譙王司馬尚之在牛渚大敗庾楷，庾楷單人匹馬投奔桓玄。司馬道子任命司馬尚之為豫州刺史。
司馬尚之弟弟司馬恢之為驃騎司馬、丹楊尹，司馬允之為吳國內史，司馬休之為襄城太守，各自手握兵馬，作為司馬道子外援。乙巳日，桓玄在白石大敗朝廷軍隊。
桓玄與楊佺期進軍橫江，司馬尚之潰退，司馬恢之統領水軍全軍覆沒。
丙午日，司馬道子駐守中堂，司馬元顯鎮守石頭城；己酉日，王珣駐守北郊，謝琰屯兵宣陽門，嚴密佈防。
王恭一向憑藉家世才學盛氣凌人。誅殺王國寶之後，自以為權威無人能擋。依靠劉牢之充當爪牙，卻只把他當作普通部將對待。劉牢之才華出眾，內心深感屈辱。
司馬元顯得知內情，派遣廬江太守高素遊說劉牢之反叛王恭，許諾事成之後把王恭的官職全部授予劉牢之；同時送上司馬道子書信，向劉牢之陳明禍福。
劉牢之對兒子劉敬宣說：“王恭蒙受先帝厚恩，身為國舅，不能輔佐王室，屢次發兵威逼京城。我無法判斷王恭最終目的，倘若叛亂成功，他願意臣服天子與會稽王嗎？我打算依靠朝廷威勢，順天意討伐叛逆，你認為如何？”
劉敬宣答道：“朝廷雖然比不上上古盛世，但也沒有昏君暴政；王恭依仗武力，欺凌皇室。您和王恭沒有血緣至親，君臣情誼本就淡薄，共事之時便心意不合。如今討伐他，談不上背棄情義。”
王恭參軍何澹之得知密謀，稟報王恭。
王恭因為何澹之素來和劉牢之有仇怨，不肯相信。於是擺設宴席宴請劉牢之，當眾和他結拜為兄弟，精銳兵器全部交由劉牢之統領，命劉牢之帶領帳下督顏延擔任先鋒。
劉牢之進軍竹裡，斬殺顏延，歸降朝廷；派遣劉敬宣與女婿東莞太守高雅之回軍突襲王恭。王恭正在城外閱兵，劉敬宣騎兵突然衝殺，王恭軍隊潰散。王恭打算退回城內，高雅之已經關閉城門。
王恭單人騎馬逃往曲阿，平日不善騎馬，大腿磨出傷口。曲阿人殷確是王恭舊屬，用船隻搭載王恭，準備投奔桓玄。走到長塘湖，遭到人告發，王恭被捕押送京城，在倪塘斬首。
臨刑之時，王恭依舊整理鬍鬚鬢髮，神色鎮定，對行刑之人說：“我錯在輕信他人，才落到這般下場。追溯本心，我難道不是忠於朝廷嗎！只求百年之後有人記得王恭這個人。”
王恭子弟與黨羽全部處死。朝廷任命劉牢之接替王恭，都督兗、青、冀、幽、並、徐、揚州晉陵諸軍事。
不久，楊佺期、桓玄抵達石頭城，殷仲堪進駐蕪湖。司馬元顯從竹裡火速趕回京城，派遣丹楊尹王愷徵調京城數萬百姓駐守石頭城抵禦敵軍。
楊佺期、桓玄上書為王恭申訴，要求誅殺劉牢之。劉牢之率領北府兵趕赴京城，駐紮新亭。
楊佺期、桓玄見到北府大軍，心生畏懼，撤軍駐守蔡洲。朝廷不清楚西部聯軍實力，殷仲堪數萬大軍逼近京城近郊，朝野極度恐慌。
左衛將軍桓修是桓衝之子，向司馬道子獻策：“西部聯軍可以離間瓦解，我清楚他們內部矛盾。殷仲堪、桓玄聯軍原本依靠王恭，王恭敗亡，眾人軍心動搖。
如今用厚利拉攏桓玄與楊佺期，二人必然心中歡喜；桓玄可以牽制殷仲堪，還能鼓動楊佺期倒戈攻打殷仲堪。”
司馬道子採納計策，任命桓玄為江州刺史。徵召郗恢入朝擔任尚書，任命楊佺期接替郗恢，都督梁、雍、秦三州軍務、雍州刺史。
任命桓修擔任荊州刺史，暫且帶領左衛兵馬赴任，命令劉牢之派遣一千士兵護送桓修。貶殷仲堪為廣州刺史，派遣殷仲堪叔父太常殷茂宣讀詔書，勒令殷仲堪撤軍。
殷仲堪接到貶官詔書勃然大怒，催促桓玄、楊佺期繼續進兵。桓玄、楊佺期十分滿意朝廷新任命，想要接受官職，遲疑不定。
殷仲堪得知，立刻從蕪湖向南撤軍，派人通告蔡洲駐軍：“你們如果不各自解散回家，我回到江陵之後，誅殺你們全部家屬。”
楊佺期部將劉系率領兩千人先行西撤。桓玄等人恐懼，慌忙向西退兵，追到尋陽追上殷仲堪。殷仲堪失去荊州職位，需要依靠桓玄、楊佺期支援；桓玄二人也需要殷仲堪兵力，雖然互相猜忌，形勢迫使他們聯合。
三方交換子弟為人質，壬午日，在尋陽結盟，一同拒絕朝廷詔令，聯名上書為王恭鳴冤，要求誅殺劉牢之與司馬尚之；同時申訴殷仲堪無罪，不該單獨遭到貶黜。
東晉朝廷十分忌憚聯軍，天下騷動。
東晉朝廷撤銷桓修荊州任命，把荊州歸還殷仲堪，頒佈溫和詔書安撫調停，殷仲堪等人這才接受詔令。御史中丞江績彈劾桓修一心謀求私利，誤導朝廷，朝廷下詔免去桓修官職。
當初，桓玄駐守荊州，行事驕橫放縱。殷仲堪親信全都勸說殷仲堪除掉桓玄，殷仲堪沒有聽從。
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