自打從衛所軍官與不法士紳處抄得三十多萬兩銀子後，閻應元便心中有了盤算。他深知昌平歷經戰火，百姓生活困苦，城防與軍隊訓練也亟待加強，於是主動上書朱慈烺，請求留下部分銀子用於改善百姓住宿、補貼民生，其餘絕大部分則送往京師，充實國庫。
可讓閻應元沒想到的是，朱慈烺竟直接駁回了他的請求。對此時的朱慈烺而言，三十來萬兩銀子並非什麼鉅額財富。護國軍四處征戰繳獲的物資、整頓吏治查抄的贓款，早已讓東宮府庫充盈。他在回覆中明確表示，無需將銀子送往京師，要求閻應元將這筆錢全部用在昌平的軍隊訓練、城防建設與百姓生活上。
朱慈烺當初將閻應元留在昌平，本就有著長遠的考量：他想把昌平打造成一座與眾不同的城市，一座能成為大明其他地區建設範本的“模範城”。他並未奢求昌平能一步躍遷至後世那般繁榮，只希望這座城市能做到整潔衛生、秩序井然，百姓能安居樂業、人人飽腹，軍隊能訓練有素、戰力強悍，僅此而已。
閻應元深知皇太子的期許，也完全按照朱慈烺的設想，有條不紊地推進昌平建設。他首先將目光投向了百姓的住房問題。昌平城內不少房屋在戰亂中被燒燬，殘留的也多是破舊不堪的土坯房，一到雨天便漏雨，寒冬時節更是難以禦寒。閻應元下令，將所有被燒燬的房屋推倒重建，殘留的危房也逐一修繕加固。
新建的房屋統一採用一層青磚瓦房的樣式，雖不奢華，卻堅固耐用，足以抵禦風寒。為了讓百姓都能有房住，閻應元規定：失去房屋的百姓，每戶可免費分到兩間房。即便一家有五口人，擠一擠也足夠居住，比起以前漏風漏雨的土坯房，已是天壤之別。同時，他還在城內各處規劃建造了大量公共廁所，嚴令禁止百姓隨地大小便。一旦被發現，便處以“一天不給飯吃”的懲罰，以此倒逼百姓養成良好的衛生習慣。
別看只是兩間簡單的瓦房，高度不及後世磚房，面積也不算寬敞，但對飽受戰亂與貧困之苦的昌平百姓來說，已是莫大的恩惠。此次建房總共花費了兩萬多兩銀子，且全部用於購買磚瓦、木材等建材，並未產生人工費用。百姓們得知是為自己建新房，個個幹勁十足，主動前來幫忙，不求工錢，只要能管飯便心滿意足。
在動工建房之前，閻應元早已提前在人口密集的區域搭建了多個公共食堂。他深知百姓剛分到田地，來年才有收成，眼下暫無生活來源，於是規定：食堂每日提供兩頓免費飯菜，直至來年糧食收穫為止。具體伙食還會根據是否參與勞動進行調整。參與建房、修路等勞作的百姓，中午能吃到米飯與饅頭，晚上則有米粥搭配少量葷菜；暫時沒有勞作任務的百姓，雖沒有葷菜，卻也能保證兩頓稠粥，分別在中午與晚上供應（早上暫不提供飯食）。
為了便於管理，閻應元還推行了“二十家一組”的管理制度：將城內百姓每二十戶編為一個小組，從每組中選出一戶人口較多、責任心強的家庭擔任“有償組長”。組長的主要職責是監督本組的衛生狀況，確保無人違反廁所使用規定；同時，若組內有陌生人來訪，需及時登記資訊並上報官府，以便掌握流動人口動態。他還特意制定了“連坐”規則：戰時若一組中有一戶出現通敵、逃跑等問題，全組都需承擔連帶責任，以此督促百姓在戰時相互監督、共守家園。
待住房、食堂等民生工程步入正軌後，閻應元又將精力投入到“全民備戰”的訓練中。他傳令全城：凡年齡在十二歲以上、五十歲以下的百姓，無論男女，每日上午都需參加訓練。訓練內容分為兩部分：先是基礎的跑步鍛鍊，增強體力；隨後則練習配合士兵守城的技能，比如學習如何搬運滾木、礌石，如何將受傷的將士從城牆上運送下來救治，如何為守城士兵做飯、送飯；在敵軍未攻城時，還要協助士兵站崗放哨，讓士兵能有時間休息調整。閻應元的最終目標很明確：讓昌平在戰時能做到“全民皆兵”，無論男女老少，都能為保衛家園出一份力。
這一舉措並非閻應元憑空設想，而是借鑑了歷史上“江陰八十一日”的抗清經驗。當年抗清三公正是憑藉全民動員、上下一心，才創造了驚天地、泣鬼神的抗清壯舉。他堅信，只要昌平百姓能凝聚一心，即便未來遭遇強敵入侵，也能堅守城池，保一方平安。
與此同時，閻應元對招募的六千新兵也進行了合理分配：其中一千人組成“治安巡邏隊”，和平時期負責維護城內治安、在城內外巡邏警戒，防範偷盜、搶劫等犯罪行為；戰時則立即登上城牆，協助戰兵防守。剩下的五千人則編為“戰兵”，其中還專門挑選出一百名精銳組成“夜不收”（偵察兵）。這些夜不收分散在昌平周邊二十里範圍內活動，密切監視周邊動向，一旦發現外敵入侵的跡象，需第一時間發出預警訊號。
只要夜不收發出預警，昌平全城四門便會立即關閉，所有百姓與士兵迅速進入臨戰狀態：治安巡邏隊登城防守，戰兵集結待命，百姓則按照之前訓練的內容，各司其職，搬運守城物資、救治傷員、供應糧草，形成一套完整的防禦體系。
而五千戰兵在張書廷的帶領下，更是堅持日復一日的刻苦訓練。訓練內容不僅包括火器射擊、陣列排布等基礎科目，還加入了騎術訓練。要求士兵能在飛馳的戰馬上熟練開槍射擊，提升騎兵的綜合戰力。此外，閻應元對炮兵的要求也極為嚴格，規定每個炮兵都必須熟練操作紅衣大炮、佛郎機炮等各類火器，不僅要能精準瞄準、快速裝填，還要懂得如何維護保養火炮，確保戰時火炮能正常發揮威力。
