啟瑞西十一年春，念規的兒子賈思源己長成了十五歲的少年。他從小在圖書室和鐵匠鋪兩頭跑，對各種礦石的脾性比對自己的掌紋還熟悉，但和父親念規小時候不一樣——念規愛翻書，思源愛蹲在碼頭邊上，把通州碼頭運河水面上浮著的一層油光、商船底部長著的一層綠苔、潮汐退去後石縫裡殘留的鹽霜，逐樣收集進他的筆記裡。那本筆記的扉頁上壓著繼石當年從泉州港碼頭撿回來的圓石頭，邊緣的淺槽己被好幾代人的手磨得溫潤光滑。
思源自幼在圖書室裡長大，《萬邦格致全書》的農學卷、醫學卷、工學卷他翻不了太懂，但礦石學卷裡每一種礦石的產地、成分和淬火臨界點他都能倒背如流。可他最感興趣的不是礦石本身，而是礦石與海水相遇之後會發生什麼。他蹲在碼頭邊觀察了整整一個春天，發現西溟火山岩砌的防波堤外層在水下部分長滿了一層墨綠色的海藻，而天方黑曜石混合夯土的隔水層上卻寸草不生。他在筆記裡畫了這兩種石料在水線以下的剖面圖，標註了海藻附著的厚度和水流方向，並在旁邊寫道：“海藻擇石而生，非石之不堅，乃石之性異也。”
思源拿著這本筆記跑進鐵匠鋪，問父親念規。念規翻完筆記，沉默了一會兒，說防波堤的分層結構是秦鍾石高祖父設計的，外層抗海風鹽蝕，中層防滲透，內層撐結構，但秦鍾石從來沒研究過石頭上會長什麼藻。這個問題念規答不了，他把思源帶到啟瑞大學堂圖書室，從玻璃櫃裡取出秦鍾石當年寫的那本《礦石分層築堤實錄》，翻到外層石料抗鹽蝕資料那一頁。思源對照著自己的筆記，發現實錄裡記載了西溟火山岩在海水浸泡後的重量變化和強度衰減資料，但沒有一條關於海藻附著的記錄。他對父親說，以前太太爺爺們記錄的是石頭抗侵蝕、抗滲透、撐結構的效能，他想記錄的是——石頭在水裡活沒活著。念規蹲下來看著兒子，說這個命題以前沒有人碰過，思源是第一個問出“石頭在水裡活沒活著”的人。他把繼石留給他的圓石頭放在思源的筆記上，說太太爺爺們記錄的是石頭的硬，思源要記錄的是石頭的活。
思源帶著筆記去敲了萬邦醫館的門。閔繼醫己年過古稀，正在蒸餾室裡指導學生用新的降溫曲線萃取蠶沙精油。他接過思源的筆記，湊近蒸餾器的火光細細看了剖面圖，說天方黑曜石上寸草不生，是因為它含有一種礦物鹽，在海水中緩慢析出，抑制了海藻孢子附著。這種礦物鹽在醫書上叫“黑石霜”，天方沙漠裡的游牧部落用刀刮下來敷傷口，能防感染。思源若想繼續研究，可以去一趟天方沙漠，親眼看看黑曜石在極端乾旱環境下的表面變化，再和通州碼頭水下的黑曜石作對比——同一塊石頭，在沙漠裡被風沙磨了幾千年，在海水裡被鹽分泡了幾十年，磨出來的紋路完全不同。
不久後，一艘天方商船要返回巴格達港口，念規讓思源搭這艘船去，帶上防波堤外層石料的水下海藻剖面圖，去天方沙漠裡看看同一塊石頭在另一種極端環境下的樣子。思源跪在祖父守銘的牌位前，雙手接過賈代儒的戒尺，磕了一個頭，把繼石留給他的圓石頭裝進書箱裡。這是他第一次獨自出遠門，在巴格達港口上了岸，先去看了涼州石。百年過去，那塊粗糲的石頭稜角己被波斯灣的海風磨得溫潤，但質地沒變，還壓在最早那塊舊石碑左邊。他把圓石頭放在涼州石旁邊，說他也開始撿石頭了——不是淬火鍛刀的石頭，是長海藻的石頭。
天方醫學院的年輕醫官在碼頭迎接他。思源在沙漠裡待了大半個月，把黑曜石在風沙侵蝕下的表面紋理逐片拓印下來，又用放大鏡仔細觀察了黑曜石斷面的結晶結構——在沙漠裡被風沙磨了幾千年，黑曜石表面形成了一層極薄的鐵鏽色殼，這層殼在顯微鏡下呈現出細密的鱗片狀紋理，和海水浸泡下黑曜石表面那層抑制海藻的“黑石霜”成分不同，但都是石頭在極端環境下自我演化的結果。他把兩種樣本並排放在顯微鏡下，發現沙磨的黑曜石含矽量更高，水浸的黑曜石含鹽量更高，但兩者的表面都演化出了一層薄如蟬翼的礦物質膜。他在筆記裡寫道：“石非死物。風沙磨其骨，海鹽沁其膚，一石兩面，各生異理。”天方醫官看了筆記，感慨說前人用黑曜石淬火鍛刀，閔繼醫用黑石霜敷傷口，如今思源用顯微鏡看黑曜石的表面演化——同一塊礦石，每一代人在它身上發現了不同的規律。
思源回京前，天方醫官送給他一塊剛從沙漠深處採回來的黑曜石原礦，稜角粗糲，和涼州石同質同色，但表面還沒有經過風沙和海水的侵蝕。他帶著這塊原礦和滿箱的拓片、顯微鏡觀察筆記回到通州碼頭，站在鐵匠鋪裡把三塊黑曜石並排放在鐵砧上——一塊是剛從沙漠採回來的原礦，表面粗糲如初；一塊是在沙漠裡被風沙磨了幾千年的老礦，表面泛著鐵鏽色的鱗片殼；一塊是在防波堤隔水層裡被海水泡了好些年的舊礦，表面覆著一層薄薄的灰白色鹽霜。念規拿起這三塊石頭仔細端詳，說守銘父親淬火鍛刀用的是黑曜石的硬，閔繼醫用黑石霜用的是黑曜石的藥，思源用顯微鏡發現的是黑曜石的變。同一塊礦石，每一代人都在它身上找到了不同的道理，格物致知，從來沒有終點。
他把思源的顯微鏡觀察筆記和思齊從泰西尼亞帶回來的洛倫佐手稿並排放在圖書室正中央的玻璃櫃裡。窗外銀杏樹剛抽了新芽，思源站在父親旁邊，看著玻璃櫃裡那些泛黃的手稿和自己剛寫成的筆記並排陳列，忽然覺得自己在碼頭邊看海藻、在沙漠裡敲石頭的這一年，己經被這條從戈壁灘開始的路接納了。念規從書案上拿起賈代儒的戒尺放在思源手心裡，說太太爺爺的戒尺上刻著“讀書明理”，思源在碼頭邊觀察海藻、在沙漠裡敲石頭，也是在明理——明的是石頭的理，也是活著萬物的理。
思源雙手接過戒尺，跪下給父親磕了一個頭。窗外銀杏葉在春光裡泛著嫩綠的光澤，他把戒尺和圓石頭並排放在書案上，轉身朝鐵匠鋪跑去。那三塊黑曜石還並排放在鐵砧上，等著他繼續觀察下一組變化。
