萬曆十九年，《焚書》在南京秘密刻印出版。
書分六卷，收錄了李贄近年寫的各類文章：《童心說》《贊劉諧》《何心隱論》，以及與耿定向論辯的《答耿中丞》《答耿司寇》等。還有大量的讀史短文和詩作。
書印得不多，只有幾百本。但一問世，便引起轟動。南京計程車子們爭相購買，一時洛陽紙貴。有人偷偷傳抄，有人私下議論，有人說“這是妖書”，有人說“這是奇書”。
焦竑親自作序，序中寫道：
「卓吾先生之書，如暗夜之明燈，如荒漠之甘泉。讀之者，或驚或嘆，或怒或喜。然無論驚歎怒喜，皆不能忘懷。此真奇書也。」
訊息傳到湖廣，耿定向暴跳如雷。他當即上書彈劾，請朝廷嚴查《焚書》，治李贄的罪。但奏疏遞上去，如石沉大海。萬曆皇帝忙著怠政，內閣忙著黨爭，誰也沒空管一個偏遠山裡的“異端”。
《焚書》繼續流傳，從南京傳到蘇州，從蘇州傳到杭州，從杭州傳到全國各地。李贄的名聲，越來越大。
萬曆十九年秋，芝佛院來了三位特殊的客人。
他們都很年輕，最大的不過三十出頭，最小的才二十多歲。但個個氣度不凡，一看就是世家子弟。
為首的年輕人拱手道：“卓吾先生，晚生袁宗道，這是我的弟弟袁宏道、袁中道。我們從公安來，特地向先生求教。”
李贄打量著這三個年輕人，眼中閃過一絲笑意：“公安袁氏？聽說過。進來坐吧。”
三兄弟進到禪房，環顧四周，都是暗暗稱奇。他們見過不少大儒的府邸，雕樑畫棟，僕從如雲。可這位名滿天下的李贄，居然住在這種地方——一間破禪房，幾架子書，一個老和尚，一個小徒弟。
袁宏道忍不住問：“先生，您就住在這兒？”
李贄笑道：“怎麼？嫌我這地方破？”
“不是不是，”袁宏道連忙擺手，“只是沒想到……”
“沒想到名滿天下的李贄，住在這種破廟裡？”李贄哈哈大笑，“那你們以為我該住哪兒？高堂華屋？錦衣玉食？那還是我李贄嗎？”
三兄弟面面相覷，都笑了。
這一住，就是三個月。
三個月裡，三兄弟每天聽李贄講學，論道，談天。李贄給他們講《童心說》，講“穿衣吃飯即是人倫物理”，講“不以孔子之是非為是非”。三兄弟聽得如痴如醉，如醍醐灌頂。
袁宏道後來在文章中回憶：
「卓吾先生講學，如天馬行空，不可羈勒。每發一言，皆出人意表；每下一斷，皆驚心動魄。聽之者，或喜或懼，或疑或信，然終不能去。」
三個月後，三兄弟依依不捨地離開。臨走時，袁宗道跪在李贄面前，鄭重地磕了三個頭：“先生，弟子願以師禮事先生。”
李贄扶起他，笑道：“不必如此。你們能來，我就很高興了。往後若有機會，再來便是。”
三兄弟走了。李贄站在芝佛院門口，望著他們的背影消失在龍潭湖畔的蘆葦叢中，久久未動。
楊定見走過來，輕聲道：“先生，他們還會來嗎？”
李贄點點頭：“會的。這些年輕人，是未來的希望。”
萬曆二十年，芝佛院來了一位更特殊的客人。
那是一個金髮碧眼的外國人，穿著儒生的衣服，說著一口流利的漢語。他自稱叫利瑪竇，是義大利人，來中國傳教。
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