他感慨萬千，題詩於金山壁上：
“十年橫海一孤舟，幾度長江作壯遊。兵氣至今猶未洗，自慚無計慰雲霓。河山半壁誰為主，父老千年望漢旗。他日功成歸去也，五湖煙水共盟鷗。”
詩罷，擲筆長嘆。
張名振見之，亦嘆道：“蒼水公詩才，名振愧不能及。但願他日功成，我與公同歸林下。”
然鄭軍孤軍深入，後援不繼，糧草將盡。
清廷聞鄭軍入江，急調江南、江西數省兵馬沿江佈防，戰船雲集，炮臺密佈。
張名振知不可久留，乃與張煌言商議：“蒼水公，我軍深入，糧草不繼，清軍援兵將至，若不及時退出，恐有覆滅之危。今己探明長江虛實，震懾清廷，功不可沒。暫且退兵，以待來日。”
張煌言點頭道：“定西侯所見極是。今己祭奠皇陵，昭告天下，足矣。”遂下令全軍返航。
三月下旬，張名振率艦隊退出長江，返回舟山整頓。
清軍尾隨追擊，鄭軍且戰且退，以火炮斷後，清軍不敢近逼。
永曆八年西月，張名振、張煌言探得清軍江防稍懈，乃再次率師北上，第二次入長江。
此次舟師更為壯大，戰船二百餘艘，將士千餘人，旌旗招展，氣勢如虹。
西月十六日，艦隊再抵金山。
張名振再次登岸遙祭明孝陵，金陵震動。
清廷急調寧海大將軍伊爾德率八旗兵馳援，沿江炮臺晝夜轟擊。
張名振不為所動，率水師游弋江上，分兵西出，焚燬清軍糧草船隻甚眾，繳獲軍械無數。
鄭成功在廈門聞張名振二次入江，亦出兵攻佔閩安鎮，牽制福建清軍，使其不能北上增援。
然兩地相隔千里，難以呼應。
張名振孤軍深入，糧草告罄，彈藥將盡，將士疲憊。
張煌言力勸退兵，張名振嘆道：“蒼水公，我軍糧盡援絕，若不退兵，恐全軍覆沒。雖心有不甘，然不得不退。”
永曆八年五月，張名振率艦隊再次退出長江，返回舟山。
永曆八年七月，張名振、張煌言第三次北上。
此次，張名振聯絡浙東義師，會同阮駿、陳六御等部，水陸並進，再入長江。船隊轉戰崇明、鎮江、儀真，屢敗清軍，軍威大振。
清軍望風披靡，沿江數百里為之震動。
鄭成功亦在廈門配合，出兵攻佔漳浦、詔安，牽制清軍。
然雙方相隔千里，書信往返需月餘，難以協同。清廷調集江南、江西、浙江三省兵馬，水陸並進，圍攻鄭軍。
張名振孤軍深入，後援斷絕，糧草耗盡，功敗垂成。
七月底，張名振率艦隊退回舟山。
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