嘉靖二十年（1541年）五月的一天，皮薩羅正與自己最小的弟弟阿爾坎塔拉（Alcantara）一起吃飯，突然從門外闖進一個刺客。毫無防備的皮薩羅、阿爾坎塔拉被劍刺穿了胸膛，倒在了血泊裡。
原來，阿爾馬格羅在南美洲征戰多年，他手下有大批追隨者。阿爾馬格羅被埃爾南多處死後，這些人就暗中結成了“阿爾馬格羅幫”，也稱“新托萊多幫”、“智利幫”，他們的目的一方面是要為阿爾馬格羅報仇，一方面是想奪回自己在“新卡斯蒂利亞”的權力。現在他們暗殺了皮薩羅，接下來就是如何接管權力。
卡斯特羅見皮薩羅死後，立即向大家宣佈了國王的密詔，接任“新卡斯蒂利亞”、“新托萊多”殖民地的總督，皮薩羅的手下紛紛投靠卡斯特羅。不過，“新卡斯蒂利亞”殖民地的軍權掌握在阿爾馬格羅幫手裡，他們儘管不敢與代表王室的卡斯特羅對抗，但可以利用一些手段清算皮薩羅的手下。
卡斯特羅眼看著皮薩羅的手下被一個個清算，連遠在哥倫比亞南部的貝拉爾卡薩爾也派了一支部隊進入了秘魯，心想照此下去，自己會被架空的，於是立即與沒被清算的皮薩羅的手下結盟，對抗以阿爾馬格羅的兒子為首的“阿爾馬格羅幫”。
小阿爾馬格羅是個混血兒，是阿爾馬格羅與巴拿馬的一名印第安女人生的孩子，今年才剛剛18歲。他本來可以繼承父親的土地和財產，可這些土地、財產都被皮薩羅的兄弟們佔據了，自己變得一無所有，他能嚥下這口氣嗎？現在父親的部下推他出來作為“領0袖”，他當然十分願意。
小阿爾馬格羅率部前往利馬，到了利馬城後與卡斯特羅談判，要求他把“新托萊多”殖民地交給自己管理，今後大家井水不犯河水。但卡斯特羅堅決不同意，並要求“阿爾馬格羅幫”接觸武裝，交出行刺皮薩羅的兇手。“阿爾馬格羅幫”當然不會同意卡斯特羅的要求，於是進攻利馬城。
卡斯特羅見城內的兵力不足，就率部逃離了利馬城。
小阿爾馬格羅的行為對於卡斯特羅來說，相當於是“政變”，這是難以容忍的。而小阿爾馬格羅認為，既然大家已兵戎相見，也不可能再有調和的機會了。於是雙方都在摩拳擦掌、擴充軍隊，隨時準備致對方於死地。
很快，卡斯特羅招募到了700人的軍隊，小阿爾馬格羅也擴充到了500名士兵。
小阿爾馬格羅考慮到自己的力量還沒有壓倒性優勢，就與躲進山區的尤潘基聯絡，準備聯合印加人進攻卡斯特羅的部隊。
尤潘基心想，我儘管和你們西班牙人勢不兩立，但可以透過與“阿爾馬格羅幫”結盟來消耗西班牙人的力量，於是同意了小阿爾馬格羅的建議，派出一支部隊助戰。
嘉靖二十一年（1542年），雙方在瓜曼加鎮（Guamanga）附近的丘帕斯（Chupas）平原展開激戰（注：瓜曼加也稱瓦曼加（Huamanga），始建於1539年。歷史上1825年改稱阿亞庫喬（Ayachcho），為今阿亞庫喬省首府）。尤潘基的部隊進攻卡斯特羅的左翼，小阿爾馬格羅的部隊進攻卡斯特羅的右翼。但尤潘基的部隊缺少火器，很快被卡斯特羅的部隊擊潰。小阿爾馬格羅的部隊一開始倒是佔據了優勢，壓著卡斯特羅的部隊打。卡斯特羅手下的一名悍將弗朗西斯科·德·卡瓦哈爾（Francisco de Cavarjal）見狀，竟然脫掉盔甲，率部突入了小阿爾馬格羅的炮兵陣地，殺死了小阿爾馬格羅的炮兵。卡斯特羅見對方失去炮火支援後，也親率敢死隊衝進了戰場，局勢終於扭轉，小阿爾馬格羅、尤潘基的部隊被打敗了。
小阿爾馬格羅逃回庫斯科城後被抓，隨即被殺。“阿爾馬格羅幫”遭到了卡斯特羅的血洗，只有迪戈門德斯（Diego Mendez）等7人跟隨印加士兵逃到了比爾卡班巴。
“阿爾馬格羅幫”覆滅後，遠在基多的貢薩洛因與卡斯特羅結盟共同對付了“阿爾馬格羅派”，經卡斯特羅同意，接管了卡爾比斯（Carbis）銀礦，並佔據了庫斯科城。
卡爾比斯銀礦位於豪哈城附近，是印加人於嘉靖九年（1530年）發現的，佔地面積大數平方公里，是個大型銀礦（注：在西班牙人發現波託西銀礦前，卡爾比斯銀礦是西班牙人在秘魯開產的最大的銀礦）。西班牙人佔領豪哈城後，卡爾比斯銀礦被皮薩羅分給了弟弟埃爾南多。而埃爾南多在國內已被關進了監獄，銀礦陷於停產。卡斯特羅是為了恢復銀礦的開產，才同意貢薩洛來接管卡爾比斯銀礦的。
