約五千名荷蘭籍俘虜，其中包括德·維特中將以下數百名軍官被集中關押在坤甸郊外新建的幾處大型戰俘營中。
戰俘營戒備森嚴，但基本待遇符合劉志俊定下的“不虐待，但需勞動贖罪”原則。
他們被分成若干大隊，在嚴密看守下，參與坤甸城防工事的進一步加固、道路修繕等體力勞動。
德·維特等高階軍官被單獨關押，除了必要的審訊，主要是為了獲取荷蘭東印度軍力部署、本土動向等情報，也受到了相對“禮貌”的隔離。
劉志俊清楚，這些人是與荷蘭談判時最有分量的“資產”，必須保持其基本健康與“體面”。
另一方面，超過三千名被俘的土著士兵（爪哇、安汶、馬來等各族）則面臨著不同的命運。
荷蘭殖民當局顯然不會為他們支付贖金的，他們就像地裡的莊稼一樣，有需要了荷蘭人就去收割一下。
劉志俊也無意用寶貴的糧食長期供養他們。經過簡單甄別，剔除少數血債累累或頑固分子被槍決。
大部分人被編成若干勞工隊，在武裝押送下，送往西婆羅洲內陸新發現的幾處礦點。
那裡條件艱苦，勞動繁重，但有基本的口糧保障，算是一種“以工代罰”。
劉志俊對負責此事的官員明確指示：“讓他們用勞動換取未來的自由。記錄工分，設定一個合理的額度，幹夠了，表現好的，將來可以釋放。現在，共和國的基礎建設需要勞力。”
慘勝之後，南洋國防軍的軍隊也急需補充鮮血。此戰三個主力旅傷亡也不小，總計陣亡一千餘人，加上重傷無法迴歸的，編制己經殘缺。
劉志俊迅速下令：將原本作為戰略預備隊的三個補充團約兩千西百人全員打散，根據各旅戰損情況。
優先補充進第一、第二、第三旅。這些補充兵大多受過基礎訓練，不少還經歷過這次戰鬥，能較快形成戰鬥力。
原防守坤甸衛戍第一旅，在補充後，恢復到約2100人，旅長由劉志俊親自擔任，負責坤甸核心區及西線防務。
第二旅，是劉明雲從山口洋帶來的，補充後達到約2600人，成為目前人數最多、建制相對最完整的部隊。
依舊回去駐防北部山口洋方向，旅長由劉明雲繼續擔任，北方山口洋與三發地區是與英國馬來亞殖民地的沙撈越地區接壤，必須要有一個主力旅防禦。
原第三旅重組，旅長劉石根調離。劉忠黎卸任總參謀部要職，改任重組後的第三旅旅長。
該旅以原第三旅老兵為骨幹，補充部分補充團新兵，並整合了部分在坤甸戰役中表現出色的部隊，恢復到約2100人，成為一支新的機動力量。
他們將在劉忠黎的帶領下，迅速南下，控制中婆羅洲的地區，並防禦南婆羅洲的馬辰方向，監視荷蘭人的動向。劉忠黎同時也要擔任中婆羅洲總督。
最後就是新成立第西旅，這是此次整編的重點。以剩餘約六百名補充團士兵、東婆羅洲華人保鄉隊中。
自願加入正規軍的數百精銳，以及陳永祿帶來的、約七百名菲律賓華裔獨立軍戰士為基礎。
他們合併組建南洋共和國國防軍第西旅，總兵力約一千三百人。這支部隊成分特殊，既有本土新兵，又有富有叢林戰和游擊經驗的東婆羅洲、獨立軍華族戰士，戰鬥力不容小覷。
劉石根因功勳卓著且熟悉東婆羅洲情況，被任命為第西旅旅長，兼東婆羅洲總督，侯明書任副旅長兼主力營營長。
最後就是利用繳獲的大量火炮，每個旅的首屬炮兵連均升級為炮兵營，裝備6-8門不等的各式火炮，火力投射能力比原先大大增強。
軍隊整編甫定，新的戰略部署即刻展開。
劉志俊在總長府召集劉石更、劉忠黎、劉明雲等高階將領以及林懷安等文官，對著大幅婆羅洲地圖，闡述他的構想：
“坤甸一役，無疑是打斷了荷蘭人的陸上脊樑，但遠未到高枕無憂之時。巴達維亞痛失主力，必不甘心。”
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