次日清晨，馬援便帶著四名助手，數輛滿載物資的馬車，在一隊天工院護衛的陪同下，離開咸陽，直奔疫情最重的涇陽縣。
抵達疫區，景象觸目驚心。村莊蕭條，田間罕見人影，空氣中瀰漫著淡淡的腐敗與草藥混合的怪異氣味。
不時可見農戶院中倒斃的耕牛，有些尚未斷氣，躺在泥濘中哀鳴。
當地吏員與太僕派來的獸醫，個個愁眉苦臉，疲於奔命。
馬援不顧旅途勞頓，立刻投入工作。
他首先要求當地縣令，嚴格執行隔離措施：將已出現疫情的村莊劃為“疫區”，嚴控出入；病牛立即隔離，與健康牛群分開；死牛屍體由專人負責，運至遠離水源、村莊的偏僻處深埋，並撒上石灰；所有接觸過病牛的人員，需用烈酒洗手、更衣，並觀察數日。
隨後，他帶著助手，穿上簡易防護，親自查驗病牛。
他仔細檢查病牛的口鼻、眼睛、蹄部，觸控體表溫度，觀察排洩物，甚至冒險採集了少量病牛的口涎、血液樣本。
其嚴謹、專業、且無畏的態度，讓原本有些輕視這位“馬醫”的當地吏員和太僕獸醫，肅然起敬。
結合症狀觀察與自己對隴西“牛瘟”的記憶，馬援初步判斷，此疫很可能是某種烈性、可透過接觸與飛沫傳播的畜疫。
他決定雙管齊下：一是沿用並改良當年羌人的草藥方，以內服外敷，嘗試治療已發病的牛隻，延緩死亡，減輕痛苦；二是利用天工院提供的“烈酒”和幾種具有強烈氣味的草藥，配製“消毒藥水”和“燻煙”，對牛舍、器具、乃至村莊道路進行大面積噴灑、燻蒸，殺滅“毒氣”，切斷傳播途徑。
治療方面，馬援根據關中本地藥草種類，調整了羌人藥方，以清熱、解毒、強心為主。
他親自帶人上山採藥，指揮助手煎煮，並親自為病牛灌服、敷藥。
有些病牛病情過重，灌服艱難，他便設法用竹管從鼻孔匯入。
其耐心與細緻，令人動容。
防疫方面，他制定了嚴格的規程。要求各村每日用“消毒藥水”噴灑牛舍、院落；在村莊出入口設定“消毒池”；村民進出需用烈酒淨手；更組織人力，收集大量艾草、蒼朮等，在村莊四周及牛舍內定時燻煙。
這些措施，雖然原始，但在當時的認知條件下，已是能做到的極致。
起初，效果並不明顯，病牛仍在死亡，疫情似乎仍在擴散。當地一些愚昧村民甚至開始謠傳，這是“天譴”，或指責馬援的“怪法”惹怒了牛神。
馬援不為所動，頂住壓力，堅持執行。
他深知，疫病控制需要時間，阻斷傳播比治療已病者更為關鍵。
蕭何在咸陽，透過每日快馬傳遞的簡報，密切關注著疫區情況，並隨時調配馬援所需的任何物資。
秦風也數次去信，給予馬援堅定的支援。
堅持了十餘日後，轉機終於出現。首先是在嚴格執行隔離、消毒措施的村莊，新發疫病的牛隻開始減少。
接著，一些症狀較輕、經馬援藥方治療的病牛，病情開始穩定，甚至有幾頭出現了好轉的跡象，退燒，食慾漸復。
雖然重症者仍難免一死，但死亡率開始明顯下降。
訊息傳開，絕望中的農戶們看到了希望，對馬援的態度從懷疑、牴觸，轉變為感激、信賴。
他們開始積極配合各項防疫措施，主動上報疫情，協助處理死牛。太僕的獸醫也虛心向馬援請教，學習其防治方法。
又過半月，疫情最嚴重的涇陽縣，率先實現了新增病例的零報告。
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