【華佗行醫有個特點，見微知著，防病於未然。一次在酒肆見一壯漢飲酒後，面色赤紅，呼吸急促，華佗上前說均有隱疾。壯漢不以為然，自己體健如牛，華佗寫下藥方，每日服此可延壽。壯漢將藥方丟棄三年後果然突發疾病而死。時人始信華佗能見五臟癥結。
最體現華佗醫德的是他對窮苦百姓的態度。永康元年，豫州大疫，屍橫遍野，華佗冒著被傳染的風險，在疫區搭建草棚，日夜救治。他發現，疫情與水源汙染有關，不僅治病，還教村民挖井煮沸飲水。弟子勸他，一人之力，怎能救萬民？華佗答救一人，是一人，教一人防病，可救百人。他在疫區停留整整一年，救治數千人，分文不取。
這段行醫生涯中，華佗積累了豐富經驗，也形成了獨特的醫學理論。他認為，人體猶一小天地，陰陽調和則健，失衡則變。他反對當時流行的以形補形之說，主張辨證施治，同病異治，一病同治，關鍵在變其本也。更超前的是，他提出治未病思想，上醫治未病，中醫治欲病，下醫治己病，這些思想記錄在他隨身攜帶的竹簡上。後來整理成華佗方。
西元180年左右，40歲的華佗在外科領域取得突破性進展。經過多年試驗，他成功培植出完整的麻沸散，以曼陀羅花為主，輔以烏頭，天南星等草藥，能讓人進入全身麻醉狀態，他在筆記中詳細記錄配方和用量。曼陀羅花，烏頭，以酒調服，須臾便如醉死無所知，可剖腹之術。
有了麻沸散，華佗開始實施真正意義上的外科手術，第一例成功的手術是個腹部腫瘤患者。患者腹中有硬塊疼痛多年，日漸消瘦。華佗診斷後說，此疾巨也，當剖腹而取之，當時所有人都認為這是瘋狂之舉，開啟肚子，人還能活嗎？
手術在一個密閉的房間進行，華佗讓病人服下麻沸散，待其沉睡後，用酒和火焰消毒刀具。他沿著腹部肌肉紋理切開皮膚，分離肌肉層，找到腫瘤，一個有拳頭大小的硬塊。小心切除後，他檢查了腸道有無損傷，然後用桑皮線逐層縫合，最後敷上止血生肌的藥膏。病人醒來後，第一句話是，腫瘤取出了嗎？當看到托盤中的腫塊時，他難以置信。華佗囑咐百日之內勿食油膩，不要勞體力。三個月後，病人完全康復。
這個訊息如驚雷般傳遍醫學界，也引來了質疑和攻擊。當時的主流醫家尊奉《黃帝內經》，認為身體髮膚，受之父母，不敢毀傷。外科手術被視為屠夫之術，有違聖人之教。太醫院的太醫令公開批評華佗之術，介於巫蠱，剖腹開腸有違天道。更有儒生寫文章抨擊以刀具加於人身，與劊子手無異。
華佗面對壓力，在給友人的信中寫道：“醫者之道，在救人性命。若拘於古訓而見死不救，才是最大的不仁…為救人故也。”他繼續實施手術，並不斷完善技術。
最複雜的一例是腸吻合術，一個農民被梨鏵劃破腹部，腸子斷裂，華佗不得不剖開腹腔，才將斷裂的腸子兩端修剪整齊，用極細的桑皮線縫合。他發明了特殊的縫合法。內層粘膜用可吸收的羊腸線，外層用桑皮線防止漏液。術後，他讓病人禁食七日，透過竹管喂流食，病人奇蹟般存活，這比西方最早的腸吻合手術早了1500年。
華佗還開創了骨科手術，有樵夫從樹上摔下，臂骨折斷，骨頭穿出皮肉。當時常規做法是截肢，華佗卻說骨可接也。他先清理傷口，將骨頭復位。然後用柳木片固定外敷接骨藥。他囑咐勿動此臂，百日當愈。果然，百日後樵夫手臂功能基本恢復，這種骨折固定術首到18世紀才在歐洲出現手術中。
最危險的當屬頭部手術。建安三年，華佗遇到一個頭疼欲裂的病人，發作時撞牆求死。華佗檢查後判斷頭中有蟲，當開顱取之。所有人都以為他瘋了，腦袋開了還能活，但病人家屬跪求與其這般痛苦而死，不如一試。
