在城外數十里遠的一個河巖邊， 劉汝魁帶領著數千親兵，走在每個流民的棚戶區裡，給所有的流民發放清熱解毒的草藥，包括金銀花、連翹、黃蓮、蒼朮、白芷、冰片。不管有沒有症狀的人全都可以熬煮這些草藥來喝，以提前抵抗疫氣的侵入肌體。
而流民中也無論男女大小，全都被劉汝魁組織起來，開始整頓衛生，清除垃圾，焚燒人畜屍體，消滅老鼠、蟑螂、蝨子……衣物和生活器具都要用燒開的開水燙過。
高一功將粥廠又增加了數十處，為了不使那麼多流民集中，以免密集的人群更易染上鼠瘟，也為了減少饑民中的爭奪食物的現象出現。
流民的棚戶區分散開來了，施粥也要分散開來。這對於大順軍在放賑和維持秩序方面也帶來了更大的挑戰，需要不斷增加兵力、增加人手。為了能夠更好地實現在流民中的管理，高一功不得不採用了明朝的里甲制度
明朝的里甲制度是明太祖朱元璋在洪武十四年（1381年）推行的一套基層戶籍管理與賦役組織體系。它不僅是國家徵稅派役的工具，更是連線皇權與鄉村社會的治理基石。
以110戶為一里，其中10戶為里長戶，其餘100戶分為10甲，每甲10戶，甲有甲首。
里長戶由壯勞力較多的10戶擔任，負責一里的管理事務，三月一輪換。
里長負責所在的一里的人員管理，上傳下達，分發草藥、生石灰、衣物被服等，在施粥的時候也幫助維持秩序，有時還協助大順軍維持地方治安，防範盜賊等。
里甲制度實行後，流民中亂紛紛，互不相識的局面立刻得到解決，各家各戶，梳理得井井有條。在整理人口、登記核實時，還意外地抓到了數十名清軍的細作。這些奸細隨即被押解入城，經審訊後公開處刑。
流民越來越多，棚戶區像野草一樣，從城西蔓延到城南，又從城南鋪到了北面的河灘地上。原先集中施粥的法子不靈了——東頭的流民走半個時辰到粥棚，隊伍還沒排上，西頭的棚子又鬧起事來。高一功站在城牆上往下望，密密麻麻的窩棚一眼看不到頭，心裡直髮愁。
“不能再這麼擠在一處了。”他把手下的幾個頭目叫到跟前，“分，必須分片。東邊歸一營管，西邊歸二營管，各管各的地界，各設各的粥棚。”
分片之後，問題反而更大了。流民來自天南地北，彼此不認識，今天是這一撥人，明天又添了新面孔，誰是誰根本分不清。施粥的時候，有人一天領三回，有人連一口都沒撈著。更麻煩的是，夜裡時常有陌生面孔在棚戶區轉悠，問是哪個棚的，支支吾吾說不上來。高一功不得不從本就吃緊的兵力中抽出人手，一個棚區一個棚區地巡邏，累得將士們腳不沾地，還是顧不過來。
這天傍晚，一個年輕的讀書人模樣的人在粥棚邊上站了許久，他白色麵皮，沒有鬍鬚。戴著頭巾，身上穿著一套藍直裰。腳上是一雙布鞋，雖然破了，但是還很乾淨。
看著大順軍手忙腳亂地維持秩序，劉汝魁等人矇頭亂撞，終於忍不住走上前去，對負責放賑的劉汝魁拱了拱手。
“軍爺，在下有句話，不知當講不當講。”
劉汝魁正被幾個爭粥的流民吵得頭大，沒好氣地看了他一眼：“說吧。”
“軍爺這般分發，費心費力，卻是事倍功半。何不仿效本朝舊制，用里甲之法？”年輕的秀才不緊不慢地說，“一百一十戶為一里，十戶為里長，百戶分十甲。流民雖多，一旦編戶齊民，各安其位，誰管誰、誰聽誰，一目瞭然。施粥、發藥、分衣物，只消吩咐里長甲首，自上而下，片刻便通達各家各戶。就連巡邏守夜之事，也可讓各甲輪值，軍爺便可省下大半心力。”
劉汝魁一聽，如拔雲見霧。也不管什麼禮賢下士，當即扯著他去見高一功。高一功仔細問了章程，越聽越覺得在理。他當即拍板，就在流民中推行里甲制，請那位年輕秀才——姓劉，名中藻，原是山東壽光的稟生，進過學，但是想再參加科舉時，崇禎帝已經吊死在煤山上了。後來清虜入關，佔領山東，他就逃了出來。一路行乞當流民，企圖到南京去，在弘光朝廷下謀個一官半職，以報效朝廷。結果走到河南時，弘光朝廷就滅亡了。
他以前在山東時，也做過總賬房，負責編冊造簿。
訊息一傳開，流民中有人叫好，也有人犯嘀咕。編了里甲，是不是就要攤稅派役了？劉中藻站出來解釋：“諸位鄉親，眼下只是為方便管理，不徵一文錢，不派一分工，只求大家有粥同食，有難同當。”眾人這才安下心來。
編冊的活計從第二天一早開始。高一功調了二十名識字計程車卒，又從流民中挑出幾個認字的後生，分成五組，挨片登記。每戶幾口人、男女各多少、從何處來、有無傷病，一一問清，記在冊上。
登記到城西南的一片窩棚時，幾個形跡可疑的人引起了負責登記計程車卒陳大柱的注意。那幾人自稱從山東來，說話卻帶著明顯的遼東口音。陳大柱多了個心眼，又問他是山東哪個縣的，他支支吾吾半天，說是什麼“壽光縣”。陳大柱笑了——他就是壽光縣人，那地方的口音，他聽了一輩子，絕不是這個味兒。
這幾人被帶到一邊由劉汝魁親自盤問。越問越是破綻百出，讓人懷疑。劉汝魁揮手讓守衛的大順軍士卒將他們拿下，關押起來。先是嚴刑拷打，後是威逼利誘。
不到半個時辰，他們就招了：自己是清軍派來的細作，奉命混入流民中打探大順軍虛實，像他這樣混進來的，還有一百多人。
這下炸了鍋。高一功下令徹查，里甲編制正好派上了大用場。各里長甲首拿著花名冊逐一核對，陌生的、對不上號的、行蹤可疑的，一一揪出來。前後三天，共拿獲清軍細作一百三十七人。經高一功親自審訊，供認不諱，當即押到城外公開處斬。
