勸課農桑的政令如同春風，旨在復甦帝國的經濟命脈。
但趙瑋和趙構都深知，若執行政令的官僚體系本身腐壞叢生，那麼再好的春風，也吹不綠滿是蠹蟲的朽木。
巡視倉廩時發現的巨大虧空，辦理撫卹時聽聞的剋扣傳聞，乃至日常政務中接觸到的種種推諉、低效、乃至欺上瞞下的跡象，都讓趙瑋深刻認識到，吏治不清，萬事難成。
尤其是在戰時，效率與廉潔，直接關係到前線勝負與後方穩定。
因此，在推動經濟民生政策的同時，一場由太子主導、皇帝默許甚至推動的吏治整頓風暴，開始在朝堂內外颳起。
這場整頓，並非漫無目的的清洗，而是有著清晰的指向和策略。
趙構來自後世，對官僚體系的痼疾有著更清醒的認識。
他告訴趙瑋：“吏治之弊，其要有三：一曰貪墨，損公肥私，蛀蝕國本；二曰庸惰，推諉塞責，尸位素餐；三曰朋比，結黨營私，欺上瞞下。
今當以懲治貪墨為突破口，震懾庸惰，抑制朋比。
然需有章法，抓大放小，重證據，講策略，不可擴大化，動搖國本。”
趙瑋心領神會。
他首先從核查軍需、糧餉、撫卹發放入手，這是目前最能發現問題的領域，也最關乎前線軍心。
他強化了之前派出的審計監察小組的職權，不僅核查前線接收情況，更溯流而上，嚴查從中央戶部、度支，到各路轉運司、州縣倉庫，直至發放到士兵或家屬手中的每一個環節。
很快，一批蛀蟲浮出水面。
有戶部度支司的小吏，利用職權，在撥付軍餉時以次充好，將足色銅錢換成劣錢，或剋扣成色，從中牟取暴利。
有漕運司的官員，與糧商勾結，在運輸途中盜賣官糧，然後以沙石充數，或謊報損耗。
有地方州縣官，在發放陣亡將士撫卹時，層層盤剝，拖延發放，甚至將撫卹銀兩借貸出去收取利息。
更有甚者，在辦理“勸課農桑”的種子貸、耕牛貸時，向農民索取賄賂，或與豪強勾結，侵吞貸款。
趙瑋對此類案件，一律採取從嚴、從快、公開處理的原則。
一旦查實，無論官職大小，背景如何，一律嚴懲。
主犯通常處斬，家產抄沒充公，家人或流放或為奴。
從犯視情節，或流放邊遠，或革職永不敘用，或杖責、罰俸。
趙瑋特別強調，追繳贓款，補償損失。
抄沒的家產，優先用於填補虧空、補償被剋扣計程車兵或百姓。
他不僅懲治執行層的小吏，也追究上司的失察之責。
好幾個四品、五品的知府、知州，因對下屬貪墨知情不報、或監管不力，被革職查辦，貶謫邊遠。
此舉極大地震懾了中層官員，促使他們不得不收緊對下屬的管控。
