除了改革文科舉，還大力恢復並革新“武舉”，並新設“專科”。
武舉：考試內容加重兵法韜略（筆試）和實戰演練（騎射、兵器、陣圖、火器操作）的比重，選拔真正知兵善戰的將才，而非僅憑勇力的武夫。
新設“明算科”、“明法科”、“明醫科”、“譯學科”等專科。
這些專科與正科（文科舉）並行，但錄取後多分配至戶部、工部、刑部、大理寺、太醫院、理藩院、市舶司等專業部門，或地方擔任錢穀、刑名、水利、通譯等佐貳官。
專科地位雖略低於正科進士，但開闢了專業技術人才的上升通道，且待遇優厚。
改革還涉及考官選拔、閱卷標準、防弊措施 等配套制度。
要求考官需有地方或部院實務經驗，閱卷時注重內容而非形式，對“策論”、“格致”等新科目，聘請格致院學者、有經驗的官員 參與評審。
完善“糊名”、“謄錄”制度，嚴厲懲罰科場舞弊。
詔令一齣，天下譁然。
守舊士人如喪考妣，痛心疾首。
許多皓首窮經、專攻八股的“老童生”、“老秀才”頓感前程盡毀，有的痛哭流涕，有的聚眾抗議，甚至有人以死明志。
攻擊改革的奏章如雪片般飛向北京，斥之為“敗壞聖學”、“棄本逐末”、“以匠作之術凌駕孔孟之道”。一
些地方學官、書院山長也陽奉陰違。
但支援改革的力量更為強大。
徐光啟、李邦華 等朝廷重臣堅定推行。
格致院 及受新學影響的年輕士子歡欣鼓舞。新興的工商階層 也樂見其成，希望子弟能透過更實用的科舉步入仕途。
貴族議院 中不少開明議員亦表示支援。
皇帝陳遠態度堅決，對反對聲浪予以駁斥，並嚴厲查處了幾起抵制改革的地方學政。
為了平穩過渡，朝廷也採取了一些緩和措施：允許四十歲以上、專攻八股的生員，在一定年限內參加特設的、難度較低的“恩科”，考取“同進士出身”或授予教職、低階佐貳官，以作安撫。
同時，加大官學、書院 中新學內容的教授，並出版刊行新編的考試指南、格致常識讀本，幫助考生適應。
科舉廢八股，取士重實學。
這場改革，是對延續數百年的官僚選拔根本制度的撼動。
其短期陣痛不可避免，但從長遠看，它極大地扭轉了帝國人才選拔的方向，將經世致用、求真務實 的精神注入仕進之途，為“新政”的深入和“內閣負責制”等新體制的執行，提供了至關重要的人才保障。
更重要的是，它向社會傳遞了一個清晰訊號：朝廷需要的不再是隻會做道德文章、空談性理的“聖人門徒”，而是能夠解決實際問題、富國強兵的實幹之才。
教育的指揮棒轉向，必將引導整個社會風氣與學術思潮的深刻變化。
而隨著新式科舉的推行，一種全新的、融合了傳統儒學精華與現代實用知識的“新學”，開始在帝國的文化土壤中，蓬勃生長。
