阿不杜拉率葉爾羌大部分官員宣誓後，徵西軍留在莎車城休整，辛思忠率部趕往160公里外的喀什噶爾，阿不杜拉令米爾咱·巴巴克隨行。
喀什噶爾在漢代曾為“疏勒國”的都城，後屬西漢的西域都護府管轄，盛產稻麥、銅鐵、玉石。回鶻人進入疏勒地區後，因該地為玉石集散之地，便將“疏勒城”稱為“喀什噶爾城”。進入明代後，察合臺汗國的蒙古貴族米爾咱·阿巴拜克熱在喀什噶爾（簡稱喀什）建立了“喀什噶爾王國”。正德九年（1514年），賽義德率部進攻“喀什噶爾王國”時，阿巴拜克熱下令毀了喀什噶爾城。賽義德建立葉爾羌汗國後，在喀什噶爾廢墟上重建了喀什噶爾城，成為葉爾羌汗國最大的城市。
辛思忠、巴巴克到了喀什噶爾城後，發現城門緊閉，守軍在城牆上嚴陣以待，阿不杜拉的長子尤勒巴爾斯、瑪木特·玉素甫的兒子伊達耶圖拉（即阿帕克和卓）站在城樓上，緊盯著辛思忠、巴巴克，顯然他們並不歡迎辛思忠的到來。
巴巴克走到城門前，問尤勒巴爾斯：“大公子，辛將軍過來接管防務，你為啥不開啟城門？”
尤勒巴爾斯說道：“阿里塔克，你似乎應該稱我為‘大王子’。”
“你父親已歸順了大明，葉爾羌沒有汗王了，哪裡還有王子？”
“我可不想與你們一樣做賣國賊。”
城樓上的阿帕克和卓插話道：“你們竟然投靠了異教徒，還好意思來接管喀什噶爾城？”
辛思忠聽後，嚴厲地對阿帕克說道：“伊達耶圖拉，請聽著，大明國只有兄弟，沒有異教徒。你一個教務人士，不許插手政務。”
阿帕克說道：“辛將軍，喀什城所有的教徒都聽我的，我按照民意阻止你們進城，怎麼能說插手政務呢？”
“伊達耶圖拉，你蠱惑人心會付出代價的。”
“我父親已被你們殺死了，你有本事也來殺我好了。”
辛思忠、巴巴克見尤勒巴爾斯不願開啟城門，就派人回莎車城，向李鴻雷、阿不杜拉報告了情況。
李鴻雷對阿不杜拉說道：“當初你接納了瑪木特·玉素甫，現在闖禍了吧，我們的軍令、政令到不了喀什城。”
阿不杜拉說道：“既然如此，只有武力接管了。不過，你們得保證我兒子的生命安全。”
“這個我沒法保證，只能盡力而為。”
“只要你們盡力了，如尤勒巴爾斯依然不願投降，那我也不會怪你們的。”
“行。”
阿不杜拉隨李鴻雷來到了喀什噶爾城。阿不杜拉親自走到城門口勸尤勒巴爾斯，他也不聽父親的話，誓言要抵抗到底。阿不杜拉只得對李鴻雷、辛思忠說道：“你們攻城吧。”
李鴻雷令升起熱氣球。觀測兵將城內的情況觀測清楚後，炮兵開始炮轟喀什噶爾城。
徵西軍在升起熱氣球時，尤勒巴爾斯兩腿就發軟了，對阿帕克說道：“看來傳說是真的，漢人真有天神相助。”
阿帕克說道：“哪有天神？這肯定是漢人搞的妖術。”
等到徵西軍的炮彈落到了城牆、城內，尤勒巴爾斯望著亂飛的斷胳膊、斷腿，很多士兵跪在了地上，連抵抗的樣子都沒有了，慌忙跑下了城樓。
阿帕克見士兵們都下跪了，忙朝他們喊道：“勇士們，快起來，漢人要攻城了。”
阿帕克剛喊完，一顆炮彈落在了他身邊，將他炸得粉身碎骨。一些從地上爬起來計程車兵，也被炸死了，嚇得城牆上的喀什城守軍再也不敢站起來。等到明軍士兵登上城牆時，城牆上沒有一個士兵起身反抗。
尤勒巴爾斯見狀，心想連整天宣揚是安拉使者的阿帕克也被炸死了，看來阿帕克並不是真的安拉使者，城外的漢人才是真正得到了天神的幫助。既然天神幫了漢人，那麼阿帕克就是安拉的敵人，自己相信了阿帕克，就是違背了安拉的旨意。想到這裡，他趕緊也跪在了地上，朝衝過來的明軍士兵喊道：“我投降。”
李鴻雷、辛思忠、阿不杜拉率軍開進喀什城時，城內所有的百姓都跪在地上，迎接“天軍”的到來。
辛思忠接管了喀什噶爾城後，在得到阿不杜拉的許可後，開始在城內搜捕白山派首領。不久，帕的沙就派教士進駐喀什噶爾城的各清真寺。
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