“內閣負責制”的推行，如同為帝國政治機器更換了更精密的傳動齒輪，但要使其高效運轉，驅動齒輪的“動力源”——官員的素質與能力——必須同步升級。
舊的科舉制度，以八股文為核心，禁錮思想，脫離實際，選拔出的多是皓首窮經、熟稔程朱語錄卻不通世務的“冬烘先生”，顯然難以適應“啟明”時代對內政、外交、經濟、軍事、技術等多方面人才的迫切需求。
改革科舉，早已是陳遠、徐光啟等有識之士的共識，在“新政”推行多年、新體制初建的背景下，終於到了動大手術的時機。
啟明二十四年春，在首席大學士徐光啟的主持下，內閣會同禮部、國子監，並徵詢了格致院、貴族議院 中開明議員的意見，擬定了詳盡的《改革科舉，振興實學疏》，呈報皇帝。
陳遠御批：“科舉取士，關係重大。
八股空文，誤國已久。當因時變革，務求實用。
著內閣、禮部詳議章程，奏明施行。”
改革大幕就此拉開。
改革的核心，便是廢除八股文。
詔書明令：“自啟明二十五年鄉試始， 天下科舉， 永停八股文體。
所試經義，但取其明理達意，不以格套 拘泥，不以浮華相尚。
主考官當以實學真才為取，勿蹈空疏積 習。”
廢除八股僅是第一步，更重要的是考試內容與科目的全面革新。
新的科舉制度，仿照明代“三場”舊制框架，但內容煥然一新：
第一場，考“經義”與“策論”。
“經義”不再要求死記硬背朱注，而是考察對《四書五經》義理的理解與闡發，鼓勵結合時事、有獨立見解。
“策論”成為重中之重，要求考生就時政、經濟、軍事、水利、邊防、教化等現實問題，撰寫論述文章，考察其分析問題、解決問題的實際能力。
題目多從當前國家面臨的真實挑戰中選取，如“論漕運與海運利弊”、“如何安撫新附之漠南蒙古諸部”、“振興工商以富國論”、“防遏海外西人之策”等。
第二場，考“判牘”與“律法”。
“判牘”模擬官府判案，給出案例，要求考生依據《大陳律》寫出判詞，考察其法律知識和實務能力。
“律法”則考察對《大陳律》核心條款和立法精神的理解。
第三場，考“算學”與“格致”。
這是最具顛覆性的改革。
“算學”考察算術、幾何、代數基礎，題目涉及土地測量、糧谷計算、工程預算等實用數學。
“格致”則包括天文、地理、農學、水利、機械 等基礎常識，如“論節氣與農時”、“簡述黃河水患成因”、“火銃勝於弓弩之理”等。
試題由格致院專家參與擬定，確保科學性和實用性。
