手護衛，步履踏地之聲整齊如鼓點。
馬車從迎燻門駛入，沿著鋪了黃土的主街緩緩前行。
南城倖存的百姓們早已被翼殿士兵安排在街道兩側，黑壓壓地跪了一地。
淮安作為漕運中樞，糧食儲備較為豐足，這也是石達開集結重兵攻打淮安的重要原因。
不過淮安的存糧都緊著軍用，尤其是翼殿圍城以來，吉爾杭阿、楊殿邦、楊以增等人更是大肆削減了民間的糧食供應，以應對翼殿的長期圍困，是故淮安百姓也難得吃上飽飯。
這些百姓個個面黃肌瘦，衣衫襤褸，許多人跪都跪不穩，只能互相攙扶著匍匐在地。他們不敢抬頭，只是將額頭貼在冰冷的地面上，嘴裡含混不清地喊著恭迎翼王入城。
有些膽大的半大孩童偷偷抬起眼皮，朝那輛裝著玻璃窗的馬車張望，想看看傳說中的翼王到底是什麼模樣，是否如傳言那般有三頭六臂。
石達開的馬車穿過南城主街，轉入一條寬闊的官衙街，來到了漕運總督衙門。
漕運總督衙門前立著一對漢白玉石獅，朱漆大門上鑲著黃銅門釘，氣派非凡，門楣上的匾額已被翼殿士兵取下。
漕運總督衙門坐落於鎮淮樓北側，和鎮淮樓、淮安府衙等衙門在同一條中軸線上。
後世之中國漕運博物館，便是在漕運總督衙門遺址原址上建成的。
漕運總督衙門前身是明代淮安府署，滿清入關後又經幾任漕運總督不斷擴建，及至咸豐朝面積已相當龐大，衙門佔地約莫三萬平方米，呈典型官式建築佈局，主體建築沿中軸線排列，東側有官廳、書吏辦公處等，西側則有百錄堂等廳室。
石達開在漕運總督衙門前下了馬車，會同翼殿元宰張遂謀、幕僚曾錦謙、李嵐谷、曹偉人等翼殿文官在翼殿刀牌手的簇擁下自儀門踏進了漕運總督衙門。
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