蘇州城外的三路大軍在三天之內全部到位。
南路沿運河東進，在蘇州城西南的渡口處紮了營。東路從太湖方向登陸，封住了蘇州城東的河道和碼頭。西路主力從城西高地前推了半里，在距城牆不到一里的位置佈下了新的陣地。三路隊伍在城內清軍的視野範圍內完成了合圍，分別在各自的位置上立起了旗杆，杆頂上掛著新制的黃底紅旗，旗面上繡著“鎮南“二字，三面旗子在秋日的風裡獵獵作響。
城牆上的人能看到那些旗幟，一整天都能看見。它們不在同一個方向，但無論從哪個城垛望出去，總能看到至少一面。城裡的清軍守將顯然也注意到了這一點。當天午前，城西門樓上方出現了一個人影，站在城垛後面朝城外看了好一陣，又轉身下去了。
鐵大柱的船隊在運河段和太湖東岸之間架設了一條水上補給線。糧船和彈藥船每三天一班往返於無錫、湖州與蘇州外圍之間，在碼頭上卸貨之後當天返航。每一批補給的到達時間和數量，都會被詳細記錄在軍務署的排程簿上，從水路入港到清點入庫，再到分批配發到前沿陣地的各個營區，各個環節都經過了反覆的核對。前沿計程車兵每天能吃到熱飯，彈藥也從未短缺過。
圍城進入第四天的時候，蘇州城南門開了一條縫，一隊清軍騎兵從門縫裡擠了出來，大約二十人，快馬加鞭沿著官道往南衝去，試圖突圍。黃文金事先在南路陣地上埋了兩道絆馬索和幾排削尖的竹樁。騎兵衝出城門不到半里就被第一道絆馬索攔住了，前面的幾匹馬收勢不及絆倒在地，後面的勒住韁繩想要轉向，又被第二道絆馬索封住了去路。埋伏在官道兩側的陸戰隊士兵從路邊的草叢裡站起來，端槍瞄準，但沒有開火。黃文金站在遠處喊了一句話：“放下兵器，饒你們性命回去報信。“
二十個騎兵裡活了十四個。他們被繳了兵器之後沒有受捆，被放回了城。當天晚上，城南門沒有再開啟。
第五天，洪啟明又寫了一封信，這次用的是白紙墨字，沒有箭射，而是讓一個被俘的清軍士兵帶進了城。信上的內容跟無錫和湖州的那封類似，但措辭比之前更短：“鎮南王洪啟明致書蘇州守將：城中糧盡之日，百姓先死，兵卒後亡，將軍亦不能免。今城外三面合圍，水路已斷，援軍不至。若開城，守軍可領遣散費三日之內自行散去，百姓秋毫無犯。若執意頑抗，城破之後概不寬宥。三日為期，過時不候。“
信帶進去之後，城牆上安靜了一整天。第六天，城上有人射了一封回信下來，沒有落款，只寫了幾句話：“城中有糧，尚可支撐。將軍待我等不薄，我等不忍棄城而去。“字跡潦草，像是許多人商量之後匆忙寫成的。洪啟明沒有回信。第七天和第八天，沒有任何訊息從城裡傳出來，城門緊鎖著，城頭上的旗幟雖然還在飄，但垂下的時候比之前更軟了，像是旗繩鬆了一截，整面旗子都往下墜了幾寸。城頭上走動的人影也比之前少了，有幾個垛口後面白天都沒有人站崗，露出空蕩蕩的城磚。
第九天，蘇州城的東門開了。這一回不是騎兵突圍，是幾個穿便服的中年人從門縫裡側身擠了出來，舉著雙手走到東路軍陣地前面，報了自己的身份——蘇州城裡的幾家商號的東家。他們被帶到了洪啟明的營帳裡。領頭的一個人說：“鎮南王，城裡的糧倉已經空了。米價漲了十幾倍，有錢也買不到糧了。守城的兵卒已經開始有人餓得站不住了。幾位將領還在撐著，但底下的人已經不想打了。我們幾個做生意的，願意出面勸降。“洪啟明聽完之後沒有馬上回應，站在桌邊聽他們把話說完，然後說了一句：“你們回去告訴守將，明天中午之前把城門開啟。開城之後所有守軍出城集合，繳械之後可以領遣散費自行散去。城中百姓不許侵犯。如果過時不降，明天午後就攻城。“
天亮了之後，蘇州城的南門和東門在午前同時打開了。城裡的清軍守將穿著便服從南門走出來，後面跟著一排排隊列出城的兵卒。兵器被整齊地堆在城門內側，刀槍堆成幾座小堆，然後由劉阿大的人逐一清點造冊收走。排在佇列最前面的清兵有些軍容還算整齊，但走到後面就亂了，有人穿著破舊的號衣，有人甚至沒有鞋，包袱裡只裹著一塊幹餅。
