對於桓玄而言，劉裕那點兵馬其實不值一提，他只是之前的目標不在劉裕身上罷了。但現在，解決劉裕就成了既打通陸上通道，利於物資糧草兵馬從西北運抵京城的最佳方案，也同時成了軍事上立威的必然選擇。
至於南陽的殷曠之和梁州作亂的巴獠部落，那不過是為了更好的平復荊州和梁州的局勢，解決這些令人作癢的疥癬之疾罷了。
以上是軍事方面的考慮，挽回軍威，打通通道，為之後做準備。另一方面，桓玄要解決的便是朝中那些沉渣泛起的反對之聲，以及一些妄圖借司馬德宗的名義抱團和自己作對之人。
桓玄認為，必須要嚴厲的懲罰朝中這些想要掙脫自己的掌控，覺得局面有變，可以和自己掰掰手腕之人。特別是司馬德宗和他身後的一些人，要將這些人全部掃除清理，將司馬德宗牢牢的掌控在手中。
除了剷除這些異己立威之外，掌控司馬德宗便是掌控住大晉朝廷。這對於李徽也是一種牽制。桓玄此刻最擔心的便是司馬德宗跟李徽搞到一起，偷偷給李徽下個詔書什麼的，讓李徽率軍進攻京城，並且賦予他皇命。那樣的話，李徽便可肆無忌憚的進攻了。
必須杜絕這種可能，那便要將朝廷再一次的整肅，將一些人剷除。要將司馬德宗軟禁起來，不許他見到任何人，徹底的杜絕司馬德宗和其他人接觸的可能。
在經過長達半個月的思索之後，桓玄確定了這個計劃，他首先開始了他的大清洗行動。
正月二十之夜，桓偉率領一萬中軍兵馬全城發動，一夜之間抓捕了四十多名朝中軍政官員和京城大族。並封鎖了皇宮，撤換了所有司馬德宗身邊之人。
清晨時分，桓玄召集朝會，宣讀了司馬德宗的聖旨。聖旨之中，將被抓捕的四十餘名朝中官員和京城大族一律歸為司馬道子遺毒同黨。以王緒之前策劃誘殺周澈之事作為殷鑑，表示要徹底清除司馬道子遺毒同黨，以免再一次發生陰謀策劃挑撥離間誘發大晉內鬥之事。要嚴懲所有被抓捕的這些人和他們的親眷。
所有人都噤若寒蟬，在桓玄詢問他們有無反對意見的時候，沒有一個人敢說話。因為所有人都明白，這是桓玄一手策劃的大清洗行動。聖旨不過是個幌子，陛下都沒有出席這次朝會，這聖旨顯然是矯詔行為。
那些被抓捕的人之中，有一部分還是對桓玄溜鬚拍馬極盡諂媚之人。所有人都沒有任何的實際證據和不軌的行為，只是完全憑藉桓玄的臆斷便將他們全部緝拿。
沒有任何的審判程式，很快，桓玄便宣佈將這四十餘族近三百人全部斬首示眾。正月二十二上午，在朱雀大街街口的寒風之中，這三百餘人無論男女老幼全部被當街斬首。其中最小的孩童尚在襁褓之中，也被行刑的刀斧手一砍兩半。
此舉也打破了之前不殺幼童的先例，即便是胡族當年侵入中原之時，也不會對襁褓中的嬰兒下手。
那日，朱雀大街十字街口的石板路上滿是鮮血，在寒風中凍結成紫紅的冰塊。其中多日，原本熱鬧非常的朱雀大街街口位置都空蕩蕩的，沒有人願意從這裡經過，因為當日被斬首時，那些婦孺孩童老者嚎哭的聲音似乎久久不散，夜晚甚至都能聽到他們鬼魂的哭泣之聲。
這一次大清洗震懾朝廷上下所有人，他們一個個安靜如雞，沒人敢說半句話。他們知道這些人當中許多人都是無辜的，或許只是一個眼神，一句話，一個動作便上了桓玄的清洗名單。所以，在面對桓玄的時候，一個個極為謹慎小心，生恐說錯半句，生恐招致桓玄的不滿。
桓玄對這樣的結果很滿意。他就是要製造這種恐怖籠罩的效果，讓這幫人不敢有任何的擅動。他知道這幫人心中的不滿，但只要他們表面乖乖的服從，暗地裡也不敢做對自己不利的事情，那便足夠了。這種時候，桓玄甚至無需他們的忠誠，只需要他們對自己的恐懼。
那些被殺的人，桓玄也確實沒有什麼真憑實據，只是一些臆斷和印象便剷除了他們。這麼做確實會讓一些大族對自己寒心，但桓玄也顧不得這些了。他必須完全的掌控一切，以令朝廷上下都隨自己的意願行事。
這些還不夠。桓玄又逼著司馬德宗下旨，讓司馬德宗自稱身體有恙，今後不再上朝，也不再接見任何朝臣的覲見。朝會由楚王召集定議，朝中事務由楚王全權處置。聖旨說，他完全相信楚王，不遵楚王之命，便是不遵皇帝之命云云。
這種把戲，人人心裡都明白，但是沒有一個人敢戳穿。
二月中，在朝中局面稍稍趨穩之後，桓玄開始了他的第二步計劃。那便是宣佈剿滅劉裕等割據勢力的行動。他命桓嗣領軍五萬，進軍豫章。命江州刺史桓石生率領水軍一萬戰船八十艘進入鄱陽湖協同作戰。
與此同時，又命荊州別駕、振威將軍桓石康從江陵率軍北上，會同襄陽兵馬組成三萬剿賊兵馬進攻南陽殷曠之。同時命梁益二州刺史郭詮全力清繳梁州巴獠勢力，形成全面清繳之態，避免他們形成聯動。
二月底，桓嗣率領五萬大軍經由尋陽南下，會同桓石生率領的水軍逼近豫章。大戰一觸即發。
……
豫章城中，一片兵馬忙亂的情形。城中軍衙大堂上，劉裕正同諸葛長民和劉毅等人商議守城之策。
其實對於桓玄的出兵圍剿，劉裕早就有心理上的準備。當日他金蟬脫殼，利用了劉牢之的信任和高雅之的愚蠢，將他們當成炮灰成功脫逃之後，劉裕便知道桓玄的兵馬有朝一日肯定會來。
不過劉裕並沒有料到局勢的發展。當初他的估算是，桓玄的兵馬和李徽的兵馬在樅陽對峙，雙方實力相當，必然拼個你死我活，根本無瑕去管自己。在李徽之後，還有司馬道子在京城，自己有充足的時間發展。桓玄就算能夠成功，騰出手來恐怕也要三年五載了。更何況他未必能夠成功。
確實，一開始的局面如他所料，這也是他能夠逃往豫章，而桓玄沒有派兵窮追攻擊豫章的原因。桓玄要面對的是李徽的兵馬，更有進攻京城解決司馬道子的壓力。
但樅陽之戰很快結束，李徽和桓玄沒有死磕，只是交戰了兩場便達成了協議，這是讓劉裕感到很不高興的。他知道東府軍的實力，李徽要是發了狠，桓玄恐怕要吃大虧。可惜李徽狡詐，不肯耗費實力。他那樣的人唯利是圖，怎肯和桓玄死磕。
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