巴爾迪維亞建造了聖地亞哥城後，率部繼續南下。與沿途的土著人戰鬥了無數次後，殺了數萬土著人，來到了250裡外的馬烏萊河（Maule River，也稱毛利河、謀勒河）。
馬烏萊河發源於安第斯山脈的馬烏萊湖，向西流過寬闊的谷地，最後注入太平洋，全長約280公里。
馬烏萊河谷兩岸森林密佈、溼地連片。谷地里居住著大量普魯毛加人（Pullumauca）。“普魯毛加人”是馬普切人的一個分支，“普魯毛加”在馬普切語中是“野人”的意思。
印加帝國第十位皇帝圖帕克·印加·尤潘基（Tupaq Inka Yupanki）統治時期（成化七年（1471年）——弘治六年（1493年））開始向南擴張。印加將軍辛奇魯加（Sinchiruca）率5萬軍隊，征服了科皮亞波河谷、埃爾基河谷、利馬裡（Limari）河谷、喬阿帕（Choapa）河谷、邁波河谷後，辛奇魯加親率2萬人馬來到了馬烏萊河谷。普魯毛加人拒絕屈服於印加人，他們聯合了南邊的盟友安塔利人（Antali）、平庫人（Pimcu）、考基人（Corky）來對抗印加人，經三天戰鬥後，普魯毛加人打敗了印加人。辛奇魯加不得不率殘部回撤，此後再也沒敢來到馬烏萊河谷，印加帝國向南擴張的步伐由此終止了。
辛奇魯加回到庫斯科城後，由於印加帝國對智利北部地區實行了類似於“土司”的制度，因此沒多久，印加帝國佔領區的馬普切人酋長又紛紛脫離了印加帝國的統治。
巴爾迪維亞率部來到馬烏萊河谷前，並不清楚印加人在這裡失敗的原因，以為憑自己的武器優勢可以輕鬆打敗河谷裡的普魯毛加人。他率部進入馬烏萊河谷後，才發現這裡的土著人比科皮亞波河谷、埃爾基河谷的土著人還要驍勇善戰。於是他又一次採取了“三光政策”，殺了數萬普魯毛加人後，才迫使他們投降。
巴爾迪維亞征服馬烏萊河谷後，並沒有發現金礦，於是率部繼續南下，一路征伐約140公里後，來到了伊塔塔河谷。
伊塔塔河（Itata River）的源頭是發源於安第斯山脈永蓋（Yungay）冰川的喬爾冠（Cholguan River），它自源頭流出後，先向南流，再折向西流，流出安第斯山脈西麓後，與休皮爾河（Huepil River）、艾斯特羅·埃爾·莫利諾河（Estero El Molibo River）交匯後稱為“伊塔塔河”，然後折向西北流約90公里後，與支流紐夫萊河（Nuble River）交匯後，繼續向西北方向流，直至注入太平洋，幹流全長約140公里。伊塔塔河谷的面積雖不大，但氣候條件得天獨厚，夏季涼爽多風，冬季雨水充沛。河谷里居住著大量馬普切人的南部分支威利切人，他們在這裡過著農牧生活。
巴爾迪維亞還沒到伊塔塔河谷，河谷裡幾個威利切人的酋長已從馬烏萊河谷逃來的普魯毛加人那裡得知了西班牙人的到來，於是他們聯合起來，同心敵愾，共同抵抗西班牙人。巴爾迪維亞剛進入伊塔塔河谷，就遭到了土著人的圍攻。西班牙人利用武器優勢及騎兵衝擊，打敗了河谷裡的一個個土著人部落。巴爾迪維亞佔領伊塔塔河谷後，將俘獲的酋長全部殺了，將俘虜的土著人士兵全部砍去腳趾頭，然後縱容士兵對俘獲的婦女實施強0奸。
伊塔塔河谷下游科埃萊穆（Coelemu）部落的酋長有個11歲的兒子叫萊夫扎茹（Leftraru），馬普切語中是“迅捷之鷹”的意思。西班牙人殺了萊夫扎茹的父母后，他逃進了叢林，不幸被西班牙人搜了出來，被押送到了巴爾迪維亞面前。
巴爾迪維亞有了惡癖，就是“戀童癖”。他見萊夫扎茹聰明伶俐，心想把他留在身邊，白天可以讓他照料自己的戰馬，晚上還能滿足自己的嗜好。幼小的萊夫扎茹就這樣逃過一劫，成了巴爾迪維亞的貼身“奴隸”。
巴爾迪維亞征服了伊塔塔河谷，正想繼續南下時，從北部傳來了訊息，居住在邁波河谷的土著人發生了暴0動，正在攻打聖地亞哥城。於是，巴爾迪維亞連忙率部殺回北方。
進攻聖地亞哥城的是由酋長米奇馬隆戈（Michimalungo）率領的馬普切人。巴爾迪維亞征服邁波河谷、馬波喬河谷時，米奇馬隆戈見不是西班牙人的對手，只得投降。西班牙人佔領普洛莫金礦後，他和他的部屬全都成了金礦礦工。即使他們沒日沒夜地淘金，黃金產量也達不到西班牙人下達的指標。很多礦工遭到西班牙督工的毒打後，死於非命。忍無可忍的米奇馬隆戈被迫發動起義，他們殺了西班牙督工及其隨從，然後進攻聖地亞哥城。
