從秘魯北部查查波亞斯（Chachapoyas）趕來的阿隆索行到半途，就得知阿爾馬格羅從智利回來了，並且攻克了庫斯科城，於是他退回豪哈城，同時派人去利馬向皮薩羅報告情況。
阿爾馬格羅得知阿隆索駐紮在豪哈城後，立即令奧爾格涅斯進攻阿隆索。雙方在阿班凱河（Abancay River）發生了遭遇戰，阿隆索竟然被奧爾格涅斯輕鬆打敗了，自己也成了俘虜。
奧爾格涅斯剛打敗阿隆索，又接到了進攻維特科斯城的命令。於是奧爾格涅斯就馬不停蹄地來到維特科斯，雙方一陣激戰後，印加人不敵，尤潘基就率部撤到了比爾卡班巴，在撤退過程中，尤潘基的一個兒子蒂圖·庫西（Titu Cusi）被西班牙人抓走了。
奧爾格涅斯率部追到基恩瓦奧爾科山，望著幾千米高的山脊，心想那裡大炮打不著，騎兵也上不去，步兵要上去的話，印加人肯定會在很多地段設伏，只得望山興嘆，率部回了維特科斯城，在城裡一陣掠奪後，又趕往帕塔亞克塔城，將印加帝國數代帝王的木乃伊搶走了。
奧爾格涅斯在進攻尤潘基時，阿爾馬格羅帶著皮薩羅的弟弟埃爾南多趕往利馬城，準備與皮薩羅進行談判。
皮薩羅請了一位仲裁員來調解他和阿爾馬格羅的爭端。其實，他一邊與阿爾馬格羅談判，一邊暗中招兵買馬。談了一段時間後，雙方簽訂協議，庫斯科城劃歸阿爾馬格羅管轄，條件是阿爾馬格羅立即釋放貢薩洛、埃爾南多、阿隆索。
阿爾馬格羅對談判非常滿意，當即釋放了埃爾南多，返回庫斯科城，準備釋放貢薩洛、阿隆索時，發現他倆早買通了看守，逃走了。
而回到庫斯科城的奧爾格涅斯得知埃爾南多被釋放後，當即表示，阿爾馬格羅是放虎歸山。
果真如奧爾格涅斯所料，貢薩洛、阿隆索逃到利馬城後，皮薩羅當即撕毀了協議，令埃爾南多率800名西班牙士兵、近萬原住民僕從軍進軍庫斯科城。
面對埃爾南多的進軍，阿爾馬格羅也如夢初醒，立即和奧爾格涅斯一起整軍迎擊。他的傀儡保柳·印加也率6千原住民助陣。
雙方在庫斯科城西北40公里的馬拉斯（Maras）鹽場進行決戰。
很早以前，印第安人就發現流經奧揚泰坦博城的烏魯班巴（Urubamba）河谷的地下河流出地面時，水中的鹽分很高（其實地下有岩鹽礦），於是他們就在山上開鑿了若干條渠道，並在山下用石塊築起鹽池，將滷水引到山下後曬鹽。久而久之，馬拉斯鹽場成了印加人的鹽都。後來，西班牙佔領該鹽場後，改名為“薩利納斯（Salinas）”，西班牙語就是“鹽場”的意思，並在鹽場附近建造了“烏魯班巴城（Urubamba）”（歷史上，秘魯獨立後，將鹽場改回“馬拉斯”）。
激戰中，雙方都動用了大炮、火繩槍、騎兵。埃爾南多手下的土著人僕從軍和奧爾格涅斯手下的土著僕從軍插不上手，都站在山坡上看兩遍的西班牙人戰鬥。這些習慣了棍棒、石斧、長矛（矛尖為木質）、弓箭（箭頭為石質或骨質）的土著人，終於目睹了一場歐洲水平的熱兵器戰爭是怎麼打的？
最後，埃爾南多打敗了奧爾格涅斯，奧爾格涅斯被當陣斬殺，他帶過去的傀儡保柳也投靠了埃爾南多。
阿爾馬格羅得知奧爾格涅斯被打敗後，逃進庫斯科城西2公里的薩克薩瓦曼城堡（Sacsayhuaman，也稱薩克塞華曼）。
薩克薩瓦曼城堡是印加人建造在海拔約3700米的山上，材料全是石灰石，石塊與石塊之間幾乎無縫拼接，石牆轉角處十分圓滑，石牆內傾的角度相當準確，體現了印加人高超的建築技術。當初，皮薩羅進攻庫斯科城時，為了攻下這個堡壘，付出了沉重代價。尤潘基圍攻庫斯科城時，犧牲了幾百名印加士兵也沒拿下這座城堡。阿爾馬格羅進攻庫斯科城時，消耗了很多炮彈才攻下它。現在，阿爾馬格羅躲進薩克薩瓦曼，妄圖與埃爾南多對抗到底。
不過，當埃爾南多率部來到庫斯科城後，薩克薩瓦曼終究沒能挺住幾天。城破後，埃爾瑪格羅被抓，不久就被埃爾南多處死了。
阿爾馬格羅死後，皮薩羅將“新托萊多”殖民地併入“新卡斯蒂利亞”殖民地。
隨後，埃爾南多率部進攻尤潘基的據點比爾卡班巴。但比爾卡班巴的地形對印加人十分有利，埃爾南多進攻了幾次都沒能拿下比爾卡班巴，只得撤下山，然後封住山腳下的幾條道路，企圖困死山上的印加人。
尤潘基的手下都是熟悉地形計程車兵，他們不斷下山襲擊西班牙人。有一次一支西班牙人在山下巡邏，竟然遇到了騎著馬的尤潘基帶著3個印加騎兵向他們衝來，西班牙巡邏隊當即亂了陣腳。在印加人的突襲下，這支巡邏隊只有2個人逃了回去。
這是印加人首次使用騎兵突擊，說明印加人在戰爭中不斷學習、成長。
有一次，貢薩洛帶著300名西班牙人去進攻比爾卡班巴，途中遭到了印加人的伏擊。貢薩洛驚訝地發現，印加人居然使用了火繩槍。
皮薩羅見尤潘基誓死要與自己作對，就更加殘0酷地鎮壓印加人的起義，甚至採用了“三光”政策，但印加人依然不屈不撓。
嘉靖十八年（1539年）初，埃爾南多受兄長皮薩羅的指派，回西班牙報告情況。西班牙王國心想，阿爾馬格羅是自己御封的“新托萊多”總督，竟然被埃爾南多擅殺了，於是將他關進監獄。
嘉靖十九年（1540年），西班牙國王派克里斯託瓦爾·巴卡·德·卡斯特羅（Cristóbal Vaca de Castro）代表王室前往秘魯，還給了卡斯特羅一封密詔“一旦皮薩羅死亡，則立即接過皮薩羅的一切權力”。卡斯特羅帶著這封密詔，來到了利馬。
西班牙王室在做各種調整時，皮薩羅也沒閒著，他派貢薩洛前往基多，並繼續進攻基斯基斯、盧米尼亞維手下不願投降的印加人游擊隊。
貢薩洛率部離開庫斯科城北上，經過瓦努科城（Huanuco）時，發現城裡有大批尤潘基計程車兵，於是立即向瓦努科城發起了攻擊。
瓦努科城是印加帝國的古城，駐紮在城裡的是由伊拉·圖帕克（Ira Tupac）率領的印加士兵。
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