隆慶六年七月，朝局開始發生變化。
首先是高拱的失勢。高拱自隆慶三年入閣後，與張居正漸生嫌隙。他性格剛直，辦事雷厲，但也得罪了不少人。隆慶五年，他與張居正在“俺答封貢”問題上產生分歧，被沈默居中調停，但矛盾已經種下。
隆慶駕崩後，高拱對太后垂簾不滿，曾私下說：“十歲天子，如何治天下？”這話傳到太后耳中，太后大怒。張居正趁機進言，說高拱“跋扈不臣”。最終，高拱被罷官回鄉。
臨行前，高拱來找沈默，兩人對飲。
“沈閣老，”高拱已有醉意，“你說，我這輩子，值嗎？”
沈默道：“高司馬整頓吏治，功在千秋，如何不值？”
高拱搖頭：“可我還是輸了。輸給張太嶽，輸給你。”
沈默沉默。
高拱看著他，忽然笑了：“沈閣老，我知道你不是普通人。你有大智慧，也有大忍耐。我不如你。但你要小心，張太嶽不是省油的燈。他現在敬你，是因為你讓著他。可等他羽翼豐滿，還會敬你嗎？”
沈默緩緩道：“多謝高司馬提醒。”
高拱起身，踉蹌著走了。臨出門，他回頭道：“沈閣老，保重。”
沈默目送他離去，心中久久不能平靜。
高拱去後，內閣格局大變。沈默仍是首輔，但張居正的權柄越來越重。
萬曆元年正月，張居正上《請稽查章奏隨事考成以修實政疏》，正式提出“考成法”。太后准奏，命內閣推行。
考成法的核心，是用“考成簿”記錄各級官員的政務完成情況，按月考核，年終總評。完成好的升遷，完成差的降職，完不成的罷黜。
此法一齣，朝野震動。官員們人人自危，再也不敢敷衍了事。公文傳遞快了，錢糧徵收足了，刑獄審結清了——整個官僚機器的效率，提升了不止一倍。
沈默在背後全力支援。他利用自己在朝中的人脈，為張居正掃清障礙；他協調各部，確保考成法順利推行；他還親自寫信給各省督撫，叮囑他們“務必配合張閣老”。
有人私下問沈默：“沈閣老，您才是首輔，怎麼讓張閣老出盡風頭？”
沈默笑道：“張閣老有才幹，理當重用。我做首輔，不就是要選賢任能嗎？”
這話傳出去，朝中上下都贊沈默“雅量高致”。只有李贄知道，沈默心裡有多無奈。
萬曆元年秋，張居正又上疏，請求在全國範圍內清丈土地，清查隱田。
大明朝立國兩百年，土地兼併嚴重。官紳地主隱瞞田產，逃避賦稅，導致國家稅收銳減，農民負擔加重。張居正要做的，就是把這些隱田都查出來，讓田多的人多交稅。
這觸及了太多人的利益。反對聲浪如山如海，彈劾張居正的奏疏堆滿了御案。
關鍵時刻，沈默站出來力挺。他在朝堂上慷慨陳詞：“清丈土地，乃為國之公事。田多者多交，田少者少交，此乃天經地義。若有阻撓者，便是與國為敵！”
太后聽了，當即下旨：清丈土地，全力推行，阻撓者嚴懲不貸。
張居正感激涕零，對沈默道：“沈閣老，您的大恩，居正銘記在心。”
沈默拍拍他的肩：“太嶽，你我都是為了大明，不必言謝。”
萬曆二年，清丈土地基本完成。全國查出隱田一百八十萬頃，相當於原額的一半。賦稅大增，國庫充盈。
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