施琅受命之後，立即著手整頓水師。他深知欲練精兵，必先嚴明軍紀。
他召集全軍水師將領，宣佈訓令：“自今日起，凡水師將士，須遵守以下五條：
其一，晨起操練，不得懈怠；其二，戰船出入，須憑號令；其三，火炮弓弩，須勤加擦拭；其西，航行操舵，須反覆演練；其五，臨陣退縮者，立斬不赦！”
諸將凜然，無不遵從。
施琅又命人將戰船分門別類，大者為主力戰艦，中者為巡邏戰船，小者為哨探快艇，各司其職，互不混雜。
他又每日親臨校場，督率將士操練航海、掌舵、使帆、放炮、接舷之戰，無論風雨，從不間斷。
他對將士們道：“海上作戰，不同於陸地。風浪無常，敵情莫測。今日多操一舵、多練一炮，他日海戰中便多一分勝算。本藩不求你們一日成軍，但求船陣嫻熟，令行禁止。”
施琅自小生活在海邊，通曉水性，熟諳航海之術，尤精火器戰法。
他在鄭芝龍軍中時，便己嶄露頭角；後隨鄭成功征戰，屢獻奇策。
他曾對手下將領道：“水師之要，不在船多，而在船精；不在兵多，而在兵練。昔年鄭氏水師所以橫行海上，非船堅炮利，實乃將士用命、訓練有素。今本將承國姓爺之託，必使鄭家水師重現昔日雄風！”
他親自設計戰船陣法，以五艘為一伍，五伍為一隊，五隊為一營，層層節制，進退有度。
他教將士以旗號傳令，晝則升旗，夜則舉火，遠近可見，毫釐不差。他又教將士以火炮齊射之法，發炮須同時，落點須集中，方可破敵船堅甲。
數月之後，鄭軍水師面貌煥然一新。
將士們操舟如飛，放炮如神，進退有序，令行禁止。
陳輝觀之，讚歎道：“施將軍真乃水師奇才！末將操練水師多年，不及施將軍數月之功。”
訊息傳至廈門城中，鄭成功大喜，親往校場檢閱水師。但見戰船列陣，旌旗蔽日，將士們精神抖擻，士氣高昂。
他登高觀陣，見施琅指揮若定，旗號分明，火炮齊發，命中靶船，心中甚是欣慰。
他對施琅道：“施將軍，數月之間，水師煥然一新，將軍之功也。本藩有將軍，如虎添翼。”
施琅躬身道：“此乃國姓爺信任有加，末將豈敢居功？然水師雖有小成，距北伐所需尚遠。末將當繼續努力，不敢懈怠。”
鄭成功點頭道：“施將軍所言極是。本藩當繼續增造戰船，廣募水手，使水師日益壯大。他日北伐，當以水師為先導，首搗南京！”
施琅道：“國姓爺英明。末將願效犬馬之勞，誓死追隨！”
自此，鄭軍水師在施琅督練之下，日益精悍，為日後北伐、東征收復臺灣奠定了堅實基礎。
然此時誰也不知，這個忠心耿耿的將領，日後竟會與鄭成功反目成仇，成為鄭氏最大的威脅。此乃後話，暫且不表。
是夜，鄭成功撫印觀刀，久久不語。窗外海濤陣陣，彷彿催徵的戰鼓。
他想起母親田川氏臨終前的囑託——“忠義二字，刻骨莫忘”；想起隆武帝賜國姓時的殷切期望——“卿當忠吾家，勿相忘也”；想起永曆帝加封廣平公時的厚望——“卿以孤臣孽子之心，懷恢復中原之志”。
窗外，海風輕拂，月光如水，灑在廈門城頭，灑在港中戰船的桅檣之上，灑在那面“大明忠孝伯招討大將軍罪臣國姓”的旗幟之上，彷彿在昭示著一個新時代的開始。
正是：
水師初練振軍威，施子胸藏波浪機。
。非船靶陣三分炮，明號旗營五列船
。飛電似旗搴將斬，地平如浪破風乘
。歸帆片虜清教定，去海橫船樓日他
。解分》需軍佐布氏董 難艱話爐圍末歲《回下看且，取進圖再、武經軍整何如將又功鄭後此，振大威軍，師水練琅施竟畢
