當太子趙瑋在臨安為前線糧餉絞盡腦汁時，數千裡外的秦州，乃至整個新收復的秦隴及河西東部地區，一場與軍事行動同樣重要、甚至更為複雜的戰役——安撫百姓，穩定後方——也在吳玠的主持下，緊鑼密鼓地展開。
這場戰役沒有震天的殺聲，卻關乎人心向背，關乎新附之地能否真正成為帝國穩固的疆土，而非隨時可能失去的軍事佔領區。
吳玠深諳“馬上得天下，安能馬上治之”的道理。
軍事上的輝煌勝利，只是打開了局面；要真正消化這片闊別中原近百年的土地，需要的是耐心、智慧，以及一系列切合實際、細緻入微的安撫與治理措施。
他坐鎮秦州，以成立的“隴右都護府”為中樞，發號施令，其安撫政策大致圍繞以下幾個方面展開：
一、宣諭德意，廢除苛政。
吳玠以“大宋皇帝特使、川陝宣撫使、權知隴右都護事”的名義，向新附各州縣、堡寨、部落，廣泛釋出安民告示。
告示以漢、西夏文（党項文）、甚至簡單的吐蕃符號書寫，派員四處張貼、宣讀。內容核心是：王師弔民伐罪，驅逐暴虜；既往不咎，各安生業；廢除蒙古及先前割據勢力的一切額外苛捐雜稅、非法徭役；恢復宋朝年號、正朔；減免當年稅賦；承認民間現有土地、財產權屬，官府予以保護。
此令一齣，如春風化雨，迅速安定了惶惶人心。
許多在蒙古統治下不堪重負的百姓，尤其是漢民和已一定程度漢化的党項、羌人，聞之涕下，對“王師”的認同感大大增強。
對於原西夏、金國留下的基層官吏，只要沒有重大惡行，願意歸附，吳玠也多予留用，甚至原職錄用，以保持行政運轉的連續性，避免出現權力真空和社會動盪。
二、賑濟災荒，招撫流亡。
秦隴地區久經戰亂，民生凋敝，又恰逢冬春之交，青黃不接，饑荒頻發。
吳玠下令，從軍糧中撥出一部分，又在當地富戶中勸募，設立“粥廠”、“義倉”，賑濟孤寡老弱、受災饑民。
同時，嚴格執行之前頒佈的《招撫流亡令》，派員深入山野鄉村，招攬因戰亂逃散的百姓回鄉，並提供種子、農具、口糧，幫助他們恢復生產。
對於歸附的吐蕃、羌人部落，也酌情給予糧食、布匹、茶葉接濟，助其渡過春荒，彰顯“天朝”仁德。
三、興修水利，勸課農桑。
“無農不穩”。
吳玠深知，要讓百姓真正紮根，必須讓他們有地可種，有糧可收。
他委任楊從義兼領“隴右營田使”，不僅負責軍屯，也統籌民屯和民間農業恢復。
組織兵民，修復因戰亂廢棄的渠道、陂塘，如秦州附近的渭水渠、蘭州的黃河水車等。
推廣代田、區種等較為先進的耕作技術。
將無主荒地、官田，分給流民和少地農民，並規定新墾荒地三年不徵賦稅。
鼓勵種植桑麻，發展紡織，以解決穿衣問題。
這些措施，雖然見效慢，卻是穩固統治的根基。
四、整頓治安，剿撫盜匪。
戰亂之後，盜賊蜂起，既有潰散的亂兵，也有趁火打劫的匪徒，嚴重危害地方安寧。
吳玠在駐軍維持大局的同時，下令各州縣組建鄉兵、保甲，配合官軍，清剿匪患。
