同時，泉州水師也重視對澎湖、琉球等沿海島嶼的控制。
增兵駐守已有的巡檢寨，修建烽燧，將其建設成為監視東海、預警來敵的前哨基地。
趙汝固還鼓勵熟悉南洋航線的老船主、水手，提供關於占城、真臘、三佛齊乃至天竺、大食等地航道、港口、風向水情的知識，並繪製成圖，以備將來可能需要保護遠洋商路，或追擊敵船之用。
廣州，嶺南巨鎮，通往南海、西洋的門戶。
廣州的任務相較於明州、泉州，又多了一重：撫慰蕃夷，穩定南海。
廣州是距離南洋諸國最近的中華大港，與占城、真臘、三佛齊、闍婆（爪哇）、乃至印度、阿拉伯地區貿易往來極其密切。
此地水師的強弱，直接關係到宋朝在南海的威望與利益。
經略使方大宗是位文武雙全、熟悉夷情的老臣。他深知，廣州水師不僅是一支武裝力量，更是帝國在南海的“臉面”與“手腕”。
他到任後，一邊參照張俊的條令整頓水師，汰弱留強，修造戰船，特別是在珠江口及各出海水道加強防禦，修建炮臺、營壘；另一邊，則積極開展“海上外交”。
方大宗以朝廷名義，接見、宴請常駐廣州的各國蕃商首領、使節，重申大宋對南海貿易的庇護政策，並透露朝廷整軍經武、確保海路暢通的決心，以安定蕃商之心，防止他們因恐慌而轉投他處貿易。
同時，他也暗中警告那些與蒙古控制區有過密來往的商團，劃清界限。
針對南海水域遼闊、島嶼星羅棋佈、海盜時有出沒的特點，廣州水師強化了快速反應與遠洋巡航能力。
建造和裝備了大量適合南海航行的“廣船”，這種船型頭尖體長，吃水較深，帆面大，適航性好，速度較快。
以“廣船”為骨幹，組成數支分艦隊，定期巡弋瓊州（海南）、廉州（廣西合浦）、以至更南的七洲洋（西沙群島）等傳統航線與重要海域，清剿海盜，救護遇難商船，展示存在。
方大宗還特別注意利用嶺南本地特有的“蜑戶”（水上居民）。
蜑戶世代以舟為家，精通水性，熟悉沿海每一處暗礁、水道。
方大宗招募其中勇健者，編為“蜑兵”，給予軍籍，配備小型戰船，負責近岸偵察、緝私、引導等任務，成為廣州水師極有價值的輔助力量。
在張俊的遙控與三大基地主官的戮力經營下，明州、泉州、廣州，如同三顆巨大的鉚釘，牢牢釘在帝國漫長海岸線的關鍵位置。
它們之間，透過驛傳和海船，保持著密切的資訊溝通與協調。
張俊要求，三大水師需定期舉行聯合操演，熟悉彼此的旗號、戰術，以便在必要時能協同作戰。
港口內，新下水的戰船泛著桐油與木材的清香；船塢中，錘鑿叮噹，工匠們正在為舊船加裝護板、炮位；校場上，新募的水卒在軍官的呵斥下練習操舟、射弩、跳幫；高高的烽燧上，哨兵警惕地注視著海天相接之處；市舶司前，等待查驗的商船排成長列，秩序雖然緩慢，卻有條不紊。
戰爭的氣息，已經從北方的草原、西部的關山，瀰漫到了這曾經帆檣如林、商賈雲集的東南海疆。
往日的繁華與喧囂之下，是日益繃緊的弓弦與出鞘的刀鋒。
三大水師基地的強化，不僅是為了防禦可能來自海上的直接攻擊，更是為了確保帝國在陸戰陷入僵持或困境時，南方的財富之源、貿易命脈不至於被切斷，為這場曠日持久的國運之戰，保留最根本的元氣與後勁。
張俊、趙汝固、方大宗，這些執掌帝國海上命脈的重臣，正以各自的方式，在萬里海疆之上，構築另一道看不見的、卻同樣至關重要的防線。
