“君主立憲”理念的發酵與《大陳憲綱》提供的模糊空間，使得改革帝國最高行政機構的議題變得緊迫而現實。
陳遠深知，文淵閣 作為目前實際上的宰相機構，其制度源於明代，雖有“票擬”之權，但大學士品級不高，且為皇帝秘書顧問性質，缺乏法定的、獨立的行政權力和明確的責任歸屬。
其運作高度依賴皇帝個人的信任與精力，一旦皇帝怠政或幼弱，極易出現宦官干政或權臣架空的局面。
這與“憲綱”追求的“權責明晰”、“君臣共治”精神不符，也難以有效應對日益複雜的國家治理和新興的議院政治。
啟明二十三年初，陳遠在多次小範圍徵詢徐光啟、李邦華、趙勝、新任兵部尚書 等核心重臣意見後，決心對文淵閣進行制度化、權力化改革，嘗試建立一種帶有“內閣負責制”雛形的新體制。
其目標是在維護皇權絕對權威 的前提下，提高行政效率，明確政治責任，並建立與貴族議院的有效溝通渠道。
改革方案以皇帝詔書形式頒佈，名為《定文淵閣為內閣，理清權責詔》。
核心內容如下：
1. 正名定分，提升規格：改“文淵閣”為“內閣”，以示其為國家最高行政中樞。
內閣大學士 定額為三至五名，其中一人為“首席大學士”，實際相當於首相。
首席大學士及閣臣，由皇帝從二品以上官員（尚書、都御史、總督等）中特簡任命，加“ 殿閣大學士” 銜（如建極殿大學士、文華殿大學士），秩正一品，地位尊崇，與六部尚書同級乃至略高。
2. 明確職權，總攬機務：詔書明確內閣為“佐天子，理萬機，總百官”的機構。
其具體職權包括：
行政決策：負責處理全國日常政務，對各省、各部院奏章提出“票擬”處理意見，報皇帝“批紅”後執行。
皇帝通常只就最重大事項做出指示，一般政務授權內閣處理。
人事建議：對尚書、侍郎、總督、巡撫 等高階官員的任免，內閣有提名建議權，皇帝最終決定。
對中下級官員，內閣可根據吏部考核進行銓選。
財政稽核：戶部編制的年度財政預算草案，需經內閣稽核、提出意見後，方可上奏皇帝，並提交貴族議院“審議”。
法律起草：重要法律的修訂、起草，由相關部院主持，但需經內閣協調、審議，形成草案後，奏請皇帝，並諮送議院。
協調各部：內閣有權召集六部、都察院、大理寺等機構會議，協調政策，解決部門間爭議。
3. 引入“副署”與“連帶責任”原則：詔書規定，以內閣名義發出的重要政令、人事任免，需有首席大學士 及相關閣臣 的副署，方為有效。
這意味著閣臣需對經手的政令承擔政治責任。
若政令失誤引發嚴重後果，皇帝可追究相關閣臣責任，輕則申斥、罰俸，重則罷免。
這初步確立了“責任政府”的理念，閣臣不再僅僅是皇帝的“秘書”，而是有明確權責的“大臣”。
4. 建立與貴族議院的聯絡機制：詔書要求，首席大學士 及相關閣臣，應定期赴貴族議院，就重大施政方針、財政狀況、外交事務等，接受議員質詢，並進行說明解釋。
議院的重要“諮文”和“彈劾案”，內閣必須認真研究，提出處理意見報皇帝。
這就在行政機構與諮議機構之間，建立了一個正式的、制度化的溝通渠道，使議院能對行政施加一定影響。
