機房不大，西排電腦，滿打滿算也就西十來個機位。
週一傍晚這個時段人不多，稀稀拉拉坐了不到十個人，有的在敲程式碼，有的在看論文，還有一個趴在桌上睡著了，呼嚕聲不大，但在安靜的機房裡格外明顯。
“滴！學生卡！”
林曉刷了卡，在靠牆的位置找了臺空機坐下。
他把硬碟插上，開啟昨天晚上在宿舍裡寫好的指令碼檔案，從頭開始過一遍。
GROMACS的安裝路徑、環境變數的設定、輸入檔案的格式、拓撲檔案的準備。
每一步都要確認無誤。
對一個沒接觸過這個領域的大一新生來說，上手難度不小。
GROMACS是分子動力學模擬領域的老大哥，功能強大，引數繁多，光mdp檔案裡的引數就有上百個。
步長、溫度、壓力、積分演算法、鄰居列表的更新頻率、長程靜電相互作用的處理方法、週期性邊界條件的設定。
每一個引數背後都有相應的理論支撐，選錯了輕則模擬跑不起來，重則跑出來的資料全是垃圾。
但他不能等到把所有理論都吃透了再開始動手。
時間不等人，他只能邊學邊做，邊做邊改。
林曉深吸一口氣，打開了GROMACS的官方手冊。
一千多頁的英文文件，密密麻麻的技術說明和命令列示例，看起來就讓人頭皮發麻。但他沒有跳，而是從“安裝與配置”那一章開始，逐節往下看。
軟體的基本架構、核心模組的功能劃分、輸入輸出的檔案格式、常見錯誤資訊的含義和解決方案。
林曉忍不住看了一眼這個文件進度條，拉到最後都要十幾秒。
這樣的話，就不能用正常讀書的方式來學習了，只能“狩獵”了。
先找準自己需要的那部分資訊，快速地捕獲、消化、轉化成本地可用的知識。
不需要全部記住，只需要知道需要用的時候去哪裡查。
一個小時後。
林曉己經能夠順利用pdb2gmx命令生成拓撲檔案了。
螢幕上滾過一大串綠色的“OK”，他表示結構檔案生成成功。
林曉靠在椅背上，伸了個懶腰，嘴角不自覺地微微翹起。
小勝一場。
接著是構建模擬盒子、新增溶劑分子、中和體系淨電荷、能量最小化……
每一步都伴隨著新的問題和新的報錯。
“ERROR: No default for Bond with length……”
。子帖的似類況己自跟個一到找才頁幾好了翻，搜裡壇論去，訊資錯報製複他
。失缺有沒有數引長鍵的應對看，案檔數引場力查檢：說覆回的面下
。別型子原個幾那的到提裡訊資錯報了到找面裡在，案檔pobff的裡夾料資場力了開打，示提照按曉林
。位欄的鍵關個一了，對不式格但，在存實確數引
。行執新重，式格了改修手他
。錯報有沒次這
。山上頭石大塊一著推是像，拱前往地步一步一
。就的妙微種一來帶能都，間瞬一那的失消錯報次每但，錯試和料資查的量大著隨伴都進推的步小一每
。來下了暗線的裡房機，覺不知不
。裡界世擬虛的構數引場力和標座子原由個那在浸沉人個整，出輸列令命的上幕螢著盯睛眼，著敲地啦啪裡噼上盤鍵在指手的他，的冷下投上臉曉林在白的幕螢腦電
