劉文達是奄美島格物院首席化工師，帶著兩名弟子和一套便攜蒸餾裝置。李鐵山是火藥坊領班，帶著火藥配方的改良經驗。兩人在船上開設「流動工坊」。劉文達用簡易蒸餾裝置提純了第一批硫酸，李鐵山用這批酸試製火藥。寇宗奭採集沿途海鳥、魚類標本，記錄洋流與氣候。耽羅首領高兆基跟弼馬溫馬安國在甲板上推演金山灣的牧場規劃：戰馬如何運輸、如何繁殖、如何與當地部落交換。
朱天權在出發前定下規矩：「誰願意跟誰，她們自己說了算。」
這一原則在航行中經受了考驗，一個淮北光棍在底艙攔住一名倭國少女，硬塞給她一塊餅：「跟我，有飯吃。」
少女嚇得哭。孫玉校趕到，將光棍按倒在地，對眾人說：「我說過，沒人能再賣她們。你們要娶，去問她們自己。」
此後，船上的求婚都變得規矩起來，先遞情書，再託人說合，最後由少女自己點頭。有幾對在航行中相戀的男女，請求朱天權主持簡單的婚禮。朱天權應允，條件是「到了金山灣，再補辦正式的酒席」。婚禮沒有酒席和花轎，只有甲板上眾人圍成的圈，和餘五婆唸的一段光明經。新人們對著海天拜了三拜，然後互相鞠躬。
九月初十至九月十二，船隊在中途島停泊三日。這是唯一的中轉站。補給內容：淡水、蔬菜、藥品、燃料。同時，中途島駐軍向船隊通報金山灣最新情況。
船隊抵達中途島時，已航行三十三天。補給站上的海軍分遣隊早接到快船通報，備好了淡水、蔬菜和藥品。但補給站小得可憐，三艘船同時靠岸不可能，只能輪流用小艇分批接送。
長時間海上航行後，乘客被允許分批上岸活動。河東綠林會的老人們在沙灘上尋找石頭，刻下自己的名字或故鄉的名字；倭國少女們在沙灘上撿拾貝殼。
蔡賢在島上核算賬目，發現一個嚴重問題：淮北難民中的後續批次，因在東海道耽擱太久，身體極度虛弱，有二十多人在這一個多月的航行中一直沒緩過來。其中一人已經咳血不止。
寇宗奭帶著醫學生逐船檢查。他在「溫嶼開拓者號」底艙裡蹲了半日，對一個福建籍老漢搭了脈，然後沉默著走出艙來，對朱天權低聲說：「肺癆。已經到晚期了。船上條件不好，還傳染了兩個。我建議在島上留幾個人看護，等下一班船來再帶走。」
朱天權沉默了很久。中途島不是久留之地，補給能力有限，留人看護意味著分走本就緊張的藥品和糧食。但若不留下，船上可能會爆發更大規模傳染。
「留。」他說，「寇老，你選幾個靠得住的人。被傳染的那兩個，也留下。糧食和藥品，從這裡補給站勻。我去跟分遣隊交涉。」
寇宗奭選了三個東海道老移民的家屬，她們得過天花和麻疹，有免疫力，知道怎麼處理傳染病。那個福建老漢躺在臨時搭起的帳篷裡，喘著氣，嘴唇青紫。寇宗奭給他餵了最後一口湯藥，說：「等我從金山灣回來，再來看你。你要活著。」
老漢搖了搖頭，嘴角擠出一絲笑：「老朽怕是等不到那一天了。替老朽謝謝朱都督。要不是他，我一家三口早死了。」
朱天權得知後，在艦橋上站了很久。李海走過來，把一杯茶遞給他：「想什麼呢？」
「想中途島。」朱天權說，「我們花了兩年時間，在太平洋腹地建了這個補給站。當時有人說是浪費錢，說這一帶沒有貿易價值。現在你看，要是沒這個補給站，船上那二十多個人，一個也撐不到金山灣。」
後來，寇宗奭的弟子中有一人留下照顧病人。福建老漢在補給站去世的時候，是握著那弟子的手走的。他臨死前說：「多活了幾十天，值了。」
離開中途島後，船隊進入了最漫長、最單調的航程。沒有陸地補給站，只有無盡的海水和天空。雖然留下了肺癆病人，但船上仍有零星發燒和腹瀉病例。寇宗奭和劉文達商量後，用硫磺皂和海水簡單消毒，控制住了幾次小範圍感染。但底艙裡的空氣始終汙濁，每天都有輕微中暑或脫水的人。
餘五婆帶著信眾在甲板上舉行了一次「光明祈福」，給每個生病的人遞了一碗熬得濃稠的薑湯。她沒有藥，但她說：「念光明經，喝薑湯，發了汗就好了。」有人信，有人不信，但喝了薑湯的人，確實舒服了些。
十月初，船隊遭遇了一場颱風。
風暴持續了兩天兩夜。雖然提前收到訊號，降了半帆，但「東海晨光號」的明輪護罩被大浪打裂，桅杆也被吹斷了一根，帆布撕裂了好幾塊。船長不得不臨時降速，靠風力航行了一天多才修復。李海在艦橋上守了整整四十八個小時，沒閤眼，渾身溼透，眼睛通紅，死死盯著海面。
風暴過後，他清點損失：六人受傷，無人死亡。天孫氏青壯在風暴中衝進底艙，把摔倒在地的倭國少女一個一個扶起來，用身體擋在她們面前。孫玉校在甲板上組織人手固定貨物、修補纜繩，看見那幾個青壯主動擋在倭國少女身前，替她們擋住了飛濺的碎木，心裡記下了這幾個人的名字。
航行第四十五天，一名倭國少女試圖跳海。正是島津安子，佐賀士族之女，父親被平家徵召戰死，母親病亡，她被叔父賣入妓館，後被龜山良正贖回。她在遺書中寫道：「私已無家，不知金山灣有何意義。」
孫玉校將她救下，帶到餘五婆面前。
餘五婆懶得說教，只握著她的手，唸了一段光明經，然後說：「妳的家，在妳腳下。船到金山灣，妳自己建。」
島津安子後來成為孫玉校的貼身助手，在金山灣參與組織了第一個「女子墾荒隊」。
漫長的航行讓不同群體的界限開始模糊。東海道的老移民發現淮北難民並不懶，他們只是沒機會；淮北難民發現東海道人並不摳，他們只是經歷過太多饑荒，怕了。濟州島的農學堂畢業生在甲板上開班講「堆肥法」和「輪作法」，引來不少東海道老農圍觀。青州來的柳翠娘教幾個東海道婦人做辣椒醬：「到了那邊，沒辣子吃，日子沒滋味。」東海道的老婦人教倭國少女做味噌湯：「妳們倭國的味噌跟咱們的醬差不多，到了金山灣，咱們合著煮一鍋，叫『東瀛味噌湯』。」
「味噌湯」三個字在甲板上傳開的時候，有人笑了，有人哭了。
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