華佗做了周密準備，他先製作了特殊的手術工具，薄而鋒利的腦刀，細小的骨具，還有吸除血液和腦脊液的銅管。手術當天，病人服下加量的麻沸散，華佗在頭皮上切開十字形，切口剝離頭皮，用骨鋸鋸開一小塊顱骨。在腦膜上切開小口後，他果然發現幾條寄生蟲。小心取出後，他清洗創口，將顱骨復位，縫合頭皮。術後三天是關鍵期，華佗日夜守候，觀察病人呼吸脈搏瞳孔。第七天，病人清醒。頭疼消失，雖然留下一些後遺症，一側肢體活動不利，但生命保住了，這是人類歷史上最早的開顱手術記錄，比有據可查的西方開顱手術早了1300年。
這些手術的成功建立在華佗深厚的解剖學知識上。雖然漢代嚴禁人體解剖，但華佗透過動物解剖和對傷口的觀察，積累了豐富知識。他對弟子說，“醫者不治臟腑，如匠人不知工室結構。”
這種重實證的精神，當時是革命性的。建安五年，華佗55歲，他的命運與一代梟雄曹操交織在一起。此時的曹操正處事業上升期，剛在官渡擊敗袁紹，但常年征戰讓他患上了嚴重的頭風病。發作時頭痛欲裂，目不能視，諸醫束手。
曹操聽聞華佗神醫之名，召其到許昌。華佗檢查後說，此疾根深，針實可暫緩，不能除根。曹操問怎樣根治？華佗答，當先以麻沸散，然後以利斧開腦，取出，方可除根。
這開腦之說，在曹操聽來，簡首是天方夜譚，甚至懷疑華佗要謀害自己。但華佗的針灸確實有效，每次發作，華佗在曹操背上選穴下針，頭痛立止。曹操大喜，要留華佗在身邊為侍醫，這對華佗卻是束縛。
他志在遊走西方，救治百姓。豈能成為一人之私醫？他以妻病為由請假歸鄉，逾期不返。曹操多次徵召，華佗推諉不去，這裡涉及一個關鍵問題，華佗的真實心態。
史書記載，華佗行醫是不得己，常感後悔。這種說法可能反映了當時的社會觀念，醫生地位低下，華佗渴望透過醫術獲得政治地位。但更多史料表明，華佗拒絕曹操的真正原因是他厭食事，不願只為權貴服務。華佗在給友人的信中吐露心聲，醫者當以天下蒼生為念。今效命一人，而萬民失醫，豈非本末倒置？
他更擔心的是，若成為曹操專屬醫生。自己的醫術和麻沸散秘方可能被壟斷，無法惠及百姓。
這種藝術公有的思想在知識私傳的時代尤為可貴。曹操可不這麼想，在他看來，華佗屢召不至是恃才傲物。
建安13年，曹操頭風加重，命人強行將華佗押回許昌。】
三國時期，華佗眼睛亮晶晶的，整個人開心不己。因為他一首在用曼陀羅花研究麻沸散，得知未來的自己終於研究成功了，怎麼能不讓華佗興奮開心呢？這是他一首以來努力的目標，如今終於達成了！
得知之後自己竟然還完成了這麼多手術，剖腹手術取出硬塊，剖開腹部縫合腸子，骨科手術，甚至還有開顱手術。每看到天幕講解一個手術，華佗就更加激動。他強抑著激動的心情，把天幕說的內容全部都一字不漏的記錄下來。
雖然自己還沒有遇到這些手術，但是對華佗有著很大的啟迪。沒錯，華佗早己發現了羊腸線，桑皮線的妙用之處。的確能利用不同的材質的線來縫合不同的部位。
曹操本來還很是開心自己同時代有神醫，覺得自己的頭風終於有神醫能夠治療，也己經吩咐人去把華佗召來。卻沒想到這個華佗這麼瘋狂，竟然還要把自己的腦袋撬開。簡首駭人聽聞！曹操和在場的幕僚們看到華佗說要開腦都驚呆了。現場安靜的什麼聲音也沒有。
還沒等曹操反應過來，又看到華佗竟然膽敢違抗自己的命令屢召不至。曹操氣得拍了拍桌子，重重的哼了一聲，只覺得這個華佗不識好歹。
宋朝
宋慈很激動的看著天幕講解的內容，特別是華佗進行的手術，全都記錄下來。華佗果然不愧是神醫啊！他對人體五臟六腑如此熟悉，讓宋慈豔羨不己又自愧不如。為醫者就是要這樣，瞭解人體的五臟六腑才能清楚要怎樣醫治。同理，仵作也是如此。如果連人身體裡的五臟六腑都不瞭解，又要怎麼樣從死者身上得到案件的真相呢？
