貨幣與稅制的改革，如同為帝國軀體疏通了血脈與經絡，但陳遠深知，一個真正強盛的王朝，絕不能僅靠權術與兵威，更需有格物致知的智慧與開拓創新的活力。
自穿越以來，他始終對東西方在科學技術上的差距抱有深刻的憂患意識。
前明雖有《天工開物》、《農政全書》等瑰寶，徐光啟、李之藻等先賢也曾致力於引進西學，然終究囿於傳統觀念、科舉制度與動盪時局，未能形成體系，更未能上升為國策。偽清更是倒行逆施，扼殺思想。
如今，海內初定，正是破除愚昧、倡導實學、獎掖發明的絕佳時機。
啟明二年夏，在經過與徐光啟、柳如是、以及一些有識之士的反覆商討後，陳遠力排眾議，頒佈了一道石破天驚的詔書——設立“大陳格致院”（後通稱科學院），並倡導“百家爭鳴，實學為用”。
詔書言道：“朕觀三代以降，治道之隆，未有不本於學術之明；國家之強，未有不資於器械之利。
今泰西諸國，帆船炮利，遠涉重洋，窺我海疆；其天文歷算、機械製造，亦有可採。
我華夏雖有《考工》、《天工》之遺編，然多散佚不傳，或視為奇技淫巧，此實文明之大憾！”
“茲特設立‘大陳格致院’，於北京西山擇地建院。其宗旨在於：講求實學，探究物理，改良工藝，富強國家。
凡天文、曆法、算學、地理、水利、農學、醫學、營造、機械、火藥、礦冶等一切有裨國計民生之學問技藝，皆在研習之列！”
格致院設院長一人，由皇帝特簡（首任院長為徐光啟），下設各“學館”。
詔令明確：
廣募人才：不分出身，只要通曉一技之長，經考核，均可入院，授予“待詔”、“博士”、“學士”等銜，享受優厚俸祿，專心研究。
翻譯西書：設“譯書館”，系統翻譯泰西數學、幾何、天文、地理、物理、醫學等著作，如《幾何原本》、《泰西水法》、《坤輿萬國全圖》等，“熔鑄中西，以求實用”。
實驗驗證：強調“實證”，設立觀星臺、實驗室、試驗田、工坊，不尚空談，注重觀察、實驗與資料。
鼓勵發明：頒佈《專利鼓勵法》，凡有能造利國利民之新式器械、改進工藝、培育良種者，經格致院驗證有效，由朝廷授予“專利憑照”，許其專營獲利若干年，或給予重獎、授予官職。
刊行學報：創辦《格致彙編》（學術期刊），發表研究成果，促進交流。
與成立格致院相呼應，陳遠在文化政策上，明確倡導“百家爭鳴，實學為用”的風氣。
他下詔改革科舉內容，增加策論、算學、律法、農政等實用科目的比重。
在官學體系外，鼓勵民間興辦書院、義學，講授實學。
甚至默許一些有爭議的學術討論，只要不涉及顛覆政權、不傷風化，允許在一定範圍內爭鳴。
詔令一齣，天下譁然。
守舊士大夫痛心疾首，斥為“以夷變夏”、“敗壞人心”、“工匠之術，豈登大雅之堂？”但更多被科舉壓抑、有實學之才的寒門士子、能工巧匠、乃至不得志的學者，則如久旱逢甘霖，歡欣鼓舞。
許多人帶著自己的著作、圖紙、器物，從四面八方趕往北京西山，參加格致院的選拔考核。
徐光啟以年邁之軀，欣然領命，將畢生蒐集的西學書籍、自己與利瑪竇等人合譯的手稿，以及農學、水利心得，悉數貢獻出來。
在他的主持下，格致院迅速聚集了一批奇才：
精於歷算的李天經，
擅長火器與機械的孫元化，
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