【這次見面充滿火藥味。曹操問汝能與吾治否？華佗如實相告，大王頭風是腦中有疾，非針藥能及，需開顱手術。曹操冷笑欲天下欲開吾頭者多矣。他認為，華佗要麼是庸醫騙術，要麼是受人指使，要害自己。加上華佗再次請求回家，曹操終於暴怒下令將華佗下獄，獄中的華佗自知難逃一死。他唯一牽掛的是畢生醫術的傳承。他請求獄吏傳下醫書，可活萬人。獄吏懼怕曹操不敢應允。
華佗仰天長嘆，“天不欲存此術也！”他將隨身攜帶的醫書投入火盆，火焰吞噬了無數病例記錄，手術心得，藥方秘法。
但也有傳說華佗將最重要的《青囊書》交給一位善良的獄卒。此書後來失傳，成為中醫史上最大的遺憾之一。臨刑前，華佗異常平靜，他對來探望的弟子吳普說，我所創五禽戲當廣傳於人，麻沸散方己授樊阿。外科之術爾等己學其八。唯開顱剖心之術太過兇險，不可輕傳。他最後囑咐醫者父母心，勿分貴賤，醫術勿藏私利。
建安13年冬，華佗被處死於許昌，時年63歲。據說行刑當天天降大雪，許多受過他救治的百姓自發聚集刑場外呼聲震天。華佗死後，曹操頭風未愈，後來其子病重時，曹操悔嘆勿悔殺華佗。但大錯己鑄，無法挽回。
華佗雖死，但他的醫學思想和記憶透過弟子傳承下來，他有三大著名弟子，吳普，樊阿，李當之各得真傳。吳普繼承華佗的養生醫學，著有《吳普本草》，將華佗的治未病思想發揚光大。他活到90餘歲，耳聰目明，齒牙頑堅。有人問他長壽秘訣，他答，鮮食壽五禽戲曰人體育得勞動，但不當使極耳。動搖則谷氣得消，血脈流通並不得生。五禽戲模仿虎鹿熊猿鳥的動作導引術，成為中醫養生學的瑰寶。
樊阿得傳針灸絕技，尤其擅長生死療法。華佗曾教他對於穴可刺寸半，此華佗法也。當時醫家慈悲，不過此分，樊阿卻敢刺入1寸半，治癒許多頑疾。他還繼承了華佗的外科知識，但亂世之中，開腹開顱手術己無人敢做，技術逐漸失傳。
李當之精研藥學，整理華佗的方劑，著有《李當之藥錄》《李當之本草經》等。華佗的麻沸散配方，據說透過他秘密流傳。但之後醫家因缺乏外科實踐，主要將其用於鎮痛，失去了手術麻醉的本來用途。
華佗真正的遺產體現在幾個方面。第一，外科醫學的啟蒙。雖然他的手術技術大多失傳，但外科可治內急的理念被後人繼承。唐代孫思邈在《千金要方》中記載，華佗的腸吻合術發展出得更完善。明代陳實功主外科正宗，系統總結中醫外科，其源頭可追溯至華佗麻醉學的開創，
麻沸散的失傳是世界醫學的重大損失。但華佗證明了全身麻醉的可行性，首到19世紀40年代，美國牙醫莫頓才重新發現乙醚麻醉，比華佗晚了1600年。
現代學者研究發現，曼陀羅花確實還有東莨菪鹼等麻醉成分，華佗的配方具有科學依據。
第三，預防醫學的先生五禽戲開創了醫療體育的先河。華佗說，戶樞不蠹，流水不腐。強調運動對健康的重要性。這與現代生命在於運動的理念完全一致。第西，醫德醫風的典範。華佗醫不分貴賤，術不藏私利的精神成為後世醫家的楷模。唐代，孫思邈倡導的大醫當安神定志，無慾無求，正是華佗醫德的繼承。
特別值得深思的是，華佗的醫學方法論，它既重經驗積累行醫40年，足跡遍及中原，病例無數。又重理論思考，提出辯證施治，治未病等思想，更重技術創新，敢於突破禁區，開展外科手術。這種臨床理論技術三位一體的醫學體系，在當時是超前的。
華佗死後，關於他的傳說越來越多。真實與虛構交織，最大的謎團是其著作的下落。有說獄卒之妻焚書，只餘閹雞，閹豬之術。有說華佗將書藏於某處，等待有緣人。有說此書被曹操所得，因涉及開顱術而密藏。明代小說《三國演義》更是繪聲繪色描寫華佗為關羽刮骨療毒，華佗形象進一步神化。
現代學者對華佗的研究既有肯定，也有質疑。】
天幕講述到華佗被處死的時候，密密麻麻的彈幕都是在指責曹操，說他亂殺人。
曹老闆殺其他人都算了，偏偏把這麼重要的華佗給殺了，麻沸散都失傳了，心痛呀。
所以曹操就是個殺人狂魔，把自己的醫生都給殺了，怎麼還有這麼多人喜歡他？
曹操後面都後悔了，但後悔有啥用，人都被你給殺了。
早知道就做手術就得了。有華佗可以做手術，還有啥擔心的，那可是華佗哎。如果現在有華佗可以做手術，能從北京排隊繞地球三圈。
還有關注點奇特的，原來華佗沒有給關羽刮骨療傷嗎？
三國時期
華佗得知自己的死訊，倒沒有太驚訝的。因為他知道自己並不願意只成為君主，貴族的私人醫生。他清楚自己肯定會反抗，這樣一來，必定會惹怒曹操，被處死是肯定的。
最讓華佗痛心的是自己的著作和麻沸散配方並沒有流傳下來，他仰天長嘆，自己積攢多年的臨床手術經驗和醫學病歷全部付諸東流，實在是太可惜，太讓他痛心不己了！
他要吸取教訓，因此他決定，他暫時不再去出外行醫，留出充分的時間撰寫著作。然後再要弟子們幫忙。每個弟子他都要留一份，他就不相信了，這樣都流傳不下來！
不過最後讓華佗覺得有一絲欣慰的是，看到自己的弟子的養生之術，壽命足夠長，倒是讓他老懷安慰。希望弟子們把養生之術能廣傳於人，讓更多的人也能長命百歲。
曹操
曹操本來很是生氣，華佗竟然敢違命於自己對5人們紛紛選擇強烈譴責曹操殺了神醫華佗，讓後世麻沸散配方失傳，還有華佗的醫書失傳，這在後人看來簡首罪大惡極。曹操那口怒氣就不敢再爆發出來了。後人罵的可真厲害，行吧，看來這醫者還是不能隨便殺的，特別是神醫。難道自己真的要把腦讓華佗給自己做開顱手術？想到這裡，曹操又猶豫又擔心。
宋朝
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