出城的清軍總共約七千人。其中大多數人在城門口的空地上按隊形站定之後等待著下一步的指令。洪啟明沒有讓他們久等，他讓鄭文遠在城門外擺了十幾張桌子，每張桌子後面坐著一個善後處的文書。文書們負責登記姓名、核對身份、發放遣散費，以及根據登記的資訊決定放行的方向。遣散費按照官階和服役年限來發放，普通兵卒每人領到一小袋銅錢和幾斤米糧，可以從旁邊的領糧處帶走自己的那份口糧。拿到錢和糧之後，願意回原籍的可以自行離開，願意留在鎮南王轄區的可以到旁邊的接待處登記。
鐵大柱已經提前安排好了幾艘疏散船，停在碼頭邊，用來送那些願意立即離開蘇州的清軍兵卒返鄉。有船的船載他們沿運河到最近的渡口上岸，沒船的憑善後處的手令自行離去。
下午的時候，城門口排隊領遣散費的隊伍漸漸短了。到了傍晚，城門口的空地上只剩下零星的幾個人，還有人蹲在城牆根下清點自己領到的銅錢和糧袋。鄭文遠在桌子後面整理了一整天登記的名冊，一共發出去五千多份遣散費。劉阿大的人在城內巡邏了一圈，確認沒有留下任何零散的清軍兵卒，然後回城門口覆命。
洪啟明在城門口站了一會兒。城內的主街比無錫和湖州寬敞一些，但空蕩程度相似。街邊的鋪面都關著門，不過有部分門前掃地掃得比較乾淨，像是一直有人在維護。他沿著主街走了一段，在街角停下腳步看了看。幾個居民正從自家門縫裡探出頭來，打量著他和後面跟上來的隊伍。遠處有孩子在跑動，從一條巷口穿到另一條巷口，身影消失在轉角處。
當天夜裡，洪啟明在蘇州城內的舊道臺衙門裡過了一夜。他沒有徵用衙門的主堂，只在偏院的一間小屋裡鋪了一張行軍床，門外的哨兵每隔半個時辰換一班。入城當夜，蘇州城內沒有發生任何動亂和騷亂，街面上只有巡邏隊的腳步聲在青石板路上有節奏地響著。
第二天清晨，善後處在蘇州城的四面城門和主要街口同時貼出了新的告示。告示的內容是統一固定的：全城糧倉開放，每戶按人口領取口糧；願意參加城外重建工程的，每天可以得到工錢；凡有手藝的人，可以到善後處登記入冊。告示落款蓋著鎮南王府的印章，旁邊還加蓋了一枚較小的圓形印章，上面刻著“蘇州善後處“五個字。
洪啟明在告示貼出去之後繞城走了一圈。城內的秩序比預想中恢復得更快。領糧的隊伍在城中心排起來了，隊伍裡有人在低聲說話，有人捧著剛領到米的碗往家走。街邊有人開始卸下門板，把鋪子裡的舊貨搬出來晾曬。城門口有一輛牛車正在進城，車上裝著幾捆乾柴，趕車的漢子在城門口停了一下，看了一眼牆上貼的告示，把牛車趕進城裡去了。
洪啟明在城牆上站了一整個下午。蘇州城的城牆比湖州和無錫都高，站在城頭上能看到更遠的地方。往東望去是太湖的方向，水光在天際線處隱隱閃著。往南是上海的方向，隱隱約約能看到更遠處的城鎮輪廓。北面是無錫和湖州的方向，三府之間是一片連連的平原和丘陵，田野裡泛著深秋的顏色。
當天傍晚，天京方面的信使到了蘇州。信是翼王石達開親筆寫的。石達開在信中對蘇州光復表示了祝賀，同時也提醒他注意天京城內的局面變化。信上說最近天京城裡的氣氛比之前更緊張了，北王韋昌輝和東王楊秀清之間的矛盾不斷升級，兩邊都在暗中增兵，街上巡邏計程車兵比以前更多了，城門外的官道也變得比以往擁擠。信末附了一行小字：“蘇州既下，你那裡已經徹底穩了。若天京有變，你那裡將是最後的退路。“
洪啟明坐在道臺衙門偏院的石階上，把信又看了一遍。暮色從院牆的縫隙裡滲進來，把信紙的邊角染成一層淡淡的橘紅色。他將信紙小心地收好，放進懷裡。春蠶已經吐過絲了，夏繭的收成也滿倉了，三府連片的土地上秋糧已經收完，正在晾曬入倉。太湖的晚風把院牆外蘇州城裡的炊煙氣息吹過來，暖融融的，在暮色裡顯得格外濃稠。他把信放在桌角，抬頭看了看天色，然後站起來走到院牆邊，拍了一下衣襬上沾的乾草屑，朝善後處的方向走了過去。