貢薩洛接管了銀礦後，就抓了很多印加人來做礦工，並殘酷壓榨印加人。貢薩洛利用開產銀礦賺的錢，悄悄地擴充軍力，隨時準備對抗卡斯特羅。
卡斯特羅清除了“阿爾馬格羅派”後，再次全力對付尤潘基的勢力，這次他要消滅的是在科亞蘇尤由提索（Tiso）領導的反抗力量。已投靠卡斯特羅的保柳也率僕從軍隨西班牙人南下。
印加帝國以都城庫斯科城為中心，分為四個蘇尤（Suyo，也作Suyu，即地區的意思），分別為欽查蘇尤（Chinchasuyo，今厄瓜多、秘魯北部）、安蒂蘇尤（Antisuyo，今秘魯安第斯山以東地區）、孔蒂蘇尤（Contisuyo，今秘魯南部沿海地區）、科亞蘇尤（Collasuyo，也稱科里亞蘇尤，今玻利維亞高原、智利北部、阿根廷西北部）。
提索（Tiso，也稱蒂索）是印加帝國的皇族。印加帝國皇帝阿塔瓦爾帕被西班牙人俘虜後，提索為阿塔瓦爾帕運送贖金。阿塔瓦爾帕被西班牙人處死後，提索參加了圖帕克·瓦爾帕的登基儀式。曼科·印卡·尤潘基成為印加帝國皇帝后，提索·尤潘基擔任庫斯科的總督。尤潘基發動起義後，於嘉靖十七年（1538年）派提索到科亞蘇尤地區擔任總督。
生活在科亞蘇尤地區的主要有烏魯斯人（Uros）、阿依馬拉族人（Aymara）、查卡人（Chaca）、楚伊人（Chuy）、奎拉卡人（Quiraca）、卡蘭嘎人（Caramga）、蘇拉人（Sura）、卡拉卡拉人（Caracara）、奇查人（Chicha）、盧帕卡人（Lupaca）、帕卡黑人（Pacaje）、皮昆切人（Picunche，智利北部）、阿勞坎人（Araucan，也稱馬普切人（Mapuche））、維利切人（Huillche，智利南部）等。
烏魯斯人、阿依馬拉族人主要生活在的的喀喀湖地區，他們在阿爾馬格羅率部南下時，遭到了西班牙人的屠殺，餘部大多逃進了森林。
楚伊人、奎拉卡人、卡蘭嘎人、蘇拉人、卡拉卡拉人、奇查人、盧帕卡人、帕卡黑人主要生活在秘魯南部、玻利維亞地區（注：歷史上玻利維亞是沿海國家），他們組成了數百個部落。阿爾馬格羅率部南下時，有的部落抵抗西班牙人，有的部落投靠了西班牙人。
皮昆切人、阿勞坎人、維利切人等主要生活在智利北部、阿根廷西北部。阿爾馬格羅率部南下時，他們大多選擇了與西班牙人合作。
提索來到科亞蘇尤後，在科恰班巴（Cochabamba，也稱科查班巴，今玻利維亞科恰班巴省首府）建立了指揮部。逃進叢林的烏魯斯人、阿依馬拉人大多投靠了提索。提索又拉攏了查卡人、楚伊人、奎拉卡人、卡蘭嘎人、蘇拉人、卡拉卡拉人和奇查人來對抗西班牙人及其原住民盟友。盧帕卡人、帕卡黑人也同意與提索聯合抵抗西班牙人。
西班牙人、保柳南下後，雙方在科恰班巴西50公里的塔帕卡里（Tapacari）展開激戰。激戰中，誰知，盧帕卡人、帕卡黑人突然從背後襲擊了提索率領的印加人。原來，盧帕卡人、帕卡黑人想與西班牙人聯合打敗提索後，希望西班牙人能允許他們獨立。措手不及的提索在遭到盧帕卡人、帕卡黑人的背刺後，不得不撤退。
提索撤退後，西班牙人和保柳的僕從軍立即對盧帕卡人、帕卡黑人發起了攻擊。盧帕卡人、帕卡黑人起先還以為西班牙人會賞賜他們，誰知等來的卻是無情的炮彈、子彈和騎兵突擊，頓時死傷慘重，不得不向西班牙人投降。盧帕卡人、帕卡黑人原本想獨立建國的夢想也徹底破碎了，最後成了西班牙人的奴隸。
西班牙人、保柳擊退提索，征服了盧帕卡人、帕卡黑人後，佔領了科恰班巴城，然後以科恰班巴為基地，四處攻打不願臣服的印加人。他們在波0波湖（Poopo Lake）、烏魯烏魯湖（Uru Uru Lake）地區遭到了烏魯斯人的激烈抵抗。
波0波湖位於科恰班巴西南170公里，它長約90公里、寬約32公里，面積約2800平方公里，湖面海拔3690米。
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