桑托斯艦隊從荷蘭返航途中，大明國的“司馬遷號”、“劉洪號”、“陳卓號”、“蘇頌號”及葡萄牙的“聖地亞哥號（Santiago）”、“聖雅科比號（Sao Jacobi）”艦船護衛著“蘇州號”、“松江號”、“常州號”、“鎮江號”、“徽州號”、“華鎣山號”、“大巴山號”運輸艦到達了直布羅陀海峽。隨船來到直布羅陀的還有李騏、莫圭率領的2000名海0軍0陸戰隊士兵。
司馬遷是西漢時期的史學家，著有《史記》，也是一位天文學家。劉洪是東漢時期的天文學家、數學家，發明了算盤。陳卓是三國時期東吳的天文學家。蘇頌是北宋時期的天文學家、藥物學家。“司馬遷號”、“劉洪號”、“陳卓號”、“蘇頌號”都是新下水的3000料（即900噸級）木質艦船，艦長分別是畢業於蘇州習武堂水師班的佟彭年、白鐘山、胡獻徵、吳嗣爵。
“蘇州號”、“松江號”、“常州號”、“鎮江號”、“徽州號”都是2000料（即600噸級）木質運輸艦，“華鎣山號”、“大巴山號”都是4000料（即1200噸級）運輸艦，6艘運輸艦的艦長分別是安寧、姚成烈、薩載、蘇崇阿、郭一裕、王一夔、錢仁夫，都曾是太倉船幫幫主周大業手下的船老大，後來被劉雲龍招徠了過來。他們從太倉瀏河港出發後，在軍艦的護航下，一路來到了直布羅陀，船上裝運著給尚慶飛、張珦、朱良吉的補充物資和彈藥，以及2000名陸戰隊步兵。
李騏原是寧波府觀海衛龍山千戶所千總，莫圭原是寧波府定海衛穿山千戶所千總。
寧波府因處於沿海前哨，衛所設定比較特殊，朝廷在寧波府除了設寧波衛拱衛府城外，還設有觀海衛、定海衛、昌國衛。觀海衛設於慈谿縣，下轄三山、龍山二個千戶所，編制2500人。定海衛設於定海縣，下轄左、中、右、前、穿山、郭巨、大嵩等9個千戶所，編制1萬人。昌國衛初駐舟山群島，後遷至象山，下轄石浦前、石浦後、爵溪、錢倉等4個千戶所，編制5600人。
浙江巡撫黃鳴駿奉命訓練新軍後，李騏、莫圭都參加了訓練，他們訓練的內容就是渡海登陸作戰、港口和島嶼的防禦作戰。明軍對清軍、大順軍、大西軍進行大反攻後，李騏、莫圭沒有北上，而是留在了浙江維持秩序。此次奉兵部命令來到了直布羅陀。
“聖地亞哥號”、“聖雅科比號”是第二批在臺灣島臺南基地受訓的葡萄牙艦船，同時受訓的還有“聖保羅號（Sao Paulo）”及3000名葡萄牙步兵。
桑托斯艦隊與費雷拉的步兵離開臺灣島的臺南，遠赴南美洲時，葡萄牙果阿總督奧馬斯卡雷又派了一批水兵、3000名步兵趕到了臺南，接受訓練。訓練結束後，“聖地亞哥號”艦長格魯內（Grune）、“聖雅科比號”艦長拉扎羅（Lazaro）、“聖保羅號”艦長巴爾特哈薩（Balthasar）滿載了武器彈藥後，和步兵大隊長克拉拉（Clara）、普雷薩（Presa）、聖何塞（Sao Jose）率部離開臺南，加入了“司馬遷號”、“劉洪號”、“陳卓號”、“蘇頌號”的護航隊伍。過了錫蘭島後，“聖保羅號”艦長巴爾特哈薩與大隊長聖何塞率部去了果阿，其它船舶繼續前行。
明軍、葡軍聯合艦隊繞過好望角，在永珍港（今開普敦）補充了淡水、蔬菜、木柴後，向北航行了約880公里後，來到了葡萄牙人迪戈·康（Diogo Cam）於1486年發現的安哥拉·德·聖克里斯托灣（Angra de Santo Cristo Bay，今奈米比亞呂德里茨灣）。大明水兵登陸後，開始建造“萬福港”。
隨後，聯合艦隊繼續北上約440公里，來到了葡萄牙人巴爾託洛梅烏·迪亞士（Bartolomeu Dias）於1487年命名的“聖巴巴拉地（Terra de Santa Barbara，今奈米比亞鯨灣）”。明軍水兵登陸後，又在海灣邊建造了“萬籟港”。
儘管葡萄牙人在15世紀末就已發現了安哥拉·德·聖克里斯托灣、聖巴巴拉地，但由於都處於荒漠地區，因此葡萄牙人並沒有在這兩處地方建立任何殖民機構，也沒有建造任何港口設施。從大明控制的永珍港（今南非開普敦）到葡萄牙控制的本哥拉港（今屬安哥拉），航程約2600公里，船舶在航行途中一旦發生故障，或燃料不足，就會影響航行安全。大明在這兩處地方建造了“萬福港”、“萬籟港”，今後來往於非洲西海岸的船舶就多了2個停泊港。
接著，聯合艦隊繼續北上，來到了直布羅陀海峽。
“聖地亞哥號”、“聖雅科比號”到了直布羅陀海峽後，格魯內、拉扎羅、克拉拉、普雷薩率部去了里斯本。
“蘇州號”、“松江號”、“常州號”、“鎮江號”、“徽州號”在直布羅陀卸完貨後，裝運了產自葡萄牙的軟木、橄欖油、魚乾、葡萄酒、錫器、銅器、蕾絲及來自摩洛哥的柏柏爾毯子、阿甘油、玫瑰精油等特產後，在“秦始皇號”、“漢文帝號”的護衛下回國。
葡萄牙種植了大量地中海橡樹，這種樹的樹皮採剝下來後，可以製成軟木產品，比如熱水瓶塞、葡萄酒瓶塞、隔音板、隔熱板，其粉末可以用作密封材料。
葡萄牙也種植了大量橄欖樹，是歐洲四大橄欖油產地之一（另三個分別是西班牙、亞平寧半島、伯羅奔尼撒半島）。
葡萄牙的蕾絲是葡萄牙婦女用針線在亞麻布上繡制的有藤蔓、花卉、動物的繡品，很有藝術美感，可以用於服飾、被單、桌布等，與今天所說的蕾絲（鏤空織物）不是同一類。
葡萄牙的錫器、銅器與大明產的錫器、銅器一樣，工藝精細，表面有各種動物、山水造型，可以用作燭臺、酒壺、擺件等。
摩洛哥的柏柏爾地毯是柏柏爾人用羊毛、駱駝毛手工編織的，耐用、抗汙、可雙面使用，可用於客廳、臥室、書房等。
摩洛哥阿甘油是用摩洛哥特有的阿甘樹的果實榨取的，富含維生素E、脂肪酸、抗氧化成分，可用於護膚、護髮、美容製品。
摩洛哥玫瑰精油有數千年的歷史，貴族們就熱衷於使用玫瑰精油來增添魅力、表達情感，可用於美容、香水、醫療產品。
儘管葡萄牙、摩洛哥有很多特產，但能運回大明國內的只有這幾樣貨物，如帶了其它食品、水果，途中就會腐爛、變質。
5艘2000料的運輸船在返航途中還要在西非海岸、東非海岸裝運貨物，以儘量滿載回國。
登上運輸艦的還有梅森、格勞伯、沃利斯、笛卡爾、費馬、羅貝瓦爾、霍布斯、帕斯卡、笛沙格、伽桑狄、托里拆利、維維安尼等歐洲精英，他們將訪問大明。
“司馬遷號”、“蘇頌號”、“劉洪號”、“陳卓號”艦船和“華鎣山號”、“大巴山號”運輸艦留在了直布羅陀，正式加入大西洋艦隊。
“蘇州號”、“松江號”、“常州號”、“鎮江號”、“徽州號”在直布羅陀裝貨時，荷蘭使者威廉·範·拿騷來到了里斯本，要求與米格爾·德·阿爾梅達、華昱生談判簽訂和約，但得到的答覆是，西班牙還沒承認北尼德蘭獨立，我們不能和非主權國家簽訂任何和約。