此時的聖地亞哥城內只有十幾名西班牙士兵，他們見土著人來進攻後，忙派人去南方向巴爾迪維亞報告。米奇馬隆戈組織了幾次攻城，都被西班牙人擊退，就不再攻城，只是將聖地亞哥城團團圍住。
聖地亞哥城內的西班牙人堅持了半個多月後，見快彈盡糧絕了，不得不於一個月黑風高夜突圍，逃往邁波河下游。土著人得知西班牙人突圍了，燒了聖地亞哥城，然後開始追擊。除了幾個西班牙士兵逃到了邁波河河口的小島上外，大多西班牙士兵在逃往途中被殺。
巴爾迪維亞回到聖地亞哥城後，望著一片廢墟，氣得牙齒咬得咯咯響，下令對土著人進行報復。邁波河谷、馬喬波河谷的土著人又一次遭到了屠0殺，河谷裡的十幾萬馬普切人，最後只剩下了幾萬人，酋長米奇馬隆戈被巴爾迪維亞吊死在了聖地亞哥城的一根木柱上。
巴爾迪維亞用了幾個月的時間鎮0壓了邁波河谷、馬喬波河谷土著人的起義後，補充了兵力、彈藥，於嘉靖二十三年（1544年）率部繼續南下。駐紮在瓦爾帕萊索港的2艘補給船在船長鬍安·包蒂斯塔·帕斯特內（Juan Bautista Pastne）的帶領下，也一起南下。
巴爾迪維亞率部越過伊塔塔河谷，來到了80公里外的比奧比奧（Bio-Bio）河谷。此時，帕斯特內已在比奧比奧河口北的康塞普西翁（Concepcion）灣登陸，征服了附近的土著人後，建造了康塞普西翁城堡。於是，西班牙人水陸並進，進攻河谷裡的威利切人。
比奧比奧河發源於安第斯山脈中的加耶圖埃湖（Gayatue）和伊卡爾馬湖(Icalma)，自源頭流出後，向西北方向蜿蜒流經安第斯山脈的山谷，進入平原地帶後，接納了多條支流後，注入太平洋，全長約380公里，是智利地區最長的河流，平原地區可以通航平底船。
比奧比奧河是智利中部與南部的界河，河谷里居住著大量威利切人（馬普切人的南部分支），他們把自己生活的地區稱為阿勞坎（Alaucan）地區，因此這些威利切人也稱阿勞坎人。阿勞坎人早從馬烏萊河谷、伊塔塔河谷逃來的難民中得知西班牙來了。由於西班牙人的膚色比印第安人的膚色白一些，威利切人以為是印加人又要來征服他們了，河谷中的幾個酋長決定聯合起來，抵抗“白印加人”的進攻。
來到比奧比奧河谷的巴爾迪維亞見土著人不願臣服，再一次展示了他的淫威，下令屠0殺。但河谷中的威利切人依然不畏強暴，不屈不撓地與“白印加人”進行戰鬥。他們在村莊、河邊、溼地、山地、叢林中不斷襲擊敵人，儘管他們自己傷亡慘重，但也使西班牙人付出了沉重代價。
巴爾迪維亞、帕斯特內用了一年多時間也沒征服比奧比奧河谷裡的阿勞坎人。這時，從北部傳來了努涅斯的命令，讓他返回北方，圍剿貢薩洛。
巴爾迪維亞曾是皮薩羅的副將，也與皮薩羅一起與阿爾馬格羅作戰過，與皮薩羅的兒子貢薩洛的個人關係也不錯，但現在貢薩洛背叛了西班牙王室，這是他不能容忍的，於是巴爾迪維亞、帕斯特內停止了在比奧比奧河谷的征伐，率部返回北方。等巴爾迪維亞回到秘魯時，努涅斯已在基多被貢薩洛殺死了，連貝拉爾卡薩爾也成了貢薩洛的俘虜。
加斯卡來到秘魯就任總督後，巴爾迪維亞率部支援加斯卡，與獲釋的貝拉爾卡薩爾一起圍攻貢薩洛，最終於嘉靖二十七年（1548年）在庫斯科城北的哈奎瓦納河谷捕獲了貢薩洛及其手下的叛將。
家境二十八年（1549年），巴爾迪維亞被西班牙國王任命為智利都督。巴爾迪維亞接受任命後，開始做重返智利的準備工作，並前進到聖地亞哥城。
嘉靖二十九年（1550年），巴爾迪維亞率200名西班牙步兵、騎兵及3000土著人僕從軍離開聖地亞哥城，直撲比奧比奧河谷。同時，帕斯特內也率一支艦隊離開瓦爾帕萊索港南下，他與巴爾迪維亞商定，在康塞普西翁會師。
巴爾迪維亞在向康塞普西翁進軍途中，不斷屠殺阿勞坎人。他與提前到達康塞普西翁灣的帕斯特內會師後，帕斯特內告訴巴爾迪維亞，以前建造的堡壘已被馬普切人摧毀了。巴爾迪維亞決定重建城堡，並將它作為入侵阿勞坎地區的基地。
帕斯特內在重建康塞普西翁城堡時，巴爾迪維亞率部進攻附近的阿勞坎人，打敗了當地由酋長艾利亞菲盧（Ainavillo’）率領的6萬土著部落。
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