《漢書譯文志》記載有扁鵲內經九卷，外經12卷。雖然這些書後來失傳，但透過其他典籍的引述，我們仍能窺見其思想光輝。關於扁鵲之死，歷史留下了悲壯的記錄，也留下了重重謎團。
據《史記戰國策》記載，扁鵲晚年入秦，秦武王腰傷，太醫令李醯治療無效，扁鵲用針灸治癒。武王要封扁鵲為太醫令，李醯深感恐懼，不僅因為職位被奪，更因為扁鵲的醫術遠高於他。對比之下，顯出自己的無能。李醯派人暗中調查扁鵲，發現他年輕時曾為趙簡子治病，又救過虢太子。在齊國預言齊侯這些事蹟在秦國民間廣為傳頌。李醯向秦王進讒言扁鵲遊走列國名為行醫，是為間諜，且他用針石之術常有失誤，萬一傷及大王。秦王將信將疑。
此時，扁鵲正準備離開秦國，前往他國。李醯擔心扁鵲到別國受重用，更顯自己無能，於是派出刺客。在扁鵲離開咸陽，途經驪山山谷時，刺客扮作強盜劫殺。據傳，扁鵲臨死前對刺客說，殺我一人醫術不滅，但天下將少一救人者。終年，約70歲。
這個悲劇有深刻的歷史背景。戰國時期，各國對人才既渴望又防範。醫者遊走列國確實可能傳遞情報，更重要的是太醫令不僅是醫官，更是政治職位。扁鵲的醫術高超又不諳政治鬥爭，最終成為犧牲品。
扁鵲之死引發了兩個歷史謎團，第一，扁鵲到底是誰？從時間跨度看，《史記》記載的扁鵲活動，從趙簡子到秦武王，跨度200餘年，這顯然不可能是一個人。因此，學術界有幾種觀點，一是扁鵲確有其人，但事蹟被附會了其他醫家的故事。二是扁鵲是一個醫學流派的代稱。幾代傳人都用這個名號。三是扁鵲如同古希臘的希波克拉底成為理想醫者的象徵。後世把許多醫學成就都歸於他名下。
第二，扁鵲的著作在哪？《漢書》記載的扁鵲醫書在東漢後就失傳了，但一九七三年長沙馬王堆漢墓出土的帛書，有扁鵲曰的隱門。一九八三年，張家山漢墓出土的《脈書》也有扁鵲學派的痕跡。這說明扁鵲醫書在西漢仍流傳。可能在戰亂中散佚。
也有學者認為，《黃帝內經》中很多思想實際來自扁鵲學派，只是託名黃帝以增權威，扁鵲的死亡象徵著一個時代的困境。專制王權下，高超的技藝可能招致殺身之禍。在政治鬥爭前，純粹的醫者難以自保。李醯後來在醫學史上留下惡名，但悲劇的根源是制度性的。
當醫學被政治捆綁，醫者的命運就不再由醫術決定。扁鵲去世了，但他的醫學精神穿越2400年，依然熠熠生輝。在現代中醫院校學生學習望聞問切時，會提到扁鵲望齊侯之色的典故，學習脈診時會背誦，讀取寸口由扁鵲史。學習針灸時會知道扁鵲救虢太子，這些不僅僅是歷史知識，更是醫學傳統的源頭活水。
扁鵲的治未病思想在21世紀煥發新生。世界衛生組織提出預防為主的醫療方針。中國推行健康中國2030規劃，其核心就是扁鵲所說的治未病。現代體檢中的早期篩查，健康管理中的風險評估，都是見微知著思想的現代版。
在醫學倫理領域，扁鵲的六不治原則仍有現實意義。特別是信巫不信醫者不治。在當今某些地區，仍有針對性。當患者盲目相信偏方，拒絕科學治療時。醫生面臨的困境與扁鵲相似。
更深刻的是，扁鵲的理性精神。有趣的是扁鵲的國際影響也在擴大。20世紀70年代，美國記者詹姆斯雷斯頓在北京闌尾炎手術後用針灸止痛。後來發表文章引發西方針灸熱。很多西方人透過針灸知道了扁鵲，如今全球有數萬中醫診所，扁鵲像常被懸掛在診室，成為中醫的象徵。
在中國民間，扁鵲被尊為醫神。人們祈求健康。這些傳說雖然是神話，但反映了百姓對良醫的永恆懷念。
站在醫學史的角度，回望扁鵲的偉大，在於他完成了醫學的第一次轉型。從巫到醫，從神秘到理性，從零散經驗到系統理論，他可能不是所有這些成就的唯一創造者，但他是集大成者和象徵符號。
當我們今天當醫生用聽診器仔細傾聽時，公共衛生宣傳早發現早治療時扁鵲的精神就在那裡。他彷彿醫學史上的普羅米修斯，從神秘的天界盜取理性的火種，照亮了人類認識自身對抗疾病的漫漫長路。
2400年過去了。這位在迷霧中開闢道路，在矇昧中點亮理性，在平凡中創造奇蹟的醫者，依然用他的故事告訴我們，醫學的真正力量不在於神奇秘術，而在於對生命的深刻理解。】
春秋戰國
秦武王嬴蕩讓人把太醫令李醯召來。沒想到他是這麼卑鄙的小人吶，僅僅由於自己技不如人，醫學技藝沒有扁鵲厲害，就暗中向自己進讒言，乃至使得這個世間少了一個神醫。這不僅對天下人，而且對秦武王自己來說也是一個巨大的損失。李醯這個太醫令肯定是做到頭了，另外，秦武王還命人開始進行對李醯的調查。李醯這個人這麼心胸狹窄，嫉妒有才之人，在扁鵲之前肯定早己害過不少比他厲害的醫者。自己可要調查清楚，不能讓這些人才白白被埋沒了。
西漢
劉徹注意到，長沙馬王堆漢墓，張家山漢墓。後人怎麼這麼瘋狂的挖掘別人的墓穴，他越來越擔心自己的茂陵了。
東漢
張仲景從來沒有想過扁鵲會有可能不是一個人，而是一個醫學流派。後人的心思可真的很是別緻。像張仲景這樣的醫生，從來都是把扁鵲當神醫來敬仰的，且也是很多醫家學習的榜樣。原來還可能是一個醫學流派。只可惜，扁鵲的醫學著作在戰亂中散佚了，真的是醫學界的巨大損失。
這就讓張仲景更加下定決心，要好好把自己正在編撰的書認真寫好，把這些寶貴的經驗案例和藥方流傳下去。因為每一本醫書，每一個醫學理論，每一個藥方都是經歷了多次試驗才得到的成果。醫書失傳無論是對於百姓們來說，還是醫家來說，都是巨大的遺憾和損失